计算化学公社

标题: 如何进行金属酶与底物和金属离子（过渡金属）的模拟？ [打印本页]

作者
Author: pupukoNANA 时间: 2023-8-9 15:45
标题: 如何进行金属酶与底物和金属离子（过渡金属）的模拟？
酶活性中心残基和底物（果糖）及金属离子（Mn+2）结合形式如图“E150-Mn-fru-E243”
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
注：中间为Mn+2，中下为果糖分子。

补充：该酶可能并非完全依赖金属离子，在研究范围内

有如下问题：
（1）、将金属离子作为个体插入，该如何生成对应金属离子的拓扑等文件；将金属离子和果糖看作一个整体，又该如何操作。

（2）、如果（1）有需要手动计算的部分，具体流程是什么样的？（比如理论知识在哪看，文章怎么找）

（3）、模拟中，是否需要对酶和金属离子进行限制，如果是，该如何限制

（4）、对于研究活性中心的催化过程，QM/MM是否必须？

本人新研一，接触分子动力学模拟仅一个月不到（大部分时间卡在这个问题上），只会些简单的模拟，学长也没有这类的模拟经验。
希望各位老师不吝赐教，万分感谢。

GROMACS reminds you: "Focus on science, sublimate youself." (Rick Sanchez)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-9 20:37
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-9 20:55
可以借助sobtop产生。看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ7
其中需要一定量子化学计算的基本背景知识，会用Gaussian等量化程序，如果缺乏相关知识可以从北京科音初级量子化学培训班学
只要力场参数和拓扑文件弄得当了，不需要任何额外的限制

如果静态地研究酶催化问题，用QM/MM完全不是必须的，用簇模型省事得多，仔细看
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

作者
Author: pupukoNANA 时间: 2023-8-10 10:36

sobereva 发表于 2023-8-9 20:55
可以借助sobtop产生。看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ7
其中需要一定量子化学计算的基本背景知识， ...

感谢sob老师的解答，之后发帖我会仔细检查标题和文章内容。

作者
Author: liangjing 时间: 2023-10-13 22:10
同学你好，我也在做酶与金属离子的分子动力学模拟，我想问一下你，那个金属离子的拓扑文件在哪里获取，非常感谢

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-10-23 17:14
MCPB.py，启动！

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