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标题: 通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性，out文件无法在multiwfn找到的问题 [打印本页]

作者
Author: chenbaiyu 时间: 2023-8-10 11:00
标题: 通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性，out文件无法在multiwfn找到的问题
本帖最后由 chenbaiyu 于 2023-8-10 11:00 编辑

老师您好，通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性时候，获得的out文件载入到Multiwfn中，却一直提示无法找到。我尝试过将multiwfn加入环境变量也同样显示无法找到，是否是路径问题造成的，希望老师指点迷津

作者
Author: kimariyb 时间: 2023-8-10 11:28
本帖最后由 kimariyb 于 2023-8-10 11:35 编辑

你怎么操作的，直接在 Multiwfn 启动的时候输入 .../NICS ？如果是这样当然找不到，把你的操作详细的说出来，别就说一句按照博文操作。卢老师的博文非常清楚了，仔细看原文是怎么操作的。我只能猜你之前直接把 Multiwfn 关了。如果你已经有了 ICSS 的 out 文件，但是之前把 Multiwfn 关了，需要重新打开 Multiwfn 的话，就不应该输入 .../NICS 而是输入原来那个 gjf 文件比如 xxx.gjf，接着输入

200 // 其它功能（Part 2）
4 // ICSS分析
1 // 低质量格点。Gaussian接下来将总共计算约125000个位置的磁屏蔽张量。如果用更高质量的格点计算耗时将会很高
y // 跳过Gaussian输入文件生成的步骤
.../NICS // 输入 ICSS 计算任务路径， ... 代表 NICS0001.out 等等所在的文件夹

复制代码

作者
Author: chenbaiyu 时间: 2023-8-10 12:11

kimariyb 发表于 2023-8-10 11:28
你怎么操作的，直接在 Multiwfn 启动的时候输入 .../NICS ？如果是这样当然找不到，把你的操作详细的说出来 ...

老师，我按照您的流程解决了上述问题，但是我在选择屏蔽值格点数据时，当我输入序号会报错“无法找到GIAO磁屏蔽张量”，请问老师，是否是我前面某一步出错了造成的？

Load which term?
1: Isotropic 2: Anisotropy 3: XX component 4: YY component 5: ZZ component
1
Loading D:\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\NICS0001.out...
Error: Unable to find "GIAO Magnetic shielding tensor" field!
Please check this file to make sure that the task has normally finished
Press ENTER button to exit

作者
Author: kimariyb 时间: 2023-8-10 12:57

chenbaiyu 发表于 2023-8-10 12:11
老师，我按照您的流程解决了上述问题，但是我在选择屏蔽值格点数据时，当我输入序号会报错“无法找到GIAO ...

这个我无法确定，可以等卢老师看看。你所有操作，包括之前用 Multiwfn 生成 gjf、计算，都是在 Windows 下进行的吗？

作者
Author: chenbaiyu 时间: 2023-8-10 13:40

kimariyb 发表于 2023-8-10 12:57
这个我无法确定，可以等卢老师看看。你所有操作，包括之前用 Multiwfn 生成 gjf、计算，都是在 Windows ...

是的，都在Windows下进行的，请问我需要怎样才能得到卢老师的回复

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Author: kimariyb 时间: 2023-8-10 15:27

chenbaiyu 发表于 2023-8-10 13:40
是的，都在Windows下进行的，请问我需要怎样才能得到卢老师的回复

卢老师看到自然就会回复你的贴子的，耐心等待即可

作者
Author: chenbaiyu 时间: 2023-8-10 15:50

kimariyb 发表于 2023-8-10 15:27
卢老师看到自然就会回复你的贴子的，耐心等待即可

明白了，谢谢您的指导

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-10 22:13

chenbaiyu 发表于 2023-8-10 12:11
老师，我按照您的流程解决了上述问题，但是我在选择屏蔽值格点数据时，当我输入序号会报错“无法找到GIAO ...

提示里写明了，仔细检查out文件，判断任务正常算完没有，以及弄清楚到底是否做的是NMR任务
弄不清楚就压缩后上传

作者
Author: chenbaiyu 时间: 2023-8-12 10:33
@sobereva sob老师您好，任务没有正常算完，在out文件末尾出现报错，任务终止，没弄清是否为NMR任务，麻烦您帮忙看看

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-12 11:08

chenbaiyu 发表于 2023-8-12 10:33
@sobereva sob老师您好，任务没有正常算完，在out文件末尾出现报错，任务终止，没弄清是否为NMR任务，麻烦 ...

明显报错了
Out-of-memory error in routine Geom2 (IEnd= 35330372 MxCore= 33554432)
Use %mem=34MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
内存没给够
仔细看此文了解怎么设置内存使用量
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: chenbaiyu 时间: 2023-8-12 16:09

sobereva 发表于 2023-8-12 11:08
明显报错了
Out-of-memory error in routine Geom2 (IEnd= 35330372 MxCore= 33554432)
Us ...

sob老师，我看了您给的这个操作流程，并且也找到了在Windows下设置内存的方法，如图1，在gaussian目录中添加了一个Default.Route的文本文档，里面内容如图。然后我重新产生out文件，发现报错还是没变，请问sob老师，我是不是内存设置未成功呀

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-12 23:32

chenbaiyu 发表于 2023-8-12 16:09
sob老师，我看了您给的这个操作流程，并且也找到了在Windows下设置内存的方法，如图1，在gaussian目录中 ...

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

明确说了Windows下是Default.Rou

作者
Author: chenbaiyu 时间: 2023-8-13 15:53

sobereva 发表于 2023-8-12 23:32
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814 ...

sob老师，我已改正这个，但是依旧是同样的报错。然后我尝试在gaussian输入文件benzene.gjf中添加如图两条指令，依然是同样的报错。我应该如何应对

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-13 21:02

chenbaiyu 发表于 2023-8-13 15:53
sob老师，我已改正这个，但是依旧是同样的报错。然后我尝试在gaussian输入文件benzene.gjf中添加如图两条 ...

也许还需要在环境变量里添加 GAUSS_MEMDEF = 1400MB

(, 下载次数 Times of downloads: 73)

至于环境变量在哪里可以找到，请自行 bing 查询。

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-13 21:25

chenbaiyu 发表于 2023-8-12 16:09
sob老师，我看了您给的这个操作流程，并且也找到了在Windows下设置内存的方法，如图1，在gaussian目录中 ...

Default.Rou 不是在 Scratch 目录下，是放在在 G09W 目录下

另外，如果你的输入文件 (.gjf) 已经指定了

%nprocs=4
%mem=1400MB

复制代码

Default.Rou 文件要不要都无所谓

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-13 22:04

chenbaiyu 发表于 2023-8-13 15:53
sob老师，我已改正这个，但是依旧是同样的报错。然后我尝试在gaussian输入文件benzene.gjf中添加如图两条 ...

加了%mem后报错绝对不可能还是之前的，当前出现什么报错准确说清楚

作者
Author: snljty2 时间: 2023-8-13 22:58

乐平发表于 2023-8-13 21:02
也许还需要在环境变量里添加 GAUSS_MEMDEF = 1400MB

https://gaussian.com/utilsGAUSS_MEMDEF环境变量只影响Gaussian的utility programs，比如formchk，cubegen，不影响g16/g09本身。

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-14 15:45

snljty2 发表于 2023-8-13 22:58
https://gaussian.com/utilsGAUSS_MEMDEF环境变量只影响Gaussian的utility programs，比如formchk，cubeg ...

感谢指正！

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