计算化学公社

标题: 晶体cif文件导出xyz文件，计算金属有机配合物第一超极化率求助 [打印本页]

作者
Author: 君陌张 时间: 2023-8-10 15:17
标题: 晶体cif文件导出xyz文件，计算金属有机配合物第一超极化率求助
本帖最后由君陌张于 2023-8-15 11:16 编辑

小弟，刚接触高斯计算，想计算一个双金属有机配合物小分子的第一超极化率，通过diamond导入晶体cif文件，构建出一个完整的小分子结构（分子内结构对称，拓展为完整分子结构，主体带两个正电，两个PF6已删除），而后保存xyz文件，将原子坐标复制到gjf文件中，但是计算出现错误，按大家建议，已上传输入、输出文件，麻烦大家帮我检查下，指出具体问题，万分感谢！！！！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-10 15:35
指定基组的语法不对。仔细阅读http://sobereva.com/60
另外这个基组选得极其不合理，必须加极化函数。仔细看http://sobereva.com/336

作者
Author: 君陌张 时间: 2023-8-10 16:05

wzkchem5 发表于 2023-8-10 15:35
指定基组的语法不对。仔细阅读http://sobereva.com/60
另外这个基组选得极其不合理，必须加极化函数。仔细 ...

我按您发的混合机组的要求更改了，但是还是显示错误，请问您能具体说下是哪里错了吗？感谢感谢

%chk=zl.chk
%mem=36GB
%nprocshared=12
# b3lyp/gen geom=connectivity polar=DCSHG

zl

2 1
Ru 0.00000 6.59388 16.47989
C 0.00000 5.89227 14.59075
N -1.35705 5.14817 17.13824
N 1.35705 5.14817 17.13824
N 0.00000 7.31160 18.49284
N 1.31693 8.09137 15.96181
N -1.31693 8.09137 15.96181
Ru 0.00000 4.96397 11.47740
C -0.67924 6.90388 10.62095
C 0.67924 6.90388 10.62095
C 1.15070 5.84097 9.73878
C -1.15070 5.84097 9.73878
C 0.00000 5.18872 9.28608
N 0.00000 5.56786 13.46869
P 1.51196 3.38464 12.16670
P -1.51196 3.38464 12.16670
C -2.09648 3.65946 18.63794
H -2.16711 3.16512 19.42263
C -2.88750 3.53488 17.55263
N -1.19082 4.62075 18.39224
H -3.60438 2.95564 17.42862
C -2.36445 4.50495 16.63176
H -2.70456 4.65390 15.77908
C 0.00000 7.01845 20.74665
H 0.00000 6.60880 21.58275
C 0.00000 8.37182 20.46420
N 0.00000 6.38818 19.45627
H 0.00000 9.06094 21.08892
C 0.00000 8.52572 19.08483
H 0.00000 9.34070 18.63685
C 0.00000 4.97863 19.14093
H -0.00001 4.47410 19.98024
N 1.19082 4.62075 18.39224
C -2.61379 8.04936 15.97012
H -3.00881 7.24183 16.21048
C -3.46070 9.09003 15.65285
H -4.38359 8.96933 15.65200
C -2.89896 10.32858 15.33557
C -1.49605 10.37011 15.24658
C -3.77309 11.55247 15.02410
H -1.08116 11.16132 14.98864
C -0.73513 9.29279 15.52903
C 0.73513 9.29279 15.52903
H -4.63674 11.26040 14.72414
H -3.35584 12.07758 14.33798
H -3.87274 12.08349 15.81797
C -1.56340 7.98486 11.23616
C -2.57080 5.56004 9.25126
C 0.00000 4.35081 8.15434
H -1.15533 8.31336 12.04085
H -2.42518 7.61437 11.44376
H -1.66790 8.70672 10.61252
H -2.89870 4.75738 9.66402
H -2.56574 5.44872 8.29698
H -3.14165 6.29560 9.48389
H 0.00000 4.82541 7.31940
H 0.78385 3.79964 8.20855
C -2.99640 4.01857 13.05855
C -3.27441 5.34018 13.09531
C -3.89203 3.11714 13.69503
H -2.70986 5.95452 12.68523
C -4.43370 5.76769 13.76855
H -4.62201 6.67779 13.79712
C -5.22902 4.96642 14.33539
H -5.96154 5.29398 14.80424
C -5.00404 3.58129 14.25413
H -5.63626 2.98950 14.59356
H -3.70085 2.20738 13.72183
C -3.51271 2.41603 10.44355
H -4.01333 3.15439 10.70623
C -2.27216 2.18322 11.02122
C -4.00595 1.56272 9.48670
C -1.54621 1.07488 10.61128
C -1.54735 1.07927 10.61341
C -3.28157 0.46000 9.08024
H -3.62032 -0.11421 8.43207
C -2.04288 0.22108 9.65075
H -4.83858 1.73006 9.10790
C -0.69930 2.24258 13.41645
C 0.69930 2.24258 13.41645
H -1.00462 2.49325 14.30287
H -1.00463 1.33825 13.24851
H -0.71434 0.90497 10.98973
H -1.54467 -0.51789 9.38484
H -1.54417 -0.51792 9.38587
H -0.71465 0.91176 10.99219
C 1.56340 7.98486 11.23616
C 2.57080 5.56004 9.25126
H 1.15533 8.31336 12.04085
H 2.42518 7.61437 11.44376
H 1.66790 8.70672 10.61252
H 2.89870 4.75738 9.66402
H 2.56574 5.44872 8.29698
H 3.14165 6.29560 9.48389
H -0.78385 3.79964 8.20855
C 2.99640 4.01857 13.05855
C 2.27216 2.18322 11.02122
C 3.51271 2.41603 10.44355
C 1.54621 1.07488 10.61128
H 4.01333 3.15439 10.70623
C 4.00595 1.56272 9.48670
H 0.71434 0.90497 10.98973
C 2.04288 0.22108 9.65075
C 3.28157 0.46000 9.08024
H 4.83858 1.73006 9.10790
H 1.54467 -0.51789 9.38484
H 3.62032 -0.11421 8.43207
C 3.27441 5.34018 13.09531
C 3.89203 3.11714 13.69503
H 2.70986 5.95452 12.68523
C 4.43370 5.76769 13.76855
C 5.00404 3.58129 14.25413
H 3.70085 2.20738 13.72183
H 4.62201 6.67779 13.79712
C 5.22902 4.96642 14.33539
H 5.63626 2.98950 14.59356
H 5.96154 5.29398 14.80424
H 1.00462 2.49325 14.30287
H 1.00463 1.33825 13.24851
C 2.36445 4.50495 16.63176
C 2.61379 8.04936 15.97012
C 2.09648 3.65946 18.63794
H 2.16711 3.16512 19.42263
C 2.88750 3.53488 17.55263
H 3.60438 2.95564 17.42862
H 2.70456 4.65390 15.77908
H 3.00881 7.24183 16.21048
C 3.46070 9.09003 15.65285
C 1.49605 10.37011 15.24658
H 4.38359 8.96933 15.65200
C 2.89896 10.32858 15.33557
H 1.08116 11.16132 14.98864
C 3.77309 11.55247 15.02410
H 4.63674 11.26040 14.72414
H 3.35584 12.07758 14.33798
H 3.87274 12.08349 15.81797

C H N P 0
6-31G*
****
Ru 0
lanl2dz
****

Ru 0
lanl2dz

1064nm

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-10 16:22

君陌张发表于 2023-8-10 09:05
我按您发的混合机组的要求更改了，但是还是显示错误，请问您能具体说下是哪里错了吗？感谢感谢

%chk=z ...

去掉geom=connectivity试试。既然你输入文件后面没有给原子连接关系，就没有理由写geom=connectivity

作者
Author: 君陌张 时间: 2023-8-10 16:53

wzkchem5 发表于 2023-8-10 16:22
去掉geom=connectivity试试。既然你输入文件后面没有给原子连接关系，就没有理由写geom=connectivity

还是不行，有可能是坐标都有问题，我用CIF文件计算的方式有问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-10 20:59

君陌张发表于 2023-8-10 09:53
还是不行，有可能是坐标都有问题，我用CIF文件计算的方式有问题

报错信息是什么？和之前的报错信息一样吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-10 21:48

君陌张发表于 2023-8-10 16:05
我按您发的混合机组的要求更改了，但是还是显示错误，请问您能具体说下是哪里错了吗？感谢感谢

%chk=z ...

用了赝势，显然要写genecp

算超极化率居然不带弥散函数，这种计算碰到内行审稿人直接秒拒

该用什么基组算超极化率好好看此文
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

说“出错”、“不行”的时候主动交代报错提示，说不清楚就把输入输出文件直接上传

作者
Author: 君陌张 时间: 2023-8-15 11:24

sobereva 发表于 2023-8-10 21:48
用了赝势，显然要写genecp

算超极化率居然不带弥散函数，这种计算碰到内行审稿人直接秒拒

感谢大神，输入输出相关文件已上传，目前尝试使用B3LPY/6-31+G*和lanl2dz混合基组计算配合物的第一超极化率，但是任务运行出错，想着能够正常后，再按您帖子推荐的算第一超极化率的基组进行优化

作者
Author: 君陌张 时间: 2023-8-15 11:25

wzkchem5 发表于 2023-8-10 20:59
报错信息是什么？和之前的报错信息一样吗？

输入输出文件已上传，如果有空的话麻烦您帮忙看下问题出在哪里

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-15 16:01

君陌张发表于 2023-8-15 04:25
输入输出文件已上传，如果有空的话麻烦您帮忙看下问题出在哪里

我不是说叫你去掉geom=connectivity吗，怎么还在

作者
Author: 君陌张 时间: 2023-8-15 16:30

wzkchem5 发表于 2023-8-15 16:01
我不是说叫你去掉geom=connectivity吗，怎么还在

试过了，但是也不行

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-15 17:25

君陌张发表于 2023-8-15 09:30
试过了，但是也不行

那你就应该上传试过去掉geom=connectivity的那个输出文件

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)