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标题: 求助：如何确定分子的第一溶剂化层 [打印本页]
作者
Author: xjtu_zk    时间: 2023-8-10 19:23
标题: 求助：如何确定分子的第一溶剂化层
本帖最后由 xjtu_zk 于 2023-8-10 19:46 编辑

本人构建了辛酸和水的混合体系，来计算辛酸和水的互溶过程，看文献中对于溶解在辛酸中的水分子和溶解在水中的辛酸分子是这样的定义的：

Solvated water molecules are defined as those with greater than 15 solvent atoms in the first solvation shell (within 4 Å) of the molecule；hydrated solvent molecules are those containing greater than 30 water molecules in the first solvation shell (within 4 Å) of the solvent molecule。

有三个疑惑：
1.离子的第一溶剂化层很好理解，就是以离子的中心为球心，一定半径的球体；但是分子的第一溶剂化层怎么理解呢，以分子的质心为球心么，还是以分子的表面为球心？
2.这里的4埃和15/30是怎么确定出来的？文章中只是说通过计算rdf和配位数的得到的，但是不明白应该计算的是某两个原子间的rdf呢还是分子质心间的rdf，或者是一个分子表面和另一个分子质心间的rdf?
3.使用这个定义在vmd中编写脚本统计溶解的水分子和溶解的辛酸分子时，选择语句应该怎么写？


希望得到各位前辈的解答。
谢谢！

作者
Author: 丁越    时间: 2023-8-10 20:12
贴几张sob老师培训班的图片应该能让你很好的理解。
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作者
Author: xjtu_zk    时间: 2023-8-10 21:09
丁越 发表于 2023-8-10 20:12
贴几张sob老师培训班的图片应该能让你很好的理解。

谢谢指教，这几张图我看懂了。但是老师这个例子举的是水分子，但是类比到辛酸和水分子我就不太理解了，是不是要在辛酸中找到一个参考原子，然后算他和OW的RDF啊？
作者
Author: 丁越    时间: 2023-8-10 23:06
xjtu_zk 发表于 2023-8-10 21:09
谢谢指教，这几张图我看懂了。但是老师这个例子举的是水分子，但是类比到辛酸和水分子我就不太理解了，是 ...

像辛酸这种大分子和水分子计算rdf确实存在你所想问题，rdf它把配位壳层距离信息都平均化了。所以辛酸的直链烃结构怎么定义和水的配位壳层距离，到底是沿着链方向的还是垂直于链结构方向。这个是rdf所适用体系局限性的问题，我也没有什么好的解决办法。
vmd中计算rdf没法定义质心，这种情况下只能自己写脚本。
作者
Author: qyl    时间: 2024-5-20 22:26
楼主这个问题解决了吗？



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