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标题: 求助蛋白动力学模拟中RMSD波动问题 [打印本页]

作者
Author: 亚切ss 时间: 2023-8-11 15:06
标题: 求助蛋白动力学模拟中RMSD波动问题
各位老师们好，动力学纯小白，最近在做一个双蛋白-配体的动力学模拟，模拟时长是100ns，整个过程中感觉蛋白相对比较稳定，但是RMSD分析时发现最后20ns左右会有一个2A的波动，按原来的条件重复后还是会遇到类似的情况，请问有什么合理的解释吗
附上了两次模拟初始时和快结束时的轨迹截图，以及RMSD的计算结果，请各位老师不吝赐教

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-12 03:30
说清楚RMSD是具体怎么算的，有没有消整体运动、对谁消的，以及对什么原子统计的RMSD

可以再续算50ns看什么情况

始终记住，RMSD上的突然变化总是能从轨迹上体现，所以不知道为什么突然增高自然要做的事是结合观看轨迹来分析

作者
Author: 亚切ss 时间: 2023-8-12 08:26

sobereva 发表于 2023-8-12 03:30
说清楚RMSD是具体怎么算的，有没有消整体运动、对谁消的，以及对什么原子统计的RMSD

可以再续算50ns看什 ...

感谢sob老师的回复，我是使用VMD计算的，针对两个蛋白的骨架align，然后忽略OH计算的RMSD，因为轨迹上很难看出波动，所以在纠结是自己计算的问题，还是模拟结果确实不稳定

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-12 23:38

亚切ss 发表于 2023-8-12 08:26
感谢sob老师的回复，我是使用VMD计算的，针对两个蛋白的骨架align，然后忽略OH计算的RMSD，因为轨迹上很 ...

什么叫忽略OH？
忽略羟基还是忽略氧和氢？有什么意义这么做？

另外，VMD自带的timeline插件可以显示各个时刻各个残基的RMSD，通过进行分解，一定有助于理解总RMSD出现波动的原因

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: 亚切ss 时间: 2023-8-14 13:31

sobereva 发表于 2023-8-12 23:38
什么叫忽略OH？
忽略羟基还是忽略氧和氢？有什么意义这么做？

感谢sob老师的建议，是勾选计算选项中的noH，我理解的是计算时忽略蛋白上的氢原子，另外按老师的意见延长了模拟时间，计算各时刻各残基的RMSD，发现了90ns后确实有部分氨基酸残基存在波动

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