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标题: 在用Chemdraw20构建复杂的分子结构用于Gaussian计算中遇到的问题求 [打印本页]

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Author: betteron 时间: 2023-8-11 17:49
标题: 在用Chemdraw20构建复杂的分子结构用于Gaussian计算中遇到的问题求
本帖最后由 betteron 于 2023-8-11 19:18 编辑

请问一下我使用Chemdraw20绘制DOPO（一个较复杂的化合物），用于在Gaussian中进行Opt＋Freq计算，在点击计算过后就会出现以下报错问题，Chemdraw的Open style sheets 选择的是ACS Document 1996，（为了对比，我用Chemdraw绘制了一个简单的结构进行这个计算仍然不行，而直接在Gaussian中绘制该结构进行同样的计算就能正常运行），计算报错后的out文件如下，请教以下这是什么原因啊

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Author: 牧生 时间: 2023-8-11 17:56
这个排版着实让我很难受

大概率是因为Chemdraw20画的结构式不标准的缘故。。改用gview画结构大概率就OK

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Author: betteron 时间: 2023-8-11 19:20

牧生发表于 2023-8-11 17:56
这个排版着实让我很难受

大概率是因为Chemdraw20画的结构式不标准的缘故。。改用gview画结构大概率就OK

抱歉抱歉，一些比较复杂的结构感觉gview画起来比较麻烦，所以就是想用chemdraw构建一下

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Author: kimariyb 时间: 2023-8-11 19:35
本帖最后由 kimariyb 于 2023-8-11 19:46 编辑

betteron 发表于 2023-8-11 19:20
抱歉抱歉，一些比较复杂的结构感觉gview画起来比较麻烦，所以就是想用chemdraw构建一下

用 chemdraw 画复杂的结构根本不能直接拿来用，90% 的空间坐标都是错的。这个软件有时候给你的结构离谱得要死，你自己是需要调整的。之前用 chemdraw 导出一个平面稠环的结构，居然给我整出一个梯子的形状，环都折起来了，也是没谁了。

你没提供 gjf 文件，我不知道你是怎么用 chemdraw 导出的，导出的是什么格式。老实说我不会用 gview 的时候也是先从 chemdraw 画的结构导出为 mol 文件，然后用 chem3d 读取 mol 文件调整结构，最后保存为 gjf 文件。不过我现在用了这么久的 gview 也没觉得 chemdraw 比 gview 方便，反倒觉得 gview 方便得多，至少在 50 个原子以内我是觉得 gview 方便的。

PS：gaussian 计算根据的是空间坐标，和你在 chemdraw 里选择的样式没什么关系。那个样式只是控制绘图属性的，要想用 chemdraw 导出的结构，随便你选啥都行，你把字号选成 999 都没事。但是导出的空间结构一定需要用 gview 或者 chem3d 这种可视化建模程序看一眼，是否是正常的结构。

作者
Author: shenzp 时间: 2023-8-11 20:22
你这个截图也看不到错误信息，错误信息在out文件末尾，贴出错误信息才知道问题。应该要检查一下chemdraw生成的gjf文件内容。我还没入门的时候也用过chemdraw和chem3d生成gjf文件，也遇到过gaussian报错，后来发现是chem3d预优化后导出的gjf文件在坐标里有Lp，这会导致gaussian报错。用chemdraw生成初始结构没问题，但也仅仅是用来生成初始结构，在给gaussian计算前应该要检查并修改gjf文件的内容（修改计算任务、计算级别、电荷、自旋多重度等，并删去Lp坐标等不需要的信息）

作者
Author: betteron 时间: 2023-8-11 21:05

kimariyb 发表于 2023-8-11 19:35
用 chemdraw 画复杂的结构根本不能直接拿来用，90% 的空间坐标都是错的。这个软件有时候给你的结构离谱得 ...

感谢感谢，我是在gview里面画完过后保存的pdb格式，然后再去chem3d里面预优化保存为cdx文件类型，关于“PS”的内容我明白啦，谢谢你。那我还是再好好学习以下如何用gview来画结构。

作者
Author: betteron 时间: 2023-8-11 21:11

shenzp 发表于 2023-8-11 20:22
你这个截图也看不到错误信息，错误信息在out文件末尾，贴出错误信息才知道问题。应该要检查一下chemdraw生 ...

感谢指点，这个其实就是out文件末尾，我也是反复找也没找到错误信息，我是在chemdraw里面画好过后，再去chem3d里面预优化的，但是导出文件过后我就直接去gview里面设置计算任务，然后提交计算了，那我再去检查一下我input文件里面的内容。谢谢啦

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Author: wzm12天空 时间: 2023-8-12 10:45

betteron 发表于 2023-8-11 21:05
感谢感谢，我是在gview里面画完过后保存的pdb格式，然后再去chem3d里面预优化保存为cdx文件类型，关于“P ...

你用Gaussian计算，输入文件为什么不保存成gjf文件，保存成cdx文件是什么意思？还有我理解没错的话DOPO也就俩苯环吧不算大分子也绝不复杂，为什么不能用GV搭建呢？

作者
Author: wzm12天空 时间: 2023-8-12 10:50
如果你是新手建议自己先学学什么是Gaussian的输入文件和输出文件，还有你描述的内容完全看不出重点是啥？没有提供最关键的输入文件，而且GV搭建结构也不难学。你要是想用Chemdraw画结构，那也应该是要用chem3D里面的MM2优化下才勉强能提交到Gaussian计算。

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-12 11:10
本帖最后由乐平于 2023-8-12 11:14 编辑

搜了一下 DOPO，以为有多复杂
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

GaussView 建模工具有多环结构的模板，直接找个最接近的模板，然后在此基础上替换，添加原子就行了。
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

如果你直接用 ChemDraw 画结构，最后也需要用 GaussView 查看一下，避免漏掉 H，避免结构扭曲。甚至某些情况下多出奇怪的“孤对电子”标记。

另外，从你贴出的输出文件 .out 截图来看，你的关键词里有 geom=connectivity。如果报错和结构无关的话，大概率是因为输入文件最后没有相关的原子连接方式（也就是一堆看不懂的数字。这些数字跟计算毫无关系，所以没有也无所谓，但是这些数字和 geom=connectivity 必须同时存在才不会报错。）。如果是这样，删掉 geom=connectivity 就行了。

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