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标题: vasp计算一般多少核心并行 [打印本页]

作者
Author: dali 时间: 2023-8-13 13:01
标题: vasp计算一般多少核心并行
请问大家，一台双路服务器，每个CPU有28个物理核心，两个CPU共56个物理核心，现有2个vasp计算任务（可能是结构优化、或振动频率、或态密度的计算任务）需要运行，有如下两种方式：
（1）每个任务用56核心，依次运行2个任务；
（2）每个任务用28核心，同时运行2个任务。
请问：
1. 哪种方式更好，论坛里大家用的都是双路服务器，请问大家通常都是采用哪种方式做计算的？
2. 如果采用（1）的方式，每个任务设置NCORE=28，KPAR=2是否最优? 应设置多少合理？
3. 如果采用（2）的方式，每个任务设置NCORE=14，KPAR=2是否最优? 应设置多少合理？
谢谢大家！！！

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2023-8-13 14:25
同时跑2个计算的话，感觉第（1）种方式会更慢一些……

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-8-13 16:29
毫无疑问2更快。NCORE和KPAR的设置需要根据体系决定，貌似makefile.include选择带OPENMP选项的话NCORE=1是永远最快的

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-13 16:37
本帖最后由乐平于 2023-8-13 21:29 编辑

先不设置 NCORE, KPAR，跑十几分钟（或者跑两三个离子步），跑的过程中看看耗时多少

grep LOOP OUTCAR

复制代码

LOOP 是电子步的耗时
LOOP+ 是离子步的耗时

然后检查一下体系的 K 点数目，能带数目，例如

grep NKP OUTCAR
k-points NKPTS = XXX k-points in BZ NKDIM = XXX number of bands NBANDS= YYY

复制代码

上面的 NKPTS = XXX，这里 XXX 就是你当前体系的 k 点数目
NBANDS= YYY，这里 YYY 就是你当前体系的能带数目

停掉计算任务。

然后根据 k 点数目来确定 KPAR 的数值。KPAR 一定要能整除 k 点数目。
具体来说，就是 XXX/KPAR = 整数

至于 NCORE 的大小，要满足 NCORE x KPAR = CPU 核心数。这里的 CPU 核心数不一定非要正好等于你的最大 CPU 核心数，接近就好。
比如 KPAR = 3, NCORE = 18，那么 3 x 18 = 54，也就是用 54 核，而你的 CPU 核心数是 56，也是可以的。

设置好 KPAR, NCORE 之后再跑两三个离子步，再 grep LOOP OUTCAR ，对比一下电子步和离子步的耗时。

作者
Author: dali 时间: 2023-8-13 18:05

rabbitkiller 发表于 2023-8-13 14:25
同时跑2个计算的话，感觉第（1）种方式会更慢一些……

感谢回复！

作者
Author: dali 时间: 2023-8-13 18:05

Weldingspock 发表于 2023-8-13 16:29
毫无疑问2更快。NCORE和KPAR的设置需要根据体系决定，貌似makefile.include选择带OPENMP选项的话NCORE=1是 ...

感谢回复！

作者
Author: dali 时间: 2023-8-13 18:07

乐平发表于 2023-8-13 16:37
先不设置 NCORE, KPAR，跑十几分钟（或者跑两三个离子步），跑的过程中看看耗时多少

谢谢！你的回复太详细了，终于知道NCORE和KPAR怎么测试了，多谢多谢！！！

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-13 21:19

dali 发表于 2023-8-13 18:07
谢谢！你的回复太详细了，终于知道NCORE和KPAR怎么测试了，多谢多谢！！！

这也是试过好久才摸索出来的。

VASP wiki 里关于 NCORE 的描述实在是费解，绕来绕去看晕了，完全不像是要教会别人的说明书……

网上的各种说法又抄来抄去，看了也不是很清楚。

当然，我这种尝试也不能说是最优的。据说还有跨节点并行，让 NBANDS 和 NCORE 之间再次优化效率。这就没尝试了。

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2023-8-14 08:10

dali 发表于 2023-8-13 18:05
感谢回复！

我用的QE，根据我自己测试的结果，6通道的双路服务器，每个通道分配8个核，即用48个核跑计算速度最快。多一点或者少一点核数，计算速度都慢一些。

这东西最好自己测试一下，就心里有数了。

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-14 22:31

rabbitkiller 发表于 2023-8-14 08:10
我用的QE，根据我自己测试的结果，6通道的双路服务器，每个通道分配8个核，即用48个核跑计算速度最快。多 ...

请问“通道”是指什么呢？

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2023-8-16 11:30

乐平发表于 2023-8-14 22:31
请问“通道”是指什么呢？

就是主板是几通道（channel）的那个通道，主板说明书上有的。

我是根据自己的经历推测，系统可能是把计算的工作均匀分配给各个已开启的通道（所以主板上的内存条要插满，这样可以开启所有通道），然后发现每个通道分配2^n个核速度最快……

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-16 15:29

rabbitkiller 发表于 2023-8-16 11:30
就是主板是几通道（channel）的那个通道，主板说明书上有的。

我是根据自己的经历推测，系统可能是把 ...

哦哦，通道就是内存插槽的意思，对吧？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-8-16 15:42
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-8-16 15:46 编辑

乐平发表于 2023-8-16 15:29
哦哦，通道就是内存插槽的意思，对吧？

非也。内存通道（Memory channel）对应了CPU上可用的内存控制器（IMC），其数量与DIMM插槽数量无直接联系。CPU支持多少内存通道，应当在CPU厂商的网站上查询；如何插DIMM才能启用所有内存通道，应当在服务器/主板的手册上查询。

作者
Author: reid 时间: 2023-8-16 20:22
我是定下K点后，验证NCORE是多少时用时最少，电子步设2步、离子步设1步，依次设置NCORE可能的数值。几分钟就能验证完毕

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-17 10:46

Entropy.S.I 发表于 2023-8-16 15:42
非也。内存通道（Memory channel）对应了CPU上可用的内存控制器（IMC），其数量与DIMM插槽数量无直接联系 ...

感谢讲解！

作者
Author: 云空 时间: 2023-9-12 13:47
请问怎么同时运行两个任务，直接在两个终端里输mpirun -np 28 vasp吗

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