计算化学公社

标题: 求助：计算带有离子液体的溶剂体系溶解自由能时遇到的报错 [打印本页]

作者
Author: sungl123456 时间: 2023-8-13 21:52
标题: 求助：计算带有离子液体的溶剂体系溶解自由能时遇到的报错
本帖最后由 sungl123456 于 2023-9-24 20:33 编辑

求助帖：
本人根据官方给出的文档和知乎上的翻译帖（中文为https://zhuanlan.zhihu.com/p/359370755?utm_id=0，英文为http://www.mdtutorials.com/gmx/free_energy/03_workflow.html），想计算带有离子液体的溶剂体系的单个乙酸乙酯分子的溶解自由能，体系包含了乙醇，乙酸乙酯，OMIM+，BF4-，所用itp文档和pdb文档见附件，体系初始结构用packmol产生，在第一部运行能量最小化的时候碰到这样的问题（见图），因为没有碰到过这样的错误，想请sob老师和诸位大神解答一下

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-13 23:23
如果你确信严格按照了英文教程操作，尝试gromacs最新版本

作者
Author: sungl123456 时间: 2023-8-14 10:54

sobereva 发表于 2023-8-13 23:23
如果你确信严格按照了英文教程操作，尝试gromacs最新版本

感谢sob老师回复，不过问题没解决，我会把我的一部分解题想法放在下面

作者
Author: sungl123456 时间: 2023-8-14 11:12
楼主回复：再次感谢sob老师回复，因为本人很懒，不知道怎么编译最新版本的GROMACS，所以尝试了其他几个版本，包括2019.3,2019.3_GPU,2020.6_GPU。同时在多次更改初始构型后，没有解决这个问题，因此只能在这里提出我的解题思路。首先我认为问题应该是出在mdp中溶解自由能的关键词设定上，因为我跑不加入自由能计算单独构型的模拟，是没有问题的。但同时我的关键词是按照教程中的关键词设定的，所以我不是很理解这个过程。同时我查阅文献看到文献中能够基于带电粒子计算自由能，所以应该也不是静电力或者范德华作用在构型之间转变的时候发生的问题。我在把GROMACS的版本从GPU版本切换成CPU版本后，这个问题没有解决，同时CPU版本的还会报其他错误（比如盒子大小不合适需要我加个-ntmpi 1之类的）。以上是我的尝试，问题没有解决，如果后来者碰到类似问题，请尝试使用最新版的GROMACS。不过对于我来说，我不想尝试了，毕竟，世上无难事，只要肯放弃。一条路走不通，何必这么为难自己呢：）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)