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标题: （已解决）乙醇的gromacs拓扑文件该怎么写？ [打印本页]

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-8-14 15:17
标题: （已解决）乙醇的gromacs拓扑文件该怎么写？
本帖最后由 Lance先生于 2024-8-23 14:54 编辑

各位大佬好，我是学习gromacs的初学者，导师让做乙醇的自由能，现在乙醇的拓扑文件不太会整，学习论坛大佬的教程，用sobtop软件，得到了.itp文件，.gro文件和.top文件，但是看了一眼.top文件格式不对，查阅得知可以通过include指令将.itp插到.top文件中，想问问这一步是如何操作的？还有大佬说可以手写拓扑文件，小弟实在是想学，请问各位大佬应该怎么手写？谢谢大佬们，小弟感激不尽。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-15 04:09
这属于最基本的gromacs使用问题，GROMACS的使用牵扯到大量细节、细碎知识、规则和各种文件，在网上没法一点点细致地教，如果给个现成的文件，换个体系就又不会了。建议参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）完整系统学一遍，里面对拓扑文件内容、格式、含义、创建都有非常详细的介绍和示例，搞明白后举一反三就能自如应对各种体系。

在网上回答，顶多是当你贴出很具体的问题时，然后告诉你怎么改。

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