计算化学公社

标题: （已解决）想问问这是什么意思？ [打印本页]

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-8-14 20:48
标题: （已解决）想问问这是什么意思？
本帖最后由 Lance先生于 2025-3-10 22:43 编辑

写了一个.top文件，能量最小化之后出现这个问题：Fatal error:number of coordinates in coordinate file (box.gro, 4347) does not match topology (topol.top, 9)，请问各位大佬这是什么意思？是说拓扑文件中的原子数与gro文件中的原子数不一样吗？如果是这样的话，是不是应该用gro文件转换成mol2文件，再生成拓扑文件啊？

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-8-14 20:49
附上图片

作者
Author: moritaichi 时间: 2023-8-14 23:02
仔细检查你的.top文件里的分子顺序是否和.gro文件里的顺序严格一致

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-8-14 23:31

Lance先生发表于 2023-8-14 20:49
附上图片

问题解决了的话，踢我一脚哈，我和你一模一样的问题

作者
Author: Graphite 时间: 2023-8-14 23:40
分子模拟需要坐标信息和理化信息（质量、电荷、连接的键、键的强度等等）。坐标信息在gro里，理化信息在top文件（及其下辖的.itp)里。itp文件是单个小分子、单个蛋白质链之类的片段的理化信息，由top文件整合起来。因此top文件最后需要正确指出各itp文件对应的分子数。
假设某itp文件代表某分子（含10个原子），而体系中有100个该分子，那么在使用top文件整合时，末尾处应当体现出体系中有100个分子，这样才相当于1000个原子对应的理化信息。
gmx在读取gro和top是就是很死板的一个个对应。从gro里读取原子1的坐标，对应top里原子1的理化信息......如此而已，然后再做模拟。数量对不上或者顺序出偏差就会出问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-15 04:19

Lance先生发表于 2023-8-14 20:49
附上图片

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-15 04:20
明显[ molecules ]没写对，大概率是里面的分子数目不对，跟gro文件不对应

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-8-17 15:20

sobereva 发表于 2023-8-15 04:20
明显[ molecules ]没写对，大概率是里面的分子数目不对，跟gro文件不对应

真是谢谢社长了，改了之后问题解决了

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-8-17 15:22

ngaoo 发表于 2023-8-14 23:31
问题解决了的话，踢我一脚哈，我和你一模一样的问题

问题解决了，下面社长也给出了解决方法。或者你可以加我好友，咱俩私聊

作者
Author: 136990712 时间: 2023-9-19 14:48
你好，怎么解决的？

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-9-19 16:30

136990712 发表于 2023-9-19 14:48
你好，怎么解决的？

看楼上的回复，兄弟，没有多难

作者
Author: 136990712 时间: 2023-9-19 16:49

Lance先生发表于 2023-9-19 16:30
看楼上的回复，兄弟，没有多难

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