计算化学公社

标题: 求助：gromacs能量最小化时遇到坐标数目不匹配的问题 [打印本页]

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-8-14 23:30
标题: 求助：gromacs能量最小化时遇到坐标数目不匹配的问题
本帖最后由 ngaoo 于 2023-8-15 09:42 编辑

老师，我在进行能量最小化时，报错说坐标数目的数量不匹配。
左边是使用solvate模块向盒子中添加水后得到gro文件，右边是用sobtop创建的分子的top文件。
然后我进行能量最小化的操作时，显示报错。
这个应该怎么修正，我在top文件里也没看到有很多的坐标数目，它为什么会说坐标数目数量不匹配呢？
请老师指正

(, 下载次数 Times of downloads: 23)

作者
Author: Graphite 时间: 2023-8-14 23:48
体系中该有若干个"opt+freq"分子和若干个水，因此[molecules]下面要体现出正确的分子数量，使top文件中总原子数=gro文件中的总原子数，并且顺序也应该和gro文件里对应类型的原子顺序一致。见http://bbs.keinsci.com/thread-39144-1-1.html

另：管分子叫"opt+freq"后期恐怕整理文件要费点心思

作者
Author: k64_cc 时间: 2023-8-15 00:55
gmx solvate的时候没能成功给top文件加水，原因不明，最后一行补上就行了。

作者
Author: xsc6 时间: 2023-8-15 01:14
水的数量完全没有在主topol文件里体现

作者
Author: xsc6 时间: 2023-8-15 01:15

xsc6 发表于 2023-8-15 01:14
水的数量完全没有在主topol文件里体现

而且你左边的明明是gro文件，怎么又是top文件，是不是加水过程中没有写记录到top文件

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-8-15 09:38

k64_cc 发表于 2023-8-15 00:55
gmx solvate的时候没能成功给top文件加水，原因不明，最后一行补上就行了。

老师，我想问下，补的时候应该输入什么，第一次接触这个，还不太懂

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-8-15 09:41

xsc6 发表于 2023-8-15 01:15
而且你左边的明明是gro文件，怎么又是top文件，是不是加水过程中没有写记录到top文件

左边是加水得到的gro文件啊，右边是top文件，请问老师加水的数量怎么在top文件里体现，应该输入什么去体现

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-8-15 11:19

Graphite 发表于 2023-8-14 23:48
体系中该有若干个"opt+freq"分子和若干个水，因此[molecules]下面要体现出正确的分子数量，使top文件中总原 ...

老师，我把gro文件里那2314个分子信息全部粘贴进top文件里{molecules}下面就能解决问题吗？
还是说我需要在top文件里{molecules}下面输入什么就能解决问题？
请老师指正下

作者
Author: xsc6 时间: 2023-8-19 00:32

ngaoo 发表于 2023-8-15 11:19
老师，我把gro文件里那2314个分子信息全部粘贴进top文件里{molecules}下面就能解决问题吗？
还是说我需 ...

显然是不能的，首先你加水过程中是不是没有-p top文件，不然的话水的数量自己会记录，自己补加的话，最后一行就是SOL +数量，参考你上面那个分子的写法，注意数量需要与gro文件一致才可以。我感觉你可能缺乏gromoac各种字段的基本认识，所以我还是非常建议你参加sob老师gromacs培训班，不然自己琢磨有可能很长一段时间难以上路

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)