计算化学公社

标题: 求助tLeap在保存crd文件时与同时保存的pdb分子坐标有差异 [打印本页]

作者
Author: Zachariah 时间: 2023-8-15 14:14
标题: 求助tLeap在保存crd文件时与同时保存的pdb分子坐标有差异
在tleap中，想要导入一个水分子，该水分子在tleap中被定义为w1，已经溶剂化的蛋白质被定义为nap

执行：
frcc=combine {nap w1}

saveamberparm frcc macro.top macro.crd
savepdb frcc macro.pdb

保存的macro.pdb显示水分子的坐标为：

ATOM  49903  O WAT  15135 -18.145  22.287  32.483  1.00  0.00
ATOM  49904  H1  WAT  15135 -18.331  22.096  31.519  1.00  0.00
ATOM  49905  H2  WAT  15135 -18.049  21.419  32.977  1.00  0.00

但在使用ambpdb -p top -c crd > pdb命令后，得到的pdb该分子的坐标却是这样的
ATOM  49903  O WAT  5135    26.853  67.285  77.481  1.00  0.00          O
ATOM  49904  H1  WAT  5135    26.667  67.094  76.517  1.00  0.00          H
ATOM  49905  H2  WAT  5135    26.949  66.417  77.975  1.00  0.00          H

请问产生该问题的原因是什么呢

作者
Author: rpestana94 时间: 2023-8-15 21:09
If you only need the pdb, have you tried using cpptraj to get it from the top and crd? Maybe in this way you won't have that error

作者
Author: Zachariah 时间: 2023-8-18 09:10

rpestana94 发表于 2023-8-15 21:09
If you only need the pdb, have you tried using cpptraj to get it from the top and crd? Maybe in this ...

Thanks for the reply, I have tried generating crd file and top file using .pdb, but found that the Periodic box parameters are lost

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)