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标题: Gaussian计算过渡态时卡住 [打印本页]

作者
Author: keyword 时间: 2023-8-15 16:08
标题: Gaussian计算过渡态时卡住
本帖最后由 keyword 于 2023-8-15 16:09 编辑

本人刚接触Gaussian09不久现在在做胺类溶剂吸收二氧化碳的反应过渡态问题在做其中一个反应的过渡态计算时迟迟不能运算结束，想向各位大佬求助解决方法。
下面是我的输入文件
(, 下载次数 Times of downloads: 15)
[attach]73311[/attach]
这个是初步猜想的过渡态结构
(, 下载次数 Times of downloads: 8)
目前输出文件运行到下面的步骤
Harris functional with IExCor=  402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 4.38D-02 ExpMax= 8.59D+03 ExpMxC= 1.30D+03 IAcc=2 IRadAn=       4 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=       4 IDoV= 1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=          0 FMFlag=    100000 FMFlg1=          0
      NFxFlg=          0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
      Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=    500 IOpCl=  0
      NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
      I1Cent=          4 NGrid=          0.
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on          energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.

已经运行四天了是一个比较小的结构之前运行过一个二氧化碳加MEA的反应最慢一个下午也可以运行出结果不知道哪里出错了
另外和我们老师反应这个问题老师让我试试把核数换成2 我现在这个就是核数为2在运行换完之后和换之前不一样的是之前核数是4的时候它运行时间长而且最后不一定会出结果都会报错
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
上图是核数为4时一个报错的out文件
现在换成2之后它运行四天了还没报错
基组如下：
%chk=E:\guassian\second\secondone.chk
%nprocshared=2
# opt=(calcall,ts,noeigen) freq b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(solvent=water)
geom=connectivity

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-15 16:14
你确定这个反应不是无垒反应吗？
一般找过渡态半天找不着的最常见原因之一，就是拿一个根本没有过渡态的反应来强行找过渡态，所以才找不着

作者
Author: keyword 时间: 2023-8-15 16:19

wzkchem5 发表于 2023-8-15 16:14
你确定这个反应不是无垒反应吗？
一般找过渡态半天找不着的最常见原因之一，就是拿一个根本没有过渡态的反 ...

您好，感谢回答！老师给我了一些双胺溶剂吸收二氧化碳的文献，里面有类似的反应都是有过渡态的，并且也在一些文献里看到我要做的其中一个胺了，老师也是让我按着过渡态反应来的
我之前运行出来过一个完整的结果，但因为运行出的结果模型太离谱所以还在继续找过渡态中

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-15 16:29

keyword 发表于 2023-8-15 09:19
您好，感谢回答！老师给我了一些双胺溶剂吸收二氧化碳的文献，里面有类似的反应都是有过渡态的，并且也在 ...

你没有加色散校正，把色散校正加上再试。
另外文献有过渡态的反应和你的反应本来就不一样，尤其假如文献的能垒（或者逆反应能垒）极其低的话，对于体系任何微不足道的改动都会导致这个反应由有过渡态变成没有过渡态。甚至有时反应严格一样，只是换了一个泛函就导致过渡态消失的情况，都比比皆是。

作者
Author: keyword 时间: 2023-8-15 16:59

wzkchem5 发表于 2023-8-15 16:29
你没有加色散校正，把色散校正加上再试。
另外文献有过渡态的反应和你的反应本来就不一样，尤其假如文献 ...

好的好的我加上试一试感谢！

作者
Author: kimariyb 时间: 2023-8-15 21:03
本帖最后由 kimariyb 于 2023-8-15 21:21 编辑

看了一下你贴的图片，你是看见那一串 warning，然后就觉得是报错了吗，如果你是看见 warning 就觉得报错了，那你就继续等着就行了。我不知道你内存设置了多少，30 多个原子如果只设置设置 2 个核算，又用的默认内存，还加了弥散，还写了 calcall，如果是在 windows 下算，算一个星期我觉得都有可能。你这四天不算什么，之前还有算一个月的。

已经运行四天了是一个比较小的结构之前运行过一个二氧化碳加MEA的反应最慢一个下午也可以运行出结果不知道哪里出错了
另外和我们老师反应这个问题老师让我试试把核数换成2 我现在这个就是核数为2在运行换完之后和换之前不一样的是之前核数是4的时候它运行时间长而且最后不一定会出结果都会报错

记得下次别把输入文件说成基组了，你的基组只是 6-311+g**

基组如下：

作者
Author: Freeman 时间: 2023-8-16 11:10
基组大，核少，内存不设大只用默认值，而且calcall，肯定慢嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-18 05:49
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: keyword 时间: 2023-8-19 12:01

kimariyb 发表于 2023-8-15 21:03
看了一下你贴的图片，你是看见那一串 warning，然后就觉得是报错了吗，如果你是看见 warning 就觉得报错了 ...

感谢回答！我这个是直接计算终止了，warning这儿是终止后的输出文件的最后一部分，我现在换了基组在重新算，我老师跟我说让我把现在运行的文件中断再以结果文件为输入文件重新运行，请问这样是否有用啊

作者
Author: keyword 时间: 2023-8-19 12:02

Freeman 发表于 2023-8-16 11:10
基组大，核少，内存不设大只用默认值，而且calcall，肯定慢嘛

感谢回答！我也意识到这个问题了现在在重新算了X﹏X

作者
Author: keyword 时间: 2023-8-19 12:07

sobereva 发表于 2023-8-18 05:49

感谢sob老师！我现在换了小基组重新计算，应该会快一些

作者
Author: zixuan 时间: 2023-8-31 11:20

keyword 发表于 2023-8-19 12:07
感谢sob老师！我现在换了小基组重新计算，应该会快一些

小基组不是关键，主要是现在2023年了，一个4000的轻薄本都有16线程，凭啥一个任务两个线程算？我一般都是满核跑，剩下的核不用干啥？另外不要用windows，不要用windows，千万别用windows，很拉跨的，实在不行装个虚拟机也要用linux

作者
Author: keyword 时间: 2023-10-2 21:30

zixuan 发表于 2023-8-31 11:20
小基组不是关键，主要是现在2023年了，一个4000的轻薄本都有16线程，凭啥一个任务两个线程算？我一般都是 ...

谢谢老师！确实太慢了，现在在学Linux，打算都用它算了

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