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标题: 求助：加赝势的mol和dal文件怎么书写 [打印本页]
作者
Author: 张晓婷    时间: 2023-8-15 16:22
标题: 求助：加赝势的mol和dal文件怎么书写
各位老师，请问我要对分子中的碘原子加SDD赝势，mol中的基组怎么书写？是图中的第一个基组吗？Basis=  ECP=
使用原子平均场近似法计算Sn和Tn态之间的旋轨耦合常数，使用赝势的话，在dal文件中还需要加.ECPHOS吗？不用全电子基组的话旋轨耦合矩阵元算的准吗？
谢谢各位老师解答。
作者
Author: zjxitcc    时间: 2023-8-15 17:11
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-8-15 17:13 编辑

不用费时间去鼓捣这些，让fch2dal小程序自动生成.mol和.dal文件就行了，剩下的东西你自己加。比如我们写个高斯gjf文件，这里以甲基碘CH3I为例，
  1. %chk=CH3I.chk
  2. %mem=8GB
  3. %nprocshared=4
  4. #p B3LYP genecp nosymm int=nobasistransform

  6. title

  8. 0 1
  9. C     1.41371339   -0.35439137    0.00000000
  10. H     1.77036782   -1.36320137    0.00000000
  11. H     1.77038623    0.15000682   -0.87365150
  12. H     0.34371339   -0.35437818    0.00000000
  13. I     2.11372551    0.63554901    1.71464314

  15. H C 0
  16. def2TZVP
  17. ****
  18. I 0
  19. SDD
  20. ****

  22. I 0
  23. SDD

复制代码
提交
  1. g16 CH3I.gjf
复制代码
这就有了CH3I.chk文件。执行
  1. fch2dal CH3I.chk
复制代码
会生成CH3I.dal，CH3I.mol两个文件和赝势文件夹ecp_data，前者含有简单的关键词和收敛的分子轨道，后者含有坐标、基组和读取赝势的关键词。把CH3I.dal文件里.HF改成B3LYP
  1. .DFT
  2. B3LYPg
复制代码
后面不动。提交给Dalton，SCF 2圈收敛，不仅省了书写输入基组和赝势的时间，连SCF时间都省了。可以自己修改.dal文件做更复杂的计算。想用（相对论）全电子、自定义、混合基组都行，只要会gjf格式，其他量化程序基组格式都不用学；想用DKH2哈密顿也行（在gjf里写int(nobasistransform,DKH2)，生成的.dal文件就会含有相应关键词）；不想要高斯的轨道也行、不想让高斯做SCF迭代也行。fch2dal是MOKIT里的一个小程序，见中文简介，可在线安装，还有Linux预编译版直接下载。
你这个看着得用相对论全电子基组。

作者
Author: 张晓婷    时间: 2023-8-17 15:06
zjxitcc 发表于 2023-8-15 17:11
不用费时间去鼓捣这些，让fch2dal小程序自动生成.mol和.dal文件就行了，剩下的东西你自己加。比如我们写个 ...

谢谢老师的解答，我尝试一下。
如果要用全电子基组的话，请问对碘用什么全电子基组呢? 我是在文献中看见有人用SDD赝势算了旋轨耦合矩阵元，来论坛学习一下发现不能用了，所以现在不知道该怎么算了
作者
Author: zjxitcc    时间: 2023-8-21 13:49
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-8-21 13:52 编辑
张晓婷 发表于 2023-8-17 15:06
谢谢老师的解答，我尝试一下。
如果要用全电子基组的话，请问对碘用什么全电子基组呢? 我是在文献中看见 ...

Dalton考虑旋轨耦合有三四种计算方式，有方法的也可以用ECP，但精度较差，建议反复阅读beefly老师的教程（http://bbs.keinsci.com/thread-2455-1-1.html），他写的比我说的靠谱。我个人推荐你使用DKH2标量相对论哈密顿；对所有原子用ANO-RCC-VDZP基组（体系小的话可以全部或重要原子用ANO-RCC-VTZP），这是个相对论全电子基组；使用AMFI近似。

顺便一提，我在2L回复中的技巧同样适用。比如int(DKH2,nobasistransform)，使用gen自定义ANO-RCC基组等。

作者
Author: 张晓婷    时间: 2023-10-22 19:59
本帖最后由 张晓婷 于 2023-10-22 20:10 编辑
zjxitcc 发表于 2023-8-21 13:49
Dalton考虑旋轨耦合有三四种计算方式，有方法的也可以用ECP，但精度较差，建议反复阅读beefly老师的教程 ...

您好，请问你说的这个ANO-RCC-VDZP基组dalton里面没有，只有ano-1、ano-2、ano-3这种，请问对应的是哪一个呀？这三个对于碘没有定义，找不到您说的这个基组。
作者
Author: zjxitcc    时间: 2023-10-22 22:03
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-10-22 22:06 编辑
张晓婷 发表于 2023-10-22 19:59
您好，请问你说的这个ANO-RCC-VDZP基组dalton里面没有，只有ano-1、ano-2、ano-3这种，请问对应的是哪一 ...

有的，基组文件位置是dalton/basis/ANO-RCC，不过我不清楚这对应的是ANO-RCC-VDZP，ANO-RCC-VTZP，ANO-RCC-VQZP中的哪一个，你可以自己琢磨一下。当然，我不用这些东西。如果是我，我会写一个gjf文件
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
其中ANO-RCC-VDZP基组文件可以在$MOKIT_ROOT/mokit/basis/目录下找到，所以我用的是引用路径，你在你自己机器上需按实际真实路径修改。提交给Gaussian
  1. g16 CH3I.gjf
复制代码
成功后执行
  1. fch2dal CH3I.chk
复制代码
产生CH3I.dal和CH3I.mol文件，内含Gaussian产生的SCF初始轨道，坐标，ANO-RCC-VDZP基组数据，简单的关键词等。其他部分不用改，只需把.HF改成
  1. .DFT
  2. B3LYPg
复制代码
提交Dalton任务，这个例子比较简单，B3LYP会在10圈后收敛。如果在gjf文件中把guess(only,save)去掉，即让Gaussian完全收敛，则传的轨道就是收敛的B3LYP轨道，Dalton会极速收敛。
作者
Author: tianmafei    时间: 2024-6-11 08:37
zjxitcc 发表于 2023-10-22 22:03
有的，基组文件位置是dalton/basis/ANO-RCC，不过我不清楚这对应的是ANO-RCC-VDZP，ANO-RCC-VTZP，ANO-RC ...

邹老师好！请您指教一个问题，我使用ORCA计算了一个钌配合物分子的单点，泛函是CAM-B3LYP，基组是DKH-def2-TZVP，对钌离子用SARC-DKH-TZVP；之后用mkl2dal得到了Dalton计算用的dal和mol文件，但运行时Dalton报错说mol文件中太多行了。这个问题能解决吗？先谢谢啦！
作者
Author: zjxitcc    时间: 2024-6-11 11:52
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-6-11 11:55 编辑
tianmafei 发表于 2024-6-11 08:37
邹老师好！请您指教一个问题，我使用ORCA计算了一个钌配合物分子的单点，泛函是CAM-B3LYP，基组是DKH-def ...

（1）要说明ORCA中用了什么相对论哈密顿。如果用的是DKH2，那Dalton中也有DKH2可以用，二者可以相符较好。如果在ORCA中用的是ZORA，那建议不要/不用传轨道，Dalton我记得没有ZORA，勉强硬传 效果很差。既然要传轨道，就要尽可能保证方法基组等各种计算条件几乎100%一致。而如果在ORCA没有用任何标量相对论哈密顿，那它是一个错误的计算，无需传轨道。
（2）展示Dalton具体报错信息截图，至少20行，如果有输入输出文件上传更好。
（3）先尝试一个水分子是否能正常走完你想要的流程。

作者
Author: tianmafei    时间: 2024-6-11 17:31
本帖最后由 tianmafei 于 2024-6-11 17:54 编辑
zjxitcc 发表于 2024-6-11 11:52
（1）要说明ORCA中用了什么相对论哈密顿。如果用的是DKH2，那Dalton中也有DKH2可以用，二者可以相符较好 ...

邹老师您好！我在ORCA中用了DKH2相对论哈密顿，计算级别为CAM-B3LYP/DKH-def2-TZVP，辅助基组是SARC/J，钌离子用SARC-DKH-TZVP基组。用mkl2dal得到的输入文件已上传，在Dalton2020.1中跑磷光寿命任务时，刚开始就提示mol文件中太多行的错误。 (, 下载次数 Times of downloads: 1)

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作者
Author: tianmafei    时间: 2024-6-12 18:15
zjxitcc 发表于 2024-6-11 11:52
（1）要说明ORCA中用了什么相对论哈密顿。如果用的是DKH2，那Dalton中也有DKH2可以用，二者可以相符较好 ...

邹老师，用一个水分子能正常走完流程。在ORCA中用DKH2相对论哈密顿，计算级别为CAM-B3LYP/DKH-def2-TZVP，辅助基组是SARC/J。用mkl2dal得到dal文件和mol文件，在Dalton2020.1中正常跑完了磷光寿命任务。我要算的钌配合物分子含有130个原子，用Dalton跑磷光寿命任务时，出错提示说mol文件中行太多了。
作者
Author: zjxitcc    时间: 2024-6-14 16:40
tianmafei 发表于 2024-6-12 18:15
邹老师，用一个水分子能正常走完流程。在ORCA中用DKH2相对论哈密顿，计算级别为CAM-B3LYP/DKH-def2-TZVP ...

（1）.dal文件开头几行中要指定DKH2哈密顿，例如
  1. **DALTON INPUT
  2. .DOUGLAS-KROLL
  3. .RUN WAVE FUNCTIONS
  4. ...
复制代码
ORCA的mkl文件中不会写DKH2信息，所以mkl2dal小程序生成的dal文件也没有DKH2信息，需要自己补充。

（2）如果你这个体系一种元素的所有原子用的是同样的基组，那可以简化这个文件，具体操作：启动Python，运行
  1. from mokit.lib.rwgeom import merge_bas_in_dalton_mol
  2. merge_bas_in_dalton_mol('rurho6gpst1nonsolventmokit.mol')
复制代码
相邻同种元素的各个原子的基组数据会合并同类项，因此文件内容会更新变短。使用该功能要求MOKIT版本 >= v1.2.6rc34。该功能不适用于这种罕见特例：同种元素的不同原子使用不同的基组，例如1号H用def2SVP，2号H用6-31G(d,p)。

（3）完成上述改动后，Dalton不会报mol文件行数过多的错误，但会报另一个错误，例如
  1. BASPRO error, number of shells                   2053
  2.                current maximum number (MXSHEL)    1500
  3. Increase MXSHEL in DALTON/include/maxorb.h and recompile.
复制代码
这些错误是由于Dalton把一些参数的上限固定值写在它代码里，是不良编程习惯，跑大一点的体系容易超过个别参数的上限。我们需要打开dalton-Dalton2020.1/DALTON/include/maxorb.h文件将MXSHEL = 1500改成MXSHEL = 2053，然后重新编译Dalton才能进行计算。

（4）如果ORCA中你有写关键词defgrid3，那在.dal文件中CAMB3LYP下最好写上
*DFT INPUT
.ULTRAF
相当于Gaussian的ultrafine。

由于体系较大，基函数不少，还用了DKH2哈密顿，且不清楚前置ORCA计算的关键词合理程度，修改完上述几点后，Dalton可以正常跑起来，但不保证后续可以正常完成计算任务。
作者
Author: tianmafei    时间: 2024-6-18 08:17
zjxitcc 发表于 2024-6-14 16:40
（1）.dal文件开头几行中要指定DKH2哈密顿，例如
ORCA的mkl文件中不会写DKH2信息，所以mkl2dal小程序生 ...

邹老师您好！
         我编译了pyscf，也启动了python，   在做 from mokit.lib.rwgeom import merge_bas_in_dalton_mol时报错ImportError:cannot import name'merge_bas_in_dalton_mol' from 'mokit.lib.rwgeom'。我做回伸手党，您可以把merge_bas_in_dalton_mol('rurho6gpst1nonsolventmokit.mol')后的文件传给我用吗？谢谢啦！
作者
Author: zjxitcc    时间: 2024-6-18 14:48
tianmafei 发表于 2024-6-18 08:17
邹老师您好！
         我编译了pyscf，也启动了python，   在做 from mokit.lib.rwgeom import merge_b ...

注意11L中的描述“使用该功能要求MOKIT版本 >= v1.2.6rc34”
作者
Author: tianmafei    时间: 2024-6-19 07:39
本帖最后由 tianmafei 于 2024-6-19 08:02 编辑
zjxitcc 发表于 2024-6-18 14:48
注意11L中的描述“使用该功能要求MOKIT版本 >= v1.2.6rc34”
邹老师您好！
         多谢邹老师指点！我查到我现在使用的版本是v1.2.6rc32，我刚下载了 v1.2.6rc34版本，我自己尝试着做一下。我是个菜鸟，给邹老师添麻烦了，再次感谢邹老师的耐心和指点迷津！
作者
Author: tianmafei    时间: 2024-6-19 07:54
本帖最后由 tianmafei 于 2024-6-19 08:03 编辑
zjxitcc 发表于 2024-6-18 14:48
注意11L中的描述“使用该功能要求MOKIT版本 >= v1.2.6rc34”

邹老师您好！
         多谢邹老师指点！我查到我现在使用的版本是v1.2.6rc32，我刚下载了 v1.2.6rc34版本，我自己尝试着做一下。我是个菜鸟，给邹老师添麻烦了，再次感谢邹老师的耐心和指点迷津！



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