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标题: 求助，怎么在NAMD中把蛋白质设置为刚性 [打印本页]

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Author: CUIGH 时间: 2023-8-16 13:59
标题: 求助，怎么在NAMD中把蛋白质设置为刚性
本帖最后由 CUIGH 于 2023-8-16 14:00 编辑

colvar {
name RMSD

rmsd {
      atoms {
      atomsFile project1_protein.pdb
      atomsCol O
      atomsColValue 2.0
            }
      refpositionsfile  project1_protein.pdb
      }
   }

在XXX.in中我只设置上面的内容是没有问题的，但加了下面就会报错（error in the collective variables module）

harmonic{
      colvars    RMSD
      centers    0
      forceConstant 20.0
}

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