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标题: 求助USPEX (V 9.4.4)如何在本地运行 [打印本页]

作者
Author: luzujia 时间: 2023-8-17 10:43
标题: 求助USPEX (V 9.4.4)如何在本地运行
本帖最后由 luzujia 于 2023-8-17 10:52 编辑

各位老师好，最近在摸索USPEX（Version 9.4.4，封装了MATLAB），在尝试跑例9（EX09）的时候，刚开始用修改后的submitJob_local.py提交，我对python不熟，只能按自己的理解把原来的脚本改了，改的地方如下图。checkStatus_local.py文件没有改。运行后发现只有CalcFold1里的任务是正常计算完成的，其它的CalcFold*都没有算就结束了。应该是提交脚本没有正确编辑，各位老师能帮我看看应该怎么改吗，两个原始版本的提交脚本已上传。

另外，我在一个博文里（科学网—关于天河二号运行USPEX的方法 - 耿华运的博文 (sciencenet.cn)）看到如果USPEX和VASP在同一个节点内的话，可以将whichCluster设为0（无脚本运行）。用这种方法运行时发现此时所有的CalcFold*可以依次运行，但算完第一步就结束了（如图3）。而且后面好像还是要用到Submission文件夹里的脚本（因为有一次我把这个文件夹删除后运行，USPEX后面会自己重新拷贝回来）。大佬们知道是什么原因吗。最后，whichCluster的0和1选项好像可以在本地运行，这两者有什么区别呢。

作者
Author: 三天写出SCI 时间: 2023-9-7 22:27
请问楼主解决了吗？我最近也有这个问题

作者
Author: luzujia 时间: 2023-9-13 22:11

三天写出SCI 发表于 2023-9-7 22:27
请问楼主解决了吗？我最近也有这个问题

没解决。最后用10.3390/molecules28114471补充材料里的脚本跑通了算例

作者
Author: docshen777 时间: 2024-6-8 11:36
请问楼主搞明白0和1的区别了吗？我现在用0遇到了和您一样的问题。用1则无法正常运行，提交脚本报错，也不知道怎么改。

作者
Author: 忘川秋水 时间: 2024-12-5 21:01

luzujia 发表于 2023-9-13 22:11
没解决。最后用10.3390/molecules28114471补充材料里的脚本跑通了算例

请问方便提供下这个脚本或者链接吗，我没有找到补充材料

作者
Author: luzujia 时间: 2024-12-6 15:20

忘川秋水发表于 2024-12-5 21:01
请问方便提供下这个脚本或者链接吗，我没有找到补充材料

去文献官网找surporting information，仔细找找

作者
Author: suzhe 时间: 2025-4-16 15:44

docshen777 发表于 2024-6-8 11:36
请问楼主搞明白0和1的区别了吗？我现在用0遇到了和您一样的问题。用1则无法正常运行，提交脚本报错，也不知 ...

您好，请问您问题解决了嘛

作者
Author: YKL 时间: 2026-3-4 18:59

luzujia 发表于 2024-12-6 15:20
去文献官网找surporting information，仔细找找

楼主你好，可以说一下是哪篇文献吗

作者
Author: luzujia 时间: 2026-3-4 21:11

YKL 发表于 2026-3-4 18:59
楼主你好，可以说一下是哪篇文献吗

10.3390/molecules28114471

作者
Author: YKL 时间: 2026-3-5 09:11

luzujia 发表于 2026-3-4 21:11
10.3390/molecules28114471

谢谢楼主，入门小白最近在被折磨

作者
Author: YKL 时间: 2026-3-5 09:17

luzujia 发表于 2026-3-4 21:11
10.3390/molecules28114471

楼主还记得当初你帖子里面的问题是怎么解决的吗，现在我有一样的疑惑，在我刚发的帖子里面还有好些这种入门问题

作者
Author: luzujia 时间: 2026-3-5 13:54

YKL 发表于 2026-3-5 09:17
楼主还记得当初你帖子里面的问题是怎么解决的吗，现在我有一样的疑惑，在我刚发的帖子里面还有好些这种入 ...

用whichCluster为1的模式，检查submitJob_local.py里myrun_content = '''.....'''部分对应的排队系统提交任务脚本能正常提交任务，注意这部分里第二个{}对应的commandExecutable就是INPUT.txt的“% commandExecutable“。再有就是检查checkStatus_local.py里的命令是否能正确检查USPEX提交的任务完成情况。最后还有一个很恶心的bug是USPEX在构建CP2K输入文件的时候会因为引用subsys.uspex文件而多写一次"SUBSYS"，我的解决方案是在提交脚本里用sed命令把它删掉。如下图所示。这个bug原来的文献没有提到，不知道你会不会遇到。总之，在理解USPEX运行的机制后随机应变吧。祝你好运。

作者
Author: YKL 时间: 2026-3-5 15:04

luzujia 发表于 2026-3-5 13:54
用whichCluster为1的模式，检查submitJob_local.py里myrun_content = '''.....'''部分对应的排队系统提交 ...

嗯嗯，谢谢楼主的答疑

作者
Author: YKL 时间: 2026-3-6 12:06

luzujia 发表于 2023-9-13 22:11
没解决。最后用10.3390/molecules28114471补充材料里的脚本跑通了算例

楼主，你是在本地跑的吗，感觉自己电脑应该跑不动这个算例呢

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