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标题: 求助：能量最小化中冻结水分子而报错Can not invert matrix, determinant = -inf [打印本页]

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Author: icecream 时间: 2023-8-17 18:00
标题: 求助：能量最小化中冻结水分子而报错Can not invert matrix, determinant = -inf
各位大佬们好。由于某些原因，在进行分子动力学模拟的能量最小化过程中，我需要冻结包括水在内的所有重原子。在em的grompp过程中没有问题，而到了mdrun步骤，gromacs报错“Can not invert matrix, determinant = -inf” ，由于第一次使用冻结组，不知道这个问题如何解决。另外我尝试了不冻结水分子的氧原子就不会出现这个错误，不知道是否是因为冻结水氧原子而导致的？谷歌这个问题我没有找到答案，求助大佬门！
em的mdp文件以及gromacs报错信息在图中显示

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Author: sobereva 时间: 2023-8-18 04:51
用CPU版计算再试，如果也有这个问题，改成通过位置限制势实现固定

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Author: icecream 时间: 2023-8-18 10:44

sobereva 发表于 2023-8-18 04:51
用CPU版计算再试，如果也有这个问题，改成通过位置限制势实现固定

好的谢谢我试试

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Author: wudiazhu 时间: 2024-12-17 00:50
今天也遇到这个报错了，折腾了半天发现是只冻结水氧原子的话得用柔性水，即在mdp文件里加入define = -DFLEXIBLE来启用水力场的键伸缩等参数。不知是不是bug，我用的版本是2023版的GROMACS，主要这个报错也看不出什么东西....

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