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标题: 求助，溶液结冰时冰晶移动，溶质分子周期性问题 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-8-17 21:04
标题: 求助，溶液结冰时冰晶移动，溶质分子周期性问题
本帖最后由非好汉于 2023-8-17 21:16 编辑

求助，请问各位大佬，在溶液结冰中出现的一些问题(刚开始中间是冰，两侧是溶液，两侧各有7个溶质分子)
0ns------30ns------100ns（下面三幅图为去除水分子的图）

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1.随着冰晶的生长，单侧溶质分子减少，另一侧溶质分子增加，是因为周期性吗？
2.如果是，是不是沿着冰晶中间切断，然后把左半部分放到右半部分，就是一个完整的图？（还得上下左右切分，周期性设置的pbc = xyz）
3.能否在已有的模拟结果下，取消周期性，因为我想看冰晶结冰，单侧浓度的变化？
4.或者说因为周期性，左右两侧浓度相等，那是不是可以研究冰晶生长对应整个溶液的浓度？
5.如果3不能，那在重新计算时，如何设置非周期性，看冰晶结冰，单侧浓度的变化？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-18 04:49
动力学模拟过程中由于力和坐标的计算误差并累积，整个体系可能存在明显的虚假的平移
如果两侧状态本来就是相同的，两侧的冰的增长应当是对称的，为了可视化方便，可以把根据冰的中央的一些原子定义成一个组，用trjconv结合-center转换轨迹时让它们始终居中

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-8-18 12:27

sobereva 发表于 2023-8-18 04:49
动力学模拟过程中由于力和坐标的计算误差并累积，整个体系可能存在明显的虚假的平移
如果两侧状态本来就是 ...

好的，谢谢老师，我试试

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