计算化学公社

标题: 过渡态用小基组找到了，换成大基组就不行了。。。 [打印本页]

作者
Author: 快乐如我 时间: 2016-8-22 17:02
标题: 过渡态用小基组找到了，换成大基组就不行了。。。
如题，请教各位前辈，我用M06-2X/TZVP找到了我想要的过渡态，虚频-440，但当我用已经找到的这个过渡态结构作为输入文件，在相同方法较大基组（def2-tzvp）下优化结构就走偏了，而且不收敛，请问这应该怎么解决呢？

作者
Author: kekexili_08 时间: 2016-8-22 20:26
拷贝原来chk到新的chk，输入文件里面读力常数， opt(readfc,TS) geom=check

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-23 12:09
除非有碱、碱土金属，否则TZVP找出来的就结构已经足够准确，提升到def2-TZVP没必要
也有可能是前几步步长太大，从原先过渡态结构直接走到奇怪的地方去了
如果非要用def2-TZVP再验证一下，用TZVP找的TS结构作为初猜，尝试opt(TS,calcall,maxstep=5) （calcall用不动就calcfc）

作者
Author: 快乐如我 时间: 2016-8-23 16:35

sobereva 发表于 2016-8-23 12:09
除非有碱、碱土金属，否则TZVP找出来的就结构已经足够准确，提升到def2-TZVP没必要
也有可能是前几步步长 ...

好的，我试一下，多谢老师

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2018-7-25 02:35
有时候不同基组描述的势能面在某些地方差别较大，所以建议方法是在新的基组下重新扫描一下势能面再算过渡态。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-25 04:10

风飞发表于 2018-7-24 23:02
老师：您好！我用m062X/def2SVP 和m062X/6-311g*都能找到这个过渡态，可是我提升到m062X/def2tzvpp 时优 ...

如置顶的新人必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传，以节约论坛空间、加快下载速度。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-25 04:14

风飞发表于 2018-7-24 23:02
老师：您好！我用m062X/def2SVP 和m062X/6-311g*都能找到这个过渡态，可是我提升到m062X/def2tzvpp 时优 ...

别加tight，根本没意义，导致很难达到收敛限。
没加弥散函数、没碰到SCF不收敛的时候别写这些，没意义：SCF(novaracc,noincfock,nodiis,Fermi,vshift=300) 。写了nodiis通常只会让SCF收敛困难得多
maxstep没必要设那么小，顶多3就到头了

初始结构摆得一看就不像是过渡态的样子。若当真M06-2X/6-311G*下找到了过渡态，直接用那个过渡态结构当M06-2X/def2-TZVPP找过渡态的初猜结构

作者
Author: 风飞 时间: 2018-7-25 08:51
本帖最后由风飞于 2018-7-25 10:04 编辑

一颗赛艇发表于 2018-7-25 02:35
有时候不同基组描述的势能面在某些地方差别较大，所以建议方法是在新的基组下重新扫描一下势能面再算过渡态 ...

老师：您好，您的意思在优化好结构的基础上（小基组），改用大基组进行势能面扫描，找最低点再次进行初始猜测是吗？
弱弱的问一句，是用猜测的过渡态结构来进行刚性扫描吗？

作者
Author: mutron 时间: 2018-7-25 21:13

风飞发表于 2018-7-25 09:34
老师：您好，其实我最先用的方法和基组是b3lyp/6-31G*，在这个的基础上优化成功了，并且走了IRC也成功了 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 73) 看了一下你B3LYP/6-31G*优化出来的过渡态虚频震动模式和你的IRC产物，并没有对应键的生成或者断裂，你是想要什么样的过渡态？

(, 下载次数 Times of downloads: 57) 换成B3LYP/def2TZVPP，读取B3LYP/6-31G*下的初猜，会变成另一个过渡态，N和C成键；M062X/def2TZVPP也会变成这个过渡态

然而这些都不是CH2OO（Criegee intermediate）通常的氧化反应过渡态：
(, 下载次数 Times of downloads: 59) B3LYP-D3BJ/def2TZVPP，其中一个构型，N和O成键

作者
Author: 风飞 时间: 2018-7-26 00:56

mutron 发表于 2018-7-25 21:13
看了一下你B3LYP/6-31G*优化出来的过渡态虚频震动模式和你的IRC产物，并没有对应键的生成或者断裂，你是 ...

嗯，是的，应该是CH2OO把NO氧化成NO2，这个反应，其实这个过渡态，我这边已经找到了，
在计算的时候我这边发现，CH2OO和NO首先形成的一个二聚体（NO和OO几乎是平行的），然后通过振动，NO逐渐向OO的末端移去，类似于NO中的N和OO中的O成键，然后在开始进行反应，在NO逐渐向OO末端移去的时候，形成ONO一个很弱的键，这个过渡态我可以在6-311G*这个基组上找到，但是在def2TZVP上就直接跳过了，是不是说这个过渡态不存在呢？

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2018-7-27 05:08

风飞发表于 2018-7-25 08:51
老师：您好，您的意思在优化好结构的基础上（小基组），改用大基组进行势能面扫描，找最低点再次进行初始 ...

不是。

你可以从原来IRC轨迹上TS附近找一点，在比如m062x/def2TZVPP下做柔性扫描。
扫描步长放小点，结构收敛限提高一档找，然后顺利的话你就会得到柔性扫描的曲线。

用曲线最高点当初猜找TS成功率相当高

作者
Author: 风飞 时间: 2018-7-27 19:01
本帖最后由风飞于 2018-7-27 19:19 编辑

一颗赛艇发表于 2018-7-27 05:08
不是。

你可以从原来IRC轨迹上TS附近找一点，在比如m062x/def2TZVPP下做柔性扫描。

嗯，好的，我试试，谢谢你，请问做柔性扫描，建议多小的步长合适呢？

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2018-7-28 06:17

风飞发表于 2018-7-27 19:01
嗯，好的，我试试，谢谢你，请问做柔性扫描，建议多小的步长合适呢？

假设过渡态在A处，你就A+-0.5A的范围内扫，步长粗糙点就0.1A，一般点0.05，细一点就0.02

收敛限提高到tight

作者
Author: 风飞 时间: 2018-8-3 23:42

一颗赛艇发表于 2018-7-28 06:17
假设过渡态在A处，你就A+-0.5A的范围内扫，步长粗糙点就0.1A，一般点0.05，细一点就0.02

收敛限提高到 ...

嗯，好的，我这边根据您的方法已经成功了，谢谢您，

作者
Author: mutron 时间: 2018-8-4 21:20
题主这个TS对应的反应物在M062XD3/def2TZVPP、M062XD3/maug-cc-pvtz、B3LYP/def2TZVPP、wb97xd/def2TZVPP、B2PLYP-D3BJ/def2TZVPP、MP2/cc-pvtz、CCSD/cc-pvtz 水平下不存在（或波函数不稳定），最后均会优化成CH2OO氧化反应的反应物，所以TS找不到也就不奇怪了；B3LYP-D3BJ/def2TZVPP、PBE0-D3BJ/def2TZVPP可以找到TS以及对应的反应物

而且这个TS对应的反应物在B3LYP-D3BJ/def2TZVPP下，比CH2OO氧化反应的反应物能量要高，如果研究的最终目的是氧化反应的话，个人认为这个TS意义不是太大

可否把最后找出来的TS坐标贴一下？

作者
Author: a815648905 时间: 2018-8-27 20:08

sobereva 发表于 2016-8-23 12:09
除非有碱、碱土金属，否则TZVP找出来的就结构已经足够准确，提升到def2-TZVP没必要
也有可能是前几步步长 ...

老师，我用B3LYP/6-31G计算过渡态收敛且有虚频，但是用B3LYP/6-31+G就不收敛了，而且是4个NO。加弥散的目的是涉及到弱相互作用，请问老师这种应该怎么办~

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-27 20:22

a815648905 发表于 2018-8-27 20:08
老师，我用B3LYP/6-31G计算过渡态收敛且有虚频，但是用B3LYP/6-31+G就不收敛了，而且是4个NO。加弥散的目 ...

没极化函数，计算结果没有丝毫意义，仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

作者
Author: a815648905 时间: 2018-8-28 08:55

sobereva 发表于 2018-8-27 20:22
没极化函数，计算结果没有丝毫意义，仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)