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标题: TIP4P/Ice模型模拟冰水混合物的一点疑问 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-8-18 10:27
标题: TIP4P/Ice模型模拟冰水混合物的一点疑问
最近试着模拟结冰过程，构建冰水混合物。冰用GenIce构建完毕。itp模型用社长的tip4p-ice.itp文件。请问水的itp文件可不可以也用tip4p-ice.itp呢。如果可以的话，能量极小化完毕做产生相模拟过程中出现了一个问题：两个itp文件都include到top文件里，会提示有多个settle的情况。这个该怎么处理呢。是吧两个水模型的itp文件的settle部分都去掉，当做普通配体处理呢，还是需要别的办法。
十分感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-18 15:20
可以
冰和水的拓扑文件是相同的，include一次tip4p-ice.itp就完了。

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-8-18 16:22

sobereva 发表于 2023-8-18 15:20
可以
冰和水的拓扑文件是相同的，include一次tip4p-ice.itp就完了。

感谢社长，我试试

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-8-23 20:15
本帖最后由 uenh1998 于 2023-8-23 20:30 编辑

sobereva 发表于 2023-8-18 15:20
可以
冰和水的拓扑文件是相同的，include一次tip4p-ice.itp就完了。

社长，还有一个问题。就是冰和水如果include同一个itp文件，同时要考虑冰水分别控压，能量极小化后产生相mdrun时，会报如图所示的错误。
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
但是冰水的itp文件一样，只是把残基名改了而已（如图）请问这该怎么处理呢。有个想法是把两个itp文件的#ifndef FLEXIBLE以后的部分，包括【virtual_sites3】及【exclusions】部分全去掉。这样会不会改变原有冰的参数，犯了定性的错误
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作者
Author: 牧生 时间: 2023-8-23 21:55

uenh1998 发表于 2023-8-23 20:15
社长，还有一个问题。就是冰和水如果include同一个itp文件，同时要考虑冰水分别控压，能量极小化后产生相 ...

改它干啥，去掉那些干啥呢？

冰和水，本质都是HOH水分子，它们是一样的东西，你要好好琢磨这句话。

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-8-23 22:25
本帖最后由 uenh1998 于 2023-8-23 22:34 编辑

牧生发表于 2023-8-23 21:55
改它干啥，去掉那些干啥呢？

冰和水，本质都是HOH水分子，它们是一样的东西，你要好好琢磨这句话。

这我知道所以用的是一个拓扑我的初始结构是冰水的混合物。然后为了冰和水分别控压，自然冰水就不能都用SOL（区分不开），所以用了两个itp文件，一个表示水一个表示冰。然后就出现那种错了

顺便问下如果盒子里塞满TIP4P/ICE 水，模拟大概多久能结冰需不需要预先添加一定量的冰晶体作为凝结核加快结冰速度。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-24 04:43

uenh1998 发表于 2023-8-23 22:25
这我知道所以用的是一个拓扑我的初始结构是冰水的混合物。然后为了冰和水分别控压，自然冰水就不能都用 ...

分子类型名和组名是两码事
组直接在index文件里定义就完了，这是原子序号层面的事。不管你怎么划分组，都不影响水相和冰相里的分子共用相同的TIP-4P-ice的itp

需要加一定的冰

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-8-24 08:47

sobereva 发表于 2023-8-24 04:43
分子类型名和组名是两码事
组直接在index文件里定义就完了，这是原子序号层面的事。不管你怎么划分组， ...

谢谢社长，我试试

作者
Author: CB2024 时间: 2024-2-23 08:20
你好，请教个问题，我用genice生成tip4p模型时，生成的冰是倾斜的，这是什么原因造成的？

作者
Author: 动力学 时间: 2024-4-14 13:12

uenh1998 发表于 2023-8-23 22:25
这我知道所以用的是一个拓扑我的初始结构是冰水的混合物。然后为了冰和水分别控压，自然冰水就不能都用 ...

你好请问为什么要对水和冰分别控压？不分别控压的话不会形成冰么？

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