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标题: 求助，关于gromacs续跑问题 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-8-18 12:33
标题: 求助，关于gromacs续跑问题
求助，请问各位大佬，关于gromacs的续跑问题
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
在跑完md1的基础上，想再跑5ns，可以不用上述方法，
gmx grompp -f md2.mdp -c md1.gro -r md1.gro -p one.top -n one.ndx -o md2.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md2
用这两行命令跑吗？
(top和ndx文件都是跑md1时用的)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-18 15:24
严格精确续跑必须结合cpt文件

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-8-18 16:17

sobereva 发表于 2023-8-18 15:24
严格精确续跑必须结合cpt文件

好的，谢谢老师

作者
Author: CharlesN 时间: 2023-11-28 10:49

sobereva 发表于 2023-8-18 15:24
严格精确续跑必须结合cpt文件

还有个问题sob老师我这样反复启动md模拟会不会跑到最后发现跑乱套了呀

我是不是需要断点看一下模拟的结果

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-29 00:10

CharlesN 发表于 2023-11-28 10:49
还有个问题sob老师我这样反复启动md模拟会不会跑到最后发现跑乱套了呀我是不是需要断点看一下模 ...

自己搞清楚命令的用法和逻辑自然就不会

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