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标题: 求助：关于蛋白质配体复合物模拟中配体相关的问题 [打印本页]

作者
Author: 长夜梦我 时间: 2023-8-18 18:09
标题: 求助：关于蛋白质配体复合物模拟中配体相关的问题
老师好，我想问下以下几个问题
1、多配体体系是否可以当成单配体体系来进行动力学模拟
2、Mg2+属于过渡金属嘛，看了之前的sob老师回复的帖子说碱土金属不属于过渡金属，但想再确认一下Mg2+是否属于过渡金属，参与配位键的形成。此处为Mg2+与ADP结合
3、在做ADP-GlcNac-Mg2+s双配体体系时候，ADP位置正确，但GlcNac配体位置不对。又做了只有GlcNAc配体的动力学模拟，配体位置还是不对。后阅读了博文《谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因》（http://sobereva.com/632）。猜测可能是电荷的问题，后根据博文《计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）》（http://sobereva.com/476）。将pdb文件作为输入文件，获得了3个chg文件。后根据博文《使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件》（http://sobereva.com/635），生成拓扑文件时候发现并无fchk文件。因此在这一步，选择了选项4 从力场库自动选择，缺少则猜一个。但进行动力学模拟时，配体还是会脱离。想请问一下老师，我这个是电荷计算的问题嘛，还是其他问题。或者说需要上传哪些文件以便老师您看一下错误

所用力场为AMBER99SB-ILDN protein力场，结构为X光衍射结构

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-19 04:57
1 “当成”语义不明。有基本的举一反三能力、搞清楚GROMACS拓扑文件的逻辑的话，不可能会模拟带一个配体的情况就不会模拟带两个配体

2 显然不属于。这属于高中程度的化学知识

3 可能性太多。原子电荷只可能是原因之一。也不排除拓扑文件其它哪里弄错了。所有可能性在632博文里都提了

没有特殊情况时，对有机小分子让sobtop直接用GAFF力场，http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11明确说了

作者
Author: 长夜梦我 时间: 2023-8-19 10:18

sobereva 发表于 2023-8-19 04:57
1 “当成”语义不明。有基本的举一反三能力、搞清楚GROMACS拓扑文件的逻辑的话，不可能会模拟带一个配体的 ...

好的，谢谢老师。我再去检查一下文件

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