计算化学公社

标题: 求助ORCA计算单点能运行中断的解决方法 [打印本页]

作者
Author:
wangdefa28    时间: 2023-10-28 23:33
标题: 求助ORCA计算单点能运行中断的解决方法
本帖最后由 wangdefa28 于 2023-10-28 23:31 编辑

各位老师好:
     目前用ORCA计算单点能时,中途会卡住,几个个小时都没有任何新数据/新文件输出。用的是超算平台的64核,2TB计算内存的一个节点。(尝试了三次,甚至用了两个超算平台,计算都一直没法进行下去)算例包含了两个分子,一个79个原子,另一个191个原子。想请问如何解决这个问题呢?

输入文件如下
! PWPB95 D3 def2-QZVPP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  24500
%pal nprocs   64 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end
* xyz   0   1
O     -7.92082800    0.44740900    1.36451900
C     -7.48563700    1.58079600    1.02617400
C     -6.62041900    2.32785900    2.08927200
O     -7.67729500    2.19119500   -0.05868400
C     -5.53880800    1.39265300    2.59630800
N     -4.75673700    1.88157400    3.81535000
C     -3.62471300    0.90134800    4.10401200
C     -4.01787100   -0.44435900    4.69267300
C     -5.65391600    2.03597100    5.00619100
C     -4.11609900    3.20906100    3.50594800
O     -4.64939100   -1.37623800    3.78547700
C     -3.83024400   -2.18743100    3.08605400
C     -4.53048700   -3.35497700    2.38993600
O     -2.61944700   -2.03679700    3.07848200
C     -6.05825400   -3.32142900    2.53582700
H     -6.19740600    3.22666900    1.63724800
H     -7.29508600    2.63126200    2.89848900
H     -5.97872300    0.43823700    2.87721000
H     -4.78354300    1.24468000    1.82479000
H     -6.30282400    2.89446300    4.84842800
H     -6.26012600    1.13976100    5.12587900
H     -5.03823100    2.20158300    5.89076200
H     -3.54166900    3.08820700    2.58606000
H     -4.90089200    3.95009000    3.36540900
H     -3.48860100    3.49621100    4.34954900
H     -3.03777500    0.80897800    3.18350200
H     -2.99882700    1.39455300    4.85217500
H     -3.10007700   -0.89798300    5.06911800
H     -4.71689000   -0.34844100    5.52200200
H     -6.50686600   -2.41576800    2.12410100
H     -6.34428400   -3.38239800    3.58948800
O     -4.52281800    0.58297600   -2.71018100
C     -5.11913400    1.00812900   -3.73720000
C     -6.67502600    0.93295800   -3.74532800
O     -4.59918400    1.50280500   -4.77298600
C     -7.16095200    0.12766200   -2.55489000
N     -8.65660200   -0.19849800   -2.52365100
C     -8.97802500   -1.00290900   -1.26674700
C     -8.24136700   -2.32047200   -1.11093700
C     -9.07314900   -0.95466000   -3.74824100
C     -9.45096200    1.07656300   -2.42833500
O     -6.91680900   -2.00933700   -0.65435600
C     -6.02944800   -3.00232100   -0.50328800
C     -4.64051800   -2.46288100   -0.11609300
O     -6.30278900   -4.17120100   -0.70583000
C     -4.76052100   -1.01663200    0.40750900
C     -4.03626100   -3.44068600    0.91816400
H     -7.06270400    1.95750900   -3.73809400
H     -6.97128000    0.48998400   -4.70103100
H     -6.64812400   -0.82734300   -2.53433000
H     -6.96519300    0.65242500   -1.62131200
H     -8.41210600   -1.80789100   -3.89230500
H    -10.10181600   -1.29156000   -3.61796400
H     -9.01029800   -0.29576900   -4.61145700
H    -10.50834200    0.81974500   -2.35122600
H     -9.09879700    1.61187800   -1.54242000
H     -9.28187700    1.65934600   -3.33261400
H     -8.74015600   -0.36750700   -0.40329000
H    -10.05272100   -1.19159500   -1.30559100
H     -8.75328900   -2.91169500   -0.34620500
H     -8.18896000   -2.92778500   -2.01762100
H     -5.64810000   -0.88790700    1.02280500
H     -3.88632800   -0.73359400    0.98957000
H     -4.84419300   -0.31677200   -0.42685800
H     -2.95602800   -3.30637900    0.95153200
H     -4.21943800   -4.46017600    0.56720600
O     -3.06813800    2.42506100    0.58621400
C     -1.93620800    1.84190600    0.53573400
C     -1.08567300    2.10616100   -0.73497000
O     -1.42589200    1.13484300    1.43593100
C     -1.96162800    2.38941000   -1.95041000
N     -1.18876200    2.75054100   -3.22469300
C     -0.51371500    1.54605900   -3.85988600
C     -1.41534600    0.36509400   -4.19016000
C     -0.12883800    3.77605500   -2.93485000
C     -2.17005400    3.36758400   -4.18929000
O     -1.52247700   -0.41230900   -2.98562800
C     -2.19966000   -1.57367400   -3.01702500
C     -2.35529700   -2.17422800   -1.61226800
O     -2.61585700   -2.07873400   -4.04217800
C     -1.90236900   -1.15460200   -0.57031000
C     -3.89129400   -2.51159100   -1.49691800
H     -0.46737500    2.97731700   -0.49379200
H     -0.41225500    1.26295500   -0.89498400
H     -2.61274900    1.55166300   -2.20407000
H     -2.59666500    3.25287400   -1.76782900
H     -0.58032900    4.61470100   -2.40804000
H      0.65638100    3.34141700   -2.32201500
H      0.28938000    4.12200300   -3.87914800
H     -3.00838100    2.68414500   -4.34923700
H     -2.51993500    4.30291400   -3.74915800
H     -1.64836000    3.56315300   -5.12771400
H     -0.02402100    1.91681400   -4.76191000
H      0.25676900    1.21633900   -3.16059000
H     -2.42303600    0.65062600   -4.51083000
H     -0.94421800   -0.23441400   -4.97348400
H     -1.94456600   -1.55907000    0.43771100
H     -0.88854500   -0.81792500   -0.75929500
H     -2.53626200   -0.27693000   -0.62010500
H     -4.42177200   -1.80233100   -2.13667000
H     -4.04054200   -3.50741700   -1.92516300
O      0.06862100   -6.29331600    1.96922900
C     -0.12238800   -6.28301500    3.22120600
C      0.27225300   -4.96358100    3.96589900
O     -0.55531300   -7.20920400    3.94184400
C      0.18522500   -3.78169900    3.02148000
N      0.82346600   -2.47857500    3.50032900
C      0.55102000   -1.38990000    2.47163000
C      1.20625200   -1.56808100    1.12359200
C      2.30257600   -2.64132300    3.71269500
C      0.19155500   -2.03113700    4.78662100
O      0.51253800   -2.58244300    0.35547100
C      0.73038400   -2.54125800   -0.97044300
C     -0.02703100   -3.60957600   -1.74847400
O      1.46260500   -1.71129200   -1.48336700
C      0.30693000   -3.42976000   -3.23725200
C     -1.57271000   -3.51616100   -1.51428500
H     -0.37818600   -4.84830700    4.83674400
H      1.29308100   -5.10660400    4.34058700
H      0.66951700   -4.03172100    2.08445700
H     -0.85299400   -3.52402900    2.80952000
H      2.73828900   -1.65525500    3.86666900
H      2.46093700   -3.26786900    4.58815000
H      2.75958400   -3.09223800    2.83425500
H     -0.87255200   -1.88615500    4.60883300
H      0.35238900   -2.79651800    5.54309900
H      0.65916900   -1.09696500    5.09922800
H     -0.53036400   -1.30497300    2.37718900
H      0.94326000   -0.46751900    2.89867000
H      1.12876500   -0.61418000    0.59964800
H      2.26194200   -1.83369300    1.18447100
H      1.37703400   -3.52456100   -3.41476900
H     -0.21434600   -4.18101000   -3.83495000
H      0.02311400   -2.43847100   -3.58950500
O      4.49168400   -2.58059300    1.28077500
C      4.75090400   -1.79542200    0.34711800
C      5.30893500   -2.39117900   -0.97063900
O      4.59798000   -0.52561000    0.35846200
C      4.50684100   -1.85568500   -2.14535800
N      5.04709300   -2.19042800   -3.54246900
C      5.32661900   -3.67147200   -3.74541700
C      4.12764200   -4.58601900   -3.86627300
C      6.33765500   -1.45675900   -3.78026200
C      4.04271700   -1.69278200   -4.54530800
O      3.46375200   -4.67772700   -2.59725200
C      2.41617100   -5.54298200   -2.54434000
C      1.77280400   -5.61565400   -1.16654400
O      2.04823100   -6.16359500   -3.52146900
C      2.60049900   -4.91574800   -0.08443600
C      0.31846300   -5.04726500   -1.23714300
H      6.36682100   -2.11849600   -1.03904900
H      5.23317800   -3.47670100   -0.90429600
H      3.48915200   -2.23596300   -2.11865500
H      4.46673700   -0.76649700   -2.10474600
H      7.09469600   -1.77759100   -3.06506000
H      6.66789200   -1.64975600   -4.80069400
H      6.13531300   -0.39404400   -3.65808200
H      4.35972300   -1.98891400   -5.54528800
H      3.06300600   -2.10647800   -4.31568200
H      3.99951200   -0.60687500   -4.47328900
H      5.89115000   -3.74334400   -4.67672400
H      5.97576700   -3.98413900   -2.92834600
H      3.41893500   -4.26968100   -4.63422400
H      4.49742100   -5.57457600   -4.15299300
H      2.10840500   -5.06705000    0.87861500
H      3.61185600   -5.31946600   -0.02258000
H      2.71512100   -3.84891900   -0.25668100
H     -0.06746100   -5.15109600   -0.21942400
H     -0.26161500   -5.72618400   -1.87184500
H     -2.01779400   -4.21602000   -2.22926500
H     -1.77861600   -3.91934200   -0.52187600
H     -6.48545100   -4.18323800    2.01619300
C      1.56180000   -7.12241500   -0.82000100
H      0.83945300   -7.15637800    0.00128700
H      1.09938400   -7.59898100   -1.69020500
C     -3.99244600   -4.61709900    3.11606600
H     -4.49030200   -5.50278900    2.71037100
H     -2.91471800   -4.72954800    2.97101200
H     -4.19716700   -4.57218400    4.19089200
C      2.78298200   -7.97744900   -0.40583200
C      2.27642600   -9.43923600   -0.27811700
H      1.92350800   -9.78927700   -1.25389700
H      3.07915600  -10.10345900    0.05813100
H      1.44411000   -9.51187200    0.43042700
C      3.95789700   -7.92678300   -1.38604100
H      4.40109500   -6.92812500   -1.43887600
H      4.74652100   -8.61716000   -1.07442100
H      3.62609200   -8.20893100   -2.38947900
C      3.22167400   -7.62124800    1.00520300
O      4.37781700   -7.57580600    1.38595300
H      2.38171400   -7.44670000    1.70855300
C :     6.00130400    5.69142700   -2.41000500
C :     5.58498900    5.17347800   -1.06450700
C :     5.95864300    3.92853000   -0.52448200
N :     5.41537900    3.85808700    0.74529600
C :     4.71187100    4.99423900    1.02179100
C :     4.79381600    5.83885500   -0.08915700
C :     4.15751100    7.19600200   -0.20413400
C :     3.36041500    7.43427600   -1.49512800
C :     2.26771800    6.42487100   -1.76862500
O :     1.88088900    5.56833700   -0.99813900
O :     1.67843300    6.50779100   -2.98197500
C :     4.11226800    5.21636300    2.38404200
C :     2.71308300    4.72294700    2.61489700
C :     2.20936700    3.87795300    3.60753700
C :     0.80174600    3.80793600    3.42377400
C :     0.47831900    4.61843100    2.32379400
N :     1.66308200    5.17855300    1.86452100
C :    -0.80142900    4.71368800    1.70770400
C :    -1.29807300    5.53317400    0.73040400
C :    -0.86107000    6.80220400    0.14662000
C :    -1.66057700    7.06213800   -0.94404100
C :    -2.64373200    5.96748700   -1.07122000
O :    -3.48777000    5.78619900   -1.96525900
N :    -2.42964600    5.13838900    0.00353300
C :    -1.66640100    8.21562800   -1.88742700
C :     0.12598000    7.66403700    0.78252800
C :     0.68664900    8.77167000    0.26899300
C :    -0.18633700    3.00185300    4.21309700
C :     2.99440100    3.11072500    4.63344400
C :     3.02760100    1.60478800    4.32608400
C :     3.79454600    1.27259700    3.06184900
O :     4.74508800    1.95198400    2.67605600
O :     3.36316400    0.18732300    2.45769800
C :     6.70485000    2.89321100   -1.16135700
C :     7.36025900    1.80773600   -0.64800400
C :     7.78817800    1.40391700    0.68220700
C :     8.30887600    0.12893300    0.60316400
C :     8.27189100   -0.30591900   -0.81162100
O :     8.60315400   -1.38651100   -1.32560600
N :     7.76487000    0.76688500   -1.50367800
C :     8.83754000   -0.66022200    1.69773700
C :     9.34610100   -1.90195800    1.60540500
C :     7.80802300    2.27338000    1.90270000
H :     6.90714500    5.19267700   -2.76567700
H :     6.21656900    6.76502900   -2.37604700
H :     5.22454700    5.53888000   -3.17149900
H :     5.35612100    3.02205700    1.32382200
H :     4.91921800    7.98648900   -0.15931800
H :     3.49610500    7.36952500    0.65054300
H :     4.02425200    7.46214200   -2.36468400
H :     2.88565700    8.42233200   -1.45051800
H :     2.07311200    7.21928600   -3.51670100
H :     4.14917200    6.29308700    2.59641600
H :     4.76020800    4.73906900    3.12331400
H :     1.77351600    5.56978300    0.93073000
H :    -1.47107600    3.91442500    2.01025500
H :    -2.86453300    4.21415100    0.13110500
H :    -2.54941600    8.15628900   -2.52993800
H :    -0.77831500    8.21197000   -2.53289500
H :    -1.67740200    9.17638000   -1.35792300
H :     0.40529900    7.37375900    1.79195500
H :     1.38728000    9.35560900    0.85768900
H :     0.48245300    9.12696400   -0.73396900
H :    -0.63846600    2.22049600    3.58771400
H :    -1.00315000    3.62601200    4.59431700
H :     0.28442300    2.52052400    5.07435300
H :     2.55619800    3.24397200    5.62976800
H :     4.02041700    3.48431200    4.69149600
H :     2.01313400    1.20910900    4.23199200
H :     3.50217900    1.05525000    5.15091900
H :     3.93437200   -0.08866000    1.60944000
H :     6.69800000    2.95354500   -2.24807600
H :     7.59725900    0.75655400   -2.49784500
H :     8.78793500   -0.18879900    2.67789600
H :     9.70414100   -2.41979300    2.48991200
H :     9.40653500   -2.41843500    0.65490600
H :     6.95727800    2.07351000    2.56066500
H :     7.78061100    3.33154800    1.63412200
H :     8.72294200    2.09293900    2.47515500
*



结束算例后,输出文件结尾部分见图片



作者
Author:
zjxitcc    时间: 2023-10-28 23:52
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-10-29 10:42 编辑

没卡住,就是在计算,这对于双杂化泛函计算是很正常的现象,它不是问题,不能谈“解决这个问题”。如果你嫌算的慢,可以把基组降到def2-TZVPP。至于溶质自由能,还有一种计算方式是在双杂化下做气相单点计算(比隐式溶剂下的计算省时间),其他几个部分的能量在杂化泛函下做计算,最后加起来,见Sob老师这篇博文第2,3,4节《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》http://sobereva.com/327
作者
Author:
啊不错的飞过海    时间: 2023-10-29 15:48
大体系MP2/双杂化是这样的,在确认任务没被杀死的前提下等着即可。也可以试试DLPNO-双杂化降低耗时,效果一般比RI好。
作者
Author:
sobereva    时间: 2023-10-30 02:33
RI-双杂化、QZ、近200个原子,耗时不巨高才怪。不要轻易做暴力计算
你算的就是个纯有机体系,这种情况还不如用便宜得多得多的普通泛函wB97M-V,算热力学量、弱相互作用的平均精度甚至还轻微优于PWPB95-D3(BJ)





欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3