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标题: 求助：怎么生成膜和蛋白复合物体系的坐标、top文件？ [打印本页]

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Author: 灵芝5 时间: 2023-8-19 19:13
标题: 求助：怎么生成膜和蛋白复合物体系的坐标、top文件？
本帖最后由灵芝5 于 2023-8-19 19:14 编辑

您好！

我想用amber跑一个膜蛋白、磷脂膜体系的模拟。我的过程如下：

1、参照AMBER官网的Simulating a Lipid Bilayer Tutorial教程，先在CHAMM-GUI官网里生成了蛋白、膜复合物的pdb结构step5_assembly.pdb，其中包括水和离子。
2、之后，用ambertools带的charmmlipid2amber.py脚本转化磷脂分子为lipid17格式，生成pf_popc.pdb。
3、再将pf_popc.pdb中的CYS改为CYX；删除蛋白的氢原子。
4、用tleap生成参数文件。但是在loadpdb时报错如下：

请问这个怎么解决？
是不是不能将蛋白和膜放在一个pdb中，再用tleap生成参数文件？
如果是的话。该用什么方法生成蛋白和膜的参数文件，用于amber跑模拟？

过程中的pdb上传到附件了。谢谢！

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