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标题: 使用lammps的熔融与淬火程序时发生报错 [打印本页]

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Author: din5g 时间: 2023-8-22 18:47
标题: 使用lammps的熔融与淬火程序时发生报错
本帖最后由 din5g 于 2023-8-24 11:34 编辑

各位老师好，我在使用lammps（lammps-28Mar2023）的熔融与淬火程序时发生报错，用的是reaxff力场，看不出来哪里有问题？故向大家请教

力场文件已贴出，欢迎大家找错误
DATE: 2019-04-24 Reactive MD-force field: Si/O/H force field 2019
39 ! Number of general parameters
50.0000 !Overcoordination parameter
9.5469 !Overcoordination parameter
26.5405 !Valency angle conjugation parameter
1.7224 !Triple bond stabilisation parameter
6.8702 !Triple bond stabilisation parameter
12.1176 !Undercoordination parameter
13.3056 !Undercoordination parameter
-70.5044 !Triple bond stabilization energy
0.0000 !Lower Taper-radius
10.0000 !Upper Taper-radius
2.8793 !Not used
33.8667 !Valency undercoordination
6.0891 !Valency angle/lone pair parameter
1.0563 !Valency angle
2.0384 !Valency angle parameter
6.1431 !Not used
6.9290 !Double bond/angle parameter
0.3989 !Double bond/angle parameter: overcoord
3.9954 !Double bond/angle parameter: overcoord
-2.4837 !Not used
5.7796 !Torsion/BO parameter
10.0000 !Torsion overcoordination
1.9487 !Torsion overcoordination
-1.2327 !Conjugation 0 (not used)
2.1645 !Conjugation 1.5591 !vdWaals shielding
0.1000 !Cutoff for bond order (*100)
2.1365 !Valency angle conjugation parameter
0.6991 !Overcoordination parameter
50.0000 !Overcoordination parameter
1.8512 !Valency/lone pair parameter
0.5000 !Not used 20.0000 !Not used
5.0000 !Molecular energy (not used)
0.0000 !Molecular energy (not used)
2.6962 !Valency angle conjugation parameter
4 ! Nr of atoms; cov.r; valency;a.m;Rvdw;Evdw;gammaEEM;cov.r2;#
alfa;gammavdW;valency;Eunder;Eover;chiEEM;etaEEM;n.u.
cov r3;Elp;Heat inc.;n.u.;n.u.;n.u.;n.u.
ov/un;val1;n.u.;val3,vval4
H 0.8930 1.0000 1.0080 1.3550 0.0930 0.8203 -0.1000 1.0000
8.2230 33.2894 1.0000 0.0000 121.1250 3.7248 9.6093 1.0000
-0.1000 0.0000 61.6606 3.0408 2.4197 0.0003 1.0698 0.0000
-19.4571 4.2733 1.0338 1.0000 2.8793 0.0000 0.0000 0.0000
O 1.2450 2.0000 15.9990 2.3890 0.1000 1.0898 1.0548 6.0000
9.7300 13.8449 4.0000 37.5000 116.0768 8.5000 8.3122 2.0000
0.9049 0.4056 59.0626 3.5027 0.7640 0.0021 0.9745 0.0000
-3.5500 2.9000 1.0493 4.0000 2.9225 0.0000 0.0000 0.0000
Si 2.0175 4.0000 28.0600 2.0473 0.1835 0.8925 1.2962 4.0000
12.3588 1.2523 4.0000 21.7115 139.9309 4.6988 6.0000 0.0000
-1.0000 0.0000 128.2031 8.7895 23.9298 0.8381 0.8563 0.0000
-4.7525 2.1607 1.0338 4.0000 2.5791 0.0000 0.0000 0.0000
X -0.1000 2.0000 1.0080 2.0000 0.0000 0.0100 -0.1000 6.0000
10.0000 2.5000 4.0000 0.0000 0.0000 5.00009999.9999 0.0000
-0.1000 0.0000 -2.3700 8.7410 13.3640 0.6690 0.9745 0.0000
-11.0000 2.7466 1.0338 2.0000 2.8793 0.0000 0.0000 0.0000
6 ! Nr of bonds; Edis1;LPpen;n.u.;pbe1;pbo5;13corr;pbo6
pbe2;pbo3;pbo4;n.u.;pbo1;pbo2;ovcorr
1 1 153.3934 0.0000 0.0000 -0.4600 0.0000 1.0000 6.0000 0.7300
6.2500 1.0000 0.0000 1.0000 -0.0790 6.0552 0.0000 0.0000
1 2 160.0000 0.0000 0.0000 -0.5725 0.0000 1.0000 6.0000 0.5626
1.1150 1.0000 0.0000 0.0000 -0.0920 4.2790 0.0000 0.0000
2 2 142.2858 145.0000 50.8293 0.2506 -0.1000 1.0000 29.7503 0.6051
0.3451 -0.1055 9.0000 1.0000 -0.1225 5.5000 1.0000 0.0000
1 3 250.0000 0.0000 0.0000 -0.7128 0.0000 1.0000 6.0000 0.1186
18.5790 1.0000 0.0000 1.0000 -0.0731 7.4983 0.0000 0.0000
2 3 291.4687 16.2724 0.0000 -0.6232 -0.3000 1.0000 36.0000 0.6762
9.6502 -0.4634 29.9983 1.0000 -0.1500 7.6885 1.0000 0.0000
3 3 78.6948 12.3833 30.0000 0.2706 -0.3000 1.0000 16.0000 0.0100
0.7257 -0.9788 7.8412 1.0000 -0.0824 8.5016 0.0000 0.0000
3 ! Nr of off-diagonal terms; Ediss;Ro;gamma;rsigma;rpi;rpi2
1 2 0.0283 1.2885 10.9190 0.9215 -1.0000 -1.0000
1 3 0.1659 1.4000 11.7054 1.3437 -1.0000 -1.0000
2 3 0.1556 2.1618 10.4851 1.7448 1.3513 -1.0000
18 ! Nr of angles;at1;at2;at3;Thetao,o;ka;kb;pv1;pv2
1 1 1 0.0000 27.9213 5.863 0.0000 0.0000 0.0000 1.0400
1 1 2 0.0000 8.5744 3.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1.0421
2 1 2 0.0000 15.0000 2.8900 0.0000 0.0000 0.0000 2.8774
1 2 1 85.8000 9.8453 2.2720 0.0000 2.8635 0.0000 1.5800
1 2 2 75.6935 50.0000 2.0000 0.0000 1.0000 0.0000 1.1680
2 2 2 80.7324 30.4554 0.9953 0.0000 1.6310 50.0000 1.0783
3 3 3 71.0490 32.4076 1.2648 0.0000 0.0133 0.0000 1.2899
1 3 3 79.0296 4.8472 8.0000 0.0000 4.0000 0.0000 1.0400
1 3 1 76.7122 31.0021 2.4370 0.0000 0.1930 0.0000 1.0400
2 3 3 97.1370 39.9525 1.0978 0.0000 0.5073 0.0000 1.3154
1 3 2 77.4530 40.0000 1.1121 0.0000 4.0000 0.0000 1.1201
2 3 2 95.2092 40.0000 1.1635 0.0000 0.3525 0.0000 3.0000
3 2 3 47.4477 8.8967 0.5000 0.0000 4.0000 0.0000 1.0400
1 2 3 80.0391 4.5313 8.0000 0.0000 3.3561 0.0000 1.8653
2 2 3 20.0000 8.1399 2.7859 0.0000 3.0206 0.0000 1.6650
1 1 3 0.0000 72.1101 7.6682 0.0000 2.7489 0.0000 1.0400
3 1 3 0.0000 59.2363 2.3343 0.0000 1.3778 0.0000 2.3874
2 1 3 0.0000 15.0000 2.8577 0.0000 4.0000 0.0000 1.1566
8 ! Nr of torsions;at1;at2;at3;at4;;V1;V2;V3;V2(BO);vconj;n.u;n
1 2 2 1 2.5000 -4.0000 0.9000 -2.5000 -1.0000 0.0000 0.0000
1 2 2 2 0.8302 -4.0000 -0.7763 -2.5000 -1.0000 0.0000 0.0000
2 2 2 2 -2.5000 -4.0000 1.0000 -2.5000 -1.0000 0.0000 0.0000
0 1 2 0 0.0000 0.1000 0.0200 -2.5415 0.0000 0.0000 0.0000
0 2 2 0 0.5511 25.4150 1.1330 -5.1903 -1.0000 0.0000 0.0000
1 3 3 1 0.0000 0.0000 0.0640 -2.4426 0.0000 0.0000 0.0000
1 3 3 3 0.0000 0.0000 0.1587 -2.4426 0.0000 0.0000 0.0000
0 1 3 0 0.0000 0.0000 0.1200 -2.4847 0.0000 0.0000 0.0000
1 ! Nr of hydrogen bonds;at1;at2;at3;Rhb;Dehb;vhb1
2 1 2 2.1200 -3.5800 1.4500 19.5000

作者
Author: 高朋满座 时间: 2023-8-23 02:00
ReaxFF文件格式有问题，可以把全部input文件上传，说清楚lammps软件版本，帮你运行后检查一遍

作者
Author: 含光君 时间: 2023-8-23 15:44
据我所知有时网上下载的reaxff力场文件格式会有点问题，可自行根据这个网站的说明检查文件格式是否符合标准。https://www.scm.com/doc/ReaxFF/ffield_descrp.html

作者
Author: din5g 时间: 2023-8-23 15:50

高朋满座发表于 2023-8-23 02:00
ReaxFF文件格式有问题，可以把全部input文件上传，说清楚lammps软件版本，帮你运行后检查一遍

好的，已上传 l版本为ammps-28Mar2023

作者
Author: Graphite 时间: 2023-8-23 21:17
力场文件格式错了，一眼看过去行数不对，在(lammps安装文件夹)/examples或者~/.local/share/lammps/potentials目录里面找一个示例文件比对着改。

作者
Author: din5g 时间: 2023-8-24 00:11

Graphite 发表于 2023-8-23 21:17
力场文件格式错了，一眼看过去行数不对，在(lammps安装文件夹)/examples或者~/.local/share/lammps/potenti ...

已修改atoms下additional header lines的行数，还是报一样的错误

作者
Author: lmch 时间: 2023-8-28 02:13
这力场文件缩写格式实在是令人不忍直视。。

着实费了点时间，把力场文件一、二两字段全改了，能够跑通，参数合理性请自行检验。

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