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标题: 过渡态TS的IRC扫描，峰比较尖咋回事呢？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2023-8-23 21:40
标题: 过渡态TS的IRC扫描，峰比较尖咋回事呢？
本帖最后由 lao7 于 2023-8-23 22:56 编辑

做一个磷酸二脂键（P-O-C）形成的过渡态计算（TS1）。计算完成后，针对过渡态（对应峰突变的一帧对应的状态）进行了IRC扫描（前后200步，步长为10）。IRC扫描观察分子前后结构变化等均符合预期。但是得出的能量图在过渡态状态很尖锐（如图），请问这合理吗？理论上这种变化不是逐渐的吗？原因是为何？

我从TS计算结果中抽出的过渡态，没有进一步优化，而是直接TS计算里抽出的过渡态的一帧。

谢谢！

。。。。。。。。。。
为了更准确地描述我的问题，我把我的操作步骤详细描述一遍：
1、绘制需要的分子结构，并优化，B3LYP/6-31+G** scrf
2、得到优化后的结构，适当稍微拉长所需断裂的键；进行TS1计算（B3LYP/6-31+G** scrf）；
3、TS1计算收敛后，取过渡态的峰值对应一帧的分子结构，重新IRC扫描（B3LYP/6-31+G** scrf；步长10，200步数）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-23 23:08
IRC曲线里面，过渡态附近的结构有大幅突变吗？

作者
Author: dnlx 时间: 2023-8-24 01:01
电子能垒60 kcal/mol太高，何况B3LYP倾向于低估能垒。
说明即使找到了过渡态，也与真实反应无关。查资料，可能是酸碱催化反应，并且并非单步反应。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-24 04:30
IRC和扫描是两码事
“过渡态的峰值对应一帧的分子结构”语义不明，跑IRC应当用过渡态优化任务的最终结构
并且为保险起见，IRC任务加上guess=read读取chk任务收敛的波函数

相关注意事项：
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

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