计算化学公社

标题: 分子对接之后动力学模拟之前对对接结果的处理 [打印本页]

作者
Author: CCCCCC921 时间: 2023-8-27 21:35
标题: 分子对接之后动力学模拟之前对对接结果的处理
求问对接结果中，小分子会因为对接的原因在原本的结构上多产生一个或多个H，在动力学模拟之前应该怎么处理，可以手动删除吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-27 21:55
用sobtop等程序创建拓扑文件之前删掉，否则之后算的分子状态和实际都不符

作者
Author: CCCCCC921 时间: 2023-8-28 10:22
好的，谢谢老师，删除之后涉及到结构的改变，比如在C的位置删除一个H之后，从单键变成了双键，原位置剩余的H位置发生了改变，这个需要考虑吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)