计算化学公社

标题: 研究COF吸附分离分子选择什么软件？ [打印本页]

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2023-8-28 10:41
标题: 研究COF吸附分离分子选择什么软件？
我现在做的方向是COF吸附分离分子，大致需要结构优化、算结合能之类的（不知道有没有错，我对于计算实在不是很懂），看到有文献用的是AutoDock进行分子对接，那么在AutoDock、cp2k、gaussian中应该选择哪一个呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-28 11:16
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “选择什么软件？” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-28 11:19
结构优化、算结合能，可以用CP2K以周期性模型做DFT计算，也可以用Gaussian以簇模型做DFT计算。缺乏相关计算知识的话，可以通过培训系统性学习
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）
北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）
北京科音基础量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html）

顺带一提，如果是做基于经典力场的分子动力学模拟，可以用GROMACS等程序跑动力学；如果是做蒙特卡罗模拟，可以用RASPA等程序

Autodock跟这个没有丝毫联系。要么是你误解文献了，要么是文献胡算瞎算。Autodock只适合对生物大分子-配体小分子做对接得到粗略的结合模式，既不适合COF体系，又没法给出准确极小点结构，又没法给你准确的结合能。

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2023-8-28 11:31

sobereva 发表于 2023-8-28 11:19
结构优化、算结合能，可以用CP2K以周期性模型做DFT计算，也可以用Gaussian以簇模型做DFT计算。缺乏相关计算 ...

感谢老师的解答，我明白了

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