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标题: calypso 的大神吗，请教一下./calypso.x: error while loading shared libraries: [打印本页]

作者
Author: wmg166 时间: 2023-8-30 10:19
标题: calypso 的大神吗，请教一下./calypso.x: error while loading shared libraries:
有在用 calypso 的大神吗，请教一下，我输入：./calypso.x >& caly.log &
@localhost Ti4Pt3]$ ./calypso.x >& caly.log &
[1] 15579
出现这样的提示，log文件怎样解决：
./calypso.x: error while loading shared libraries: libiomp5.so: cannot open shared object file: No such file or directory

作者
Author: abin 时间: 2023-8-30 10:46
本帖最后由 abin 于 2023-8-31 16:21 编辑

我可以处理.
你自己也可以, 但是你可能无法完成.

找到libiomp5.so
比如是 /opt/path/here/file/lib/libiomp5.so
那么(Debian/Ubuntu可能需要重新登录)

echo 'export LD_LIBRARY_PATH= /opt/path/here/file/lib:$LD_LIBRARY_PATH' >> $HOME/.bashrc

复制代码

作者
Author: wmg166 时间: 2023-8-30 11:33
大神，我的是 centos 系统。
[wmg@localhost Ti4Pt3]$ ls
caly.log calypso.x INCAR INCAR_1 INCAR_2 INCAR_3 input.dat POTCAR
[wmg@localhost Ti4Pt3]$
[wmg@localhost Ti4Pt3]$ cd
[wmg@localhost ~]$ ls

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-30 23:57

wmg166 发表于 2023-8-30 11:33
大神，我的是 centos 系统。
[wmg@localhost Ti4Pt3]$ ls
caly.log calypso.x INCAR INCAR_1 INCA ...

跟什么Linux系统没关系，默认找动态库的路径都是由LD_LIBRARY_PATH环境变量控制。先自行google了解什么叫LD_LIBRARY_PATH、export命令怎么用，自然就明白了

作者
Author: wmg166 时间: 2023-8-31 15:59

sobereva 发表于 2023-8-30 23:57
跟什么Linux系统没关系，默认找动态库的路径都是由LD_LIBRARY_PATH环境变量控制。先自行google了解什么叫 ...

用 which 命令没找到：

[root@localhost ~]# which libiomp5.so
/usr/bin/which: no libiomp5.so in (/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/opt/software/vasp.6.1.2/bin:/root/bin)

作者
Author: wmg166 时间: 2023-8-31 15:59

wmg166 发表于 2023-8-31 15:59
用 which 命令没找到：

[root@localhost ~]# which libiomp5.so

[wmg@localhost intel]$ which libiomp5.so
/usr/bin/which: no libiomp5.so in (/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/software/vasp.6.1.2/bin:/home/wmg/.local/bin:/home/wmg/bin)
[wmg@localhost intel]$

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-8-31 16:06
无需calypso大神，与calypso几乎没有关系。这是Linux基础问题。

libiomp5.so是动态库文件，不是可执行程序，不能通过which libiomp5.so找到。可以进入calypso目录，使用find . -name "libiomp5.so"命令看能否找到。如果找不到，说明程序包里缺这个文件，是发布程序包的人有问题。如果找到了，说明你没写对/没写全calypso环境变量（缺LD_LIBRARY_PATH），是你的问题。

作者
Author: wmg166 时间: 2023-8-31 16:19

zjxitcc 发表于 2023-8-31 16:06
无需calypso大神，与calypso几乎没有关系。这是Linux基础问题。

libiomp5.so是动态库文件，不是可执行程 ...

大神，没找到
root 下：
[root@localhost ~]# find . -name "libiomp5.so"
[root@localhost ~]#

普通用户下：
[wmg@localhost ~]$ find . -name "libiomp5.so"
[wmg@localhost ~]$

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-8-31 16:25
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-8-31 16:26 编辑

wmg166 发表于 2023-8-31 16:19
大神，没找到
root 下：
[root@localhost ~]# find . -name "libiomp5.so"

不需要切换至root。你是否有看到7L回复中“进入calypso目录”字眼

作者
Author: wmg166 时间: 2023-8-31 16:41

zjxitcc 发表于 2023-8-31 16:25
不需要切换至root。你是否有看到7L回复中“进入calypso目录”字眼

[wmg@localhost ~]$ cd  Version7.0
[wmg@localhost Version7.0]$ ls
CALYPSOManual7.0.pdf  CALYPSO_x64_pyton3.tar.gz  CALYPSO_x86.tar.gz  SPAP.tar
CALYPSO_x64          CALYPSO_x64.tar.gz       Examples.tar.gz
[wmg@localhost Version7.0]$ find . -name "libiomp5.so"
[wmg@localhost Version7.0]$ cd CALYPSO_x64
[wmg@localhost CALYPSO_x64]$ ls
bin  Docs  Test  Tools
[wmg@localhost CALYPSO_x64]$ cd bin
[wmg@localhost bin]$  find . -name "libiomp5.so"
[wmg@localhost bin]$ cd

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-8-31 17:19
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-8-31 17:21 编辑

wmg166 发表于 2023-8-31 16:41
[wmg@localhost ~]$ cd Version7.0
[wmg@localhost Version7.0]$ ls
CALYPSOManual7.0.pdf CALYPSO ...

原因我在7L里已经详细说过了。这里只说一下解决方案：（1）找开发者解决；（2）自己解决，即自己找到一个相应的动态库文件，导出其环境变量。如何找到：使用find命令到处搜索。

举个例子：假设你机器上有Intel编译器，或集群上装有Intel编译器，写上Intel编译器环境变量即可，因为Intel编译器里带了libiomp5.so文件。如何知道有Intel编译器：问机器管理员，集群上可以module avai查看。

再举个例子：如果机器上有Anaconda或Miniconda Python，写上Python环境变量即可，其lib/目录下也有libiomp5.so文件。如何知道有哪种Python？不能再写了，不然成了Linux基础教学了，永远也写不完。你具体有什么问题再问。

作者
Author: 乐平 时间: 2023-9-2 12:20

wmg166 发表于 2023-8-31 16:41
[wmg@localhost ~]$ cd Version7.0
[wmg@localhost Version7.0]$ ls
CALYPSOManual7.0.pdf CALYPSO ...

我在前面的帖子里跟你说了那么多如何安装了 Intel 编译器
http://bbs.keinsci.com/thread-38936-1-1.html

你安装好了 Intel 编译器之后要调用它啊，不然安装它干嘛呢……

作者
Author: vwuo 时间: 2024-1-19 19:47

wmg166 发表于 2023-8-30 11:33
大神，我的是 centos 系统。
[wmg@localhost Ti4Pt3]$ ls
caly.log calypso.x INCAR INCAR_1 INCA ...

centos 安装vasp有教程不

作者
Author: chrinide 时间: 2024-1-19 21:41
libiomp5.so是intel OpenMP library. 在Intel编译器的lib目录下，如果你装了intel的编译器并正确设置了相应的环境变量就可以直接用了. 如果没有的话，建议装个Intel Oneapi，Intel的编译器现在是免费的

作者
Author: wmg166 时间: 2024-1-22 17:00

chrinide 发表于 2024-1-19 21:41
libiomp5.so是intel OpenMP library. 在Intel编译器的lib目录下，如果你装了intel的编译器并正确设置了相应 ...

ok 大神

作者
Author: logzzz 时间: 2024-2-13 00:44
你有make这个步骤么？用的是Python2的版本还是Python3的版本？source caly.sh。没记错的话，就可以用。。

作者
Author: wmg166 时间: 2024-2-14 14:56

logzzz 发表于 2024-2-13 00:44
你有make这个步骤么？用的是Python2的版本还是Python3的版本？source caly.sh。没记错的话，就可以用。。

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