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标题: 计算蛋白质侧链的距离时采用!@的错误如何处理 [打印本页]

作者
Author: molly85 时间: 2023-8-30 15:16
标题: 计算蛋白质侧链的距离时采用!@的错误如何处理
前期我计算了蛋白质主链之间的距离，现在我想在原本的脚本的基础上计算侧链的距离，in文件如下：

但是在用cpptraj命令跑in文件时显示如下错误：

怎样改动可以正确计算处侧链之间的距离呢？或者有什么其他方法可以计算

作者
Author: Serious 时间: 2023-8-31 10:29
1）“rms first !@CA.C.O,N,H”：用侧链做rms，是有什么讲究吗？
2）可以先别写循环，先算:1侧链和:2侧链的质心距离，看看有没有问题，排除一些可能；
3）“for i=1;i<=num;i++”：我猜是num没有指定，所以报错；参考AMBER manual中cpptraj关于for的写法；实在不行可以在外部写循环；

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