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标题: （已解决）请教一些各位大佬gromacs计算乙醇的自由能步骤是什么 [打印本页]

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-8-30 16:04
标题: （已解决）请教一些各位大佬gromacs计算乙醇的自由能步骤是什么
本帖最后由 Lance先生于 2024-8-23 14:53 编辑

各位大佬好，我是刚接触gromacs的新手，现在我需要计算乙醇分子的自由能，现在做完了能量最小化，NVT，NPT，接下来需要计算什么？我有点没头绪，请各位大佬指教一下，谢谢各位大佬。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-30 23:52
说清楚具体什么自由能，是气态乙醇分子的自由能，还是乙醇液体的自由能，还是溶解自由能之类

做NVT完全是多余的

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-8-31 14:34

sobereva 发表于 2023-8-30 23:52
说清楚具体什么自由能，是气态乙醇分子的自由能，还是乙醇液体的自由能，还是溶解自由能之类

做NVT完全 ...

社长您好，我是做液态乙醇分子的。还有您说的，为什么做NVT是多余的步骤，我有点没太懂，谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-31 15:01

Lance先生发表于 2023-8-31 14:34
社长您好，我是做液态乙醇分子的。还有您说的，为什么做NVT是多余的步骤，我有点没太懂，谢谢您。

没事干嘛要做NVT
显然没特殊理由直接做NPT就完了，做NVT完全多此一举。我在论坛里说过无数次了，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）中我也做了明确强调：

(, 下载次数 Times of downloads: 20)

按公式计算
< >代表时间平均，E对应势能+动能，用gmx energy可以提取

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-8-31 15:17

sobereva 发表于 2023-8-31 15:01
没事干嘛要做NVT
显然没特殊理由直接做NPT就完了，做NVT完全多此一举。我在论坛里说过无数次了，北京科 ...

社长您好，那我这个液态乙醇体系现在做完NPT之后应该咋处理才能得到这个体系的自由能，我没有一点头绪了，您能指导一下吗？谢谢您了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-31 15:33

Lance先生发表于 2023-8-31 15:17
社长您好，那我这个液态乙醇体系现在做完NPT之后应该咋处理才能得到这个体系的自由能，我没有一点头绪了 ...

不都说了用gmx energy提取数据...

这都不会的话建议通过前述培训班系统性学一遍，没任何背景知识说不明白

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-8-31 15:36

sobereva 发表于 2023-8-31 15:33
不都说了用gmx energy提取数据...

这都不会的话建议通过前述培训班系统性学一遍，没任何背景知识说不 ...

好的，谢谢社长。

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-10-17 08:47

Lance先生发表于 2023-8-31 15:36
好的，谢谢社长。

您好，那个用gmx energy算出来自用能了嘛

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-10-18 17:18

ngaoo 发表于 2023-10-17 08:47
您好，那个用gmx energy算出来自用能了嘛

这个代码是提取体系的总能量的，代入公式可以计算出来

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-10-18 23:21

Lance先生发表于 2023-10-18 17:18
这个代码是提取体系的总能量的，代入公式可以计算出来

具体是哪个公式呢，需要用gmx energy里面的哪个能量板块，可以帮我解答下嘛，谢谢您

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-10-31 15:28
楼上社长回复了兄弟，提取体系的能量，带到那个公式里面

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-10-31 15:30

sobereva 发表于 2023-8-31 15:01
没事干嘛要做NVT
显然没特殊理由直接做NPT就完了，做NVT完全多此一举。我在论坛里说过无数次了，北京科 ...

社长您好，这个公式里面关于时间平均的那一部分，如果除以总时间的话，量纲是不是有问题了呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-1 08:40

Lance先生发表于 2023-10-31 15:30
社长您好，这个公式里面关于时间平均的那一部分，如果除以总时间的话，量纲是不是有问题了呢？

实际中计算不是除以时间，而是除以帧数（本身计算分子部分就是所有帧的加和），所以没量纲问题

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-11-1 23:05

sobereva 发表于 2023-11-1 08:40
实际中计算不是除以时间，而是除以帧数（本身计算分子部分就是所有帧的加和），所以没量纲问题

社长您好，那这个帧数应该怎么查看呢？还有就是想问问您，算一堆有机小分子的话，比如乙醇，甲醇等，计算可以批量进行吗？如果可以的话，应该如何做？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-2 05:18

Lance先生发表于 2023-11-1 23:05
社长您好，那这个帧数应该怎么查看呢？还有就是想问问您，算一堆有机小分子的话，比如乙醇，甲醇等，计算 ...

帧数就是指你计算时间平均的量所考虑的那些帧的总数目

我不知道你想批量算什么量
原理上，只要是能通过纯命令行干的事情，自己写shell脚本总能实现批量。没shell脚本编写常识的话可以看下文里的一些信息
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-11-8 18:33

sobereva 发表于 2023-11-2 05:18
帧数就是指你计算时间平均的量所考虑的那些帧的总数目

我不知道你想批量算什么量

社长你好，我想问问您gromacs跑单个分子的平衡的话，比如说算单个乙醇分子，盒子应该如何定义呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 06:04

Lance先生发表于 2023-11-8 18:33
社长你好，我想问问您gromacs跑单个分子的平衡的话，比如说算单个乙醇分子，盒子应该如何定义呢？

盒子必须足够大，使得乙醇和它的周期镜像的相互作用小到可以忽略

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-11-9 11:32
本帖最后由 Lance先生于 2023-11-9 11:37 编辑

sobereva 发表于 2023-11-9 06:04
盒子必须足够大，使得乙醇和它的周期镜像的相互作用小到可以忽略

社长，那这个足够大，具体应该大于多少比较好呢？我做的盒子是3×3×3的，这样够用吗？因为我测试发现，盒子越大，提取的total energy也就越大，所以对于单个分子而言，盒子的大小应该如何确定才比较严谨呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 17:08

Lance先生发表于 2023-11-9 11:32
社长，那这个足够大，具体应该大于多少比较好呢？我做的盒子是3×3×3的，这样够用吗？因为我测试发现， ...

看你具体怎么算的静电相互作用
诸如用cutoff算的静电相互作用，只要原子间距离超过cutoff相互作用就可以忽略

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-11-9 18:55

sobereva 发表于 2023-11-9 17:08
看你具体怎么算的静电相互作用
诸如用cutoff算的静电相互作用，只要原子间距离超过cutoff相互作用就可以 ...

我用的是PME处理的，社长，那这种情况下我这盒子设置的合理吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-10 07:10

Lance先生发表于 2023-11-9 18:55
我用的是PME处理的，社长，那这种情况下我这盒子设置的合理吗？

PME会考虑无穷远的静电相互作用。
乙醇是有偶极矩的分子，盒子必须足够大才能令偶极-偶极相互作用小到可以忽略不计。偶极-偶极相互作用能随 1/(距离)^3 收敛，拿不准就自己做能量随盒子尺寸的收敛性测试

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