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标题: 分析范德华表面穿透程度 [打印本页]

作者
Author: librakitty 时间: 2016-8-25 23:45
标题: 分析范德华表面穿透程度

老师，按照您的博文http://sobereva.com/196我想分析一下范德华表面穿透程度，例子中提到对水的二聚体中两个水分别做定量分子表面分析，将得到的两套表面顶点都放到VMD里同时显示出来”，我怎么弄都搞不对。我的过程是载入二聚体的wfn文件然后功能12/0/12定义fragment，导入vdw,结果倒是把两部分分开了，但是还是没显示出各个部分的静电势呀。求指导，谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-26 00:30
不能载入二聚体的，否则显示的是二聚体的整体的范德华表面。
你得对两个单体分别作表面分析，分别把两套表面顶点载入到VMD，这样才有交叠效果。

作者
Author: librakitty 时间: 2016-8-26 00:45
那么老师，这样的话就只能自己在vmd 中输入二聚体稳定状态下格原子的坐标喽，不然直接载入无法准确判定两个单体以何种取向相互作用了？谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-26 01:02

librakitty 发表于 2016-8-26 00:45
那么老师，这样的话就只能自己在vmd 中输入二聚体稳定状态下格原子的坐标喽，不然直接载入无法准确判定两个 ...

优化完二聚体，从中提取两个单体的坐标，然后分别计算、分别做分子表面静电势分析、分别载入到VMD。算两个单体的时候用nosymm关键词，保证高斯不自动改位置。

作者
Author: librakitty 时间: 2016-8-26 01:22
明白了，多谢老师

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