计算化学公社

标题: 高斯背景电荷的咨询 [打印本页]

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-8-26 21:02
标题: 高斯背景电荷的咨询
背景介绍：我计算晶体分子，采用ONIOM，想把low层的分子，用背景电荷代替。
1：之前看到sob老师的帖子：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3464 这个里面是相同的分子他们的序号是一样的，所以，计算一个分子各原子的背景电荷，然后依次赋值就行了。
但是，现在我遇到的问题是，我的晶体分子，相同的分子，他们之间的顺序不对应，比如第一个分子C是1，N是2，但是第二个分子C是11，N却成了20，这个情形。至于怎么样把晶体分子编号顺序一致，我咨询过：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3585&extra= 没能解决。
2：现在我的想法是：我把所有的原子，（high和low）都统一用高斯计算背景电荷。计算完之后，只采用low层原子，作为背景电荷，再去计算high的频率。
我的输入和输出文件如下，但是遇到的一直是内存不足。我一直扩大计算的内存，应该够大了吧。

Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016.
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=    2180125 MaxCom=       -186
Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016.
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=    2180125 MaxCom=       -186
Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016.
Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016.
File lengths (MBytes):  RWF=  37799 Int=    0 D2E=    0 Chk= 1094 Scr=    1

我查看高斯计算出错文件，提示如下，也是内存不够
----------------------------------------
Begin PBS Epilogue Fri Aug 26 20:27:41 CST 2016
Session:          28069
Node Used:       node77
Resources Used:    cput=43:43:14,mem=8532748kb,vmem=11223820kb,walltime=02:12:05
********
* NOTE * Temporary Files On Computing Node Are Copied Back and Removed By root!
********
End PBS Epilogue Fri Aug 26 20:29:20 CST 2016
----------------------------------------

我的问题是：
1：这个问题如何解决，用其他软件计算吗？还是有什么更好的方式来模拟？
2：如果能把晶体的顺序对应起来，这样负值就方便了，这个如何弄呢？
3：谢谢指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-26 21:34
g09版本太老，尝试最新的
还不行就加大内存，降低nproc

不过，像这么大体系，还不如就用MMFF94电荷呢。

想和晶体原子顺序对应起来，只能自己写程序解决。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-8-27 09:34

sobereva 发表于 2016-8-26 21:34
g09版本太老，尝试最新的
还不行就加大内存，降低nproc

偶，好的，谢谢sob老师，我在尝试一下。谢谢老师

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-8-27 19:23

sobereva 发表于 2016-8-26 21:34
g09版本太老，尝试最新的
还不行就加大内存，降低nproc

sob老师好，咨询一下sob老师，按照老师的方式，我减小核数，竟然算出来了。
我采用的还是这个电荷，这样处理方式可靠吗？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-28 02:31

小范范1989 发表于 2016-8-27 19:23
sob老师好，咨询一下sob老师，按照老师的方式，我减小核数，竟然算出来了。
我采用的还是这个电荷，这样 ...

不能说不可靠，但可靠程度很有限。
因为有不少被包埋的原子，CHELPG这类普通拟合静电势电荷对被包埋原子的电荷拟合不很准确。
如果你当前算CHELPG电荷的计算模型已经把之后要以QM研究的那个分子给去掉了，那还说得过去，如果直接就是拿整个体系来算就不行了。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-8-28 10:38

sobereva 发表于 2016-8-28 02:31
不能说不可靠，但可靠程度很有限。
因为有不少被包埋的原子，CHELPG这类普通拟合静电势电荷对被包埋原 ...

恩，明白了，谢谢sob老师。

作者
Author: 哆啦哆啦 时间: 2019-1-5 17:49

小范范1989 发表于 2016-8-28 10:38
恩，明白了，谢谢sob老师。

请问您算High 的频率时候，还是用ONIOM 模型吗？

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