计算化学公社

标题: MD模拟怎样统计聚合物体系异质性 (heterogeneity) [打印本页]

作者
Author: h840473807 时间: 2023-9-4 09:15
标题: MD模拟怎样统计聚合物体系异质性 (heterogeneity)
模拟了几个聚合物混合的体系，平衡后不同的聚合物混合后分散程度不同，有的分散较为均匀，有的发生了相分离。投文章时只给了模拟快照说明这一现象，审稿人要求通过一些方法统计heterogeneit，请问有什么GMX自带的分析方法可以使用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-8 01:11
可以用gmx clustsize做一些分析，包括簇的数目、大小等

作者
Author: h840473807 时间: 2023-9-9 13:33
谢谢，使用gmx clustsize -s proc.tpr -f proc.xtc -n index.ndx -cut 0.78进行团簇分析，对产生的histo-clust.xvg作图即得到团簇大小的分布曲线，取得了预期效果！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)