计算化学公社

标题: 如何通过完整的键连关系猜测小分子净电荷？ [打印本页]

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Author: z9527567 时间: 2023-9-6 17:17
标题: 如何通过完整的键连关系猜测小分子净电荷？
按说，目视检查能够根据键连关系轻松的把每个原子的形式电荷指认，进而整个小分子的净电荷也就明了了。但是代码应该怎么设计呢？求助大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-8 01:27
有很多方法就是根据连接关系计算的原子电荷，比如MMFF94、Gasteiger（也叫PEOE）。Gasteiger在Multiwfn以及很多程序里都支持，原理介绍见Multiwfn手册3.9.17节，计算例子见手册4.7.9节。MMFF94电荷可以用OpenBabel指认。但这些方法支持的元素都有限，基本都是用于有机体系。

作者
Author: z9527567 时间: 2023-9-8 09:19

sobereva 发表于 2023-9-8 01:27
有很多方法就是根据连接关系计算的原子电荷，比如MMFF94、Gasteiger（也叫PEOE）。Gasteiger在Multiwfn以及 ...

感谢sob老师。acpype里对小分子净电荷的猜测是通过PEOE加和，然后反过来猜测净电荷。我想的是把键连关系做成有权无向图，然后通过电负性对每个原子得失电子进行分析，这样得到形式电荷，不知道这样的思路是否正确。主要是PEOE加和有时候会猜错，然后sqm优化的时候就直接报错了。计算RESP电荷也需要手动指定净电荷，就比较麻烦，按说能够目视检查出净电荷的，一定也能通过代码自动指认。可能也不用把链接关系做成图，只要看与原子相连的键的电负性即可。

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Author: slxc920113 时间: 2023-9-8 09:48

z9527567 发表于 2023-9-8 09:19
感谢sob老师。acpype里对小分子净电荷的猜测是通过PEOE加和，然后反过来猜测净电荷。我想的是把键连关系 ...

如果只有连接关系，你需要常见的带净电荷的官能团结构识用图论别出来，比如羧酸根，磺酸根，膦酸根，季铵，甲基化的吡啶，咪唑，鎓离子，胍。如果有具体的键级，那类似Chemdraw的纠错功能，根据饱和成键数目（元素的价电子数目）和电负性就可以猜出带的电荷。

作者
Author: z9527567 时间: 2023-9-8 10:04

slxc920113 发表于 2023-9-8 09:48
如果只有连接关系，你需要常见的带净电荷的官能团结构识用图论别出来，比如羧酸根，磺酸根，膦酸根，季铵 ...

明白了，谢谢。

作者
Author: littlefive 时间: 2024-10-18 16:15

z9527567 发表于 2023-9-8 09:19
感谢sob老师。acpype里对小分子净电荷的猜测是通过PEOE加和，然后反过来猜测净电荷。我想的是把键连关系 ...

您好，我最近也卡在这个问题。请问您现在一般怎么获取分子净电荷？

作者
Author: z9527567 时间: 2024-10-18 23:55

littlefive 发表于 2024-10-18 16:15
您好，我最近也卡在这个问题。请问您现在一般怎么获取分子净电荷？

代码的话没实现，有点复杂，自己算小分子就目视吧。

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