计算化学公社

标题: 显式溶剂下过渡金属离子与有机物的结合能计算的问题 [打印本页]

作者
Author: LIEL 时间: 2023-9-6 20:23
标题: 显式溶剂下过渡金属离子与有机物的结合能计算的问题
目的是计算一个带有一个磺酸基团的有机物（A,带一个负电荷）与一个过渡金属离子如Pb2+的结合能；想请教下，以下思路是否有问题：
1. Pb2+的水合离子数是6，减去一个结合的配位，加入5个水分子在TPSS-D3(BJ)/def2-svp SMD下进行优化后，将整个系统、水合铅离子与A分子在TPSS-D3(BJ)/def2-tzvp SMD下分别进行单点计算，通过E(A*5H2O*Pb)-E(A)-E(Pb*5H2O)计算结合能；如果想计算溶剂的贡献，将优化好的结构中的隐式水和显式水去掉再计算一遍，与溶剂下的结合能作差。
2. 另一种方案是根据sob老师原文http://sobereva.com/406构建出比较理想的水球包裹磺酸基团与Pb2+，但是后续该怎么计算结合能以及溶剂化能呢。

作者
Author: wudiazhu 时间: 2023-9-7 10:17
感觉我课题和你差不多...我认为结合能应该用E(A*5H2O*Pb)+E(H2O)-E(A)-E(Pb*6H2O)，对应A+Pb*6H2O→A*Pb*5H2O+H2O这个方程，体现了原本溶液中6个水配位的Pb2+与磺酸根结合后脱去1个水分子，变成5个水配位的结构。另外用自由能代替电子能量要更好。

作者
Author: LIEL 时间: 2023-9-7 14:43

wudiazhu 发表于 2023-9-7 10:17
感觉我课题和你差不多...我认为结合能应该用E(A*5H2O*Pb)+E(H2O)-E(A)-E(Pb*6H2O)，对应A+Pb*6H2O→A*Pb*5H ...

做类似的课题可太好了，我最近才开始涉及过渡金属。
想继续咨询下，按照您说的计算方式，是否是将A*Pb*5H2O、H2O、A、Pb*6H2O分别优化，然后再计算单点能呢。

作者
Author: wudiazhu 时间: 2023-9-7 16:20

LIEL 发表于 2023-9-7 14:43
做类似的课题可太好了，我最近才开始涉及过渡金属。
想继续咨询下，按照您说的计算方式，是否是将A*Pb*5 ...

是的，然后用高精度单点能加上振动优化的热力学校正就得到自由能了

作者
Author: LIEL 时间: 2023-9-7 16:33

wudiazhu 发表于 2023-9-7 16:20
是的，然后用高精度单点能加上振动优化的热力学校正就得到自由能了

好嘞，太感谢了

作者
Author: 121089576 时间: 2025-6-11 13:45

LIEL 发表于 2023-9-7 14:43
做类似的课题可太好了，我最近才开始涉及过渡金属。
想继续咨询下，按照您说的计算方式，是否是将A*Pb*5 ...

抱歉挖个坟，我也是新手，发表一点个人看法。但是我觉得不应该分别进行优化再算单点能吧？因为如果结合之后，再分别进行优化，那么它们的结构又变了，就不是当时结合时候的构型了，这样各自算出来的能量似乎没有可比性了。

作者
Author: LIEL 时间: 2025-6-11 19:32

121089576 发表于 2025-6-11 13:45
抱歉挖个坟，我也是新手，发表一点个人看法。但是我觉得不应该分别进行优化再算单点能吧？因为如果结合之 ...

分别优化其实就是算上了变形能

作者
Author: 121089576 时间: 2025-7-6 23:12

wudiazhu 发表于 2023-9-7 10:17
感觉我课题和你差不多...我认为结合能应该用E(A*5H2O*Pb)+E(H2O)-E(A)-E(Pb*6H2O)，对应A+Pb*6H2O→A*Pb*5H ...

如果要考虑BSSE的情况应该怎么做呢？是否就变成E(A*5H2O*Pb)+E(H2O)-E(A)-E(Pb*6H2O)+E_BSSE？

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