计算化学公社

标题: 在分子动力学计算中如何将vdW能量分类计算？ [打印本页]

作者
Author: huhq 时间: 2023-9-7 08:36
标题: 在分子动力学计算中如何将vdW能量分类计算？
有的文献在SMD计算中将水合蛋白的vdW随时间的变化分为蛋白质--蛋白质作用/蛋白质--水分子作用两部分讨论（如下图），计算中是如何实现的？请教各位。谢谢！
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-8 00:58
NAMD我不清楚。GROMACS的话可以自己定义能量组，把不同组之间的范德华作用能随时间变化得到。

作者
Author: huhq 时间: 2023-9-8 09:27
多谢sob老师提醒。

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