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标题: Avogadro构建肽链时N端NH和NH+有什么区别？ [打印本页]

作者
Author: moni0823 时间: 2023-9-7 09:45
标题: Avogadro构建肽链时N端NH和NH+有什么区别？
各位老师同学好，我在使用Avogadro软件构建肽链时有一些疑惑。
1.图中的N端NH和NH+有什么区别（C端也是），构建出的肽链哪个才是后续可以进行分子动力学模拟的？
2.通过Avogadro构建出来的肽链后续需要什么处理吗？比如优化一下结构等等。

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-8 00:56
应该是质子化态不同，实际对比一下便知
如果是拿来跑动力学，做优化不是必须的。跑起来都一样

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