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标题: 求助，关于tau_t对模拟的影响 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-9-7 10:46
标题: 求助，关于tau_t对模拟的影响
请问各位大佬，我在进行npt时，tau_t设为0.2或0.5时，不会生成npt.gro、npt.cpt等文件，且使用vmd看npt.xtc动画时只有几帧，npt文件和报错如下图；但是tau_t设为0.8时，不会报错，能正常进行npt。请问这可以不用管报错，直接将tau_t设大一点，让它运算吗？还是说模拟哪里出现问题了？
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这是我的npt命令
gmx grompp -f npt.mdp -c em.gro -r em.gro -p hunhewu.top -n hunhewu.ndx -o npt.tpr;
gmx mdrun -v -deffnm npt

如果可以的算的话，设为不同的数值对过程和结果影响大吗？tau_t最大可以设为多少？tau_t和tau_p两者存在关系吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-8 00:42
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里有相关讨论
倘若你确保拓扑文件、参数、设置都没问题的话，可能初始结构较糟糕，可以tau_t = 0.8跑一阵子，等体系接近平衡了，再用常用的0.5续跑。tau_t和tau_p没直接关联

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-9-8 16:07

sobereva 发表于 2023-9-8 00:42
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里有相关讨论
倘若你确保拓扑文件、参数、设置都没问题的话，可能初 ...

好的，谢谢老师

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