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标题: 求助，npt和md的续跑问题 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-9-7 11:08
标题: 求助，npt和md的续跑问题
请问各位大佬，我的模拟中只有em、npt、md，在npt中continuation = no和gen_vel = no 让它自己运动起来，在md中设continuation = yes和gen_vel = no，且使用命令
gmx grompp -f npt.mdp -c em.gro -r em.gro -p hunhewu.top -n hunhewu.ndx -o npt.tpr；gmx mdrun -v -deffnm npt；
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p hunhewu.top -n hunhewu.ndx -o md.tpr；gmx mdrun -v -deffnm md；
请问这会续着npt的速度跑吗？如果npt和md中除了以上参数外，其他参数都一样（没有限制条件，如下），是不是就可以看成md是npt的续跑？
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如果我想在md的基础上换个控温和控压方式继续模拟，是不是用这两行命令进行模拟（相当于续跑？），
gmx grompp -f md2.mdp -c md.gro -r md.gro -p one.top -n one.ndx -t md.cpt -o md2.tpr;gmx mdrun -v -deffnm md2

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-8 00:30
是

但如果你没用位置限制，写-r是完全多余的。如果你用了位置限制，由于两次给-r提供的gro文件不同，参考位置会有所差异，一定程度会影响结果

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-9-8 16:07

sobereva 发表于 2023-9-8 00:30
是

但如果你没用位置限制，写-r是完全多余的。如果你用了位置限制，由于两次给-r提供的gro文件不同，参 ...

好的，谢谢老师

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