公社群聊Q&A整理：2016.08.08 19 ~ 2016.08.14 20 Concate - 计算化学公社

2016.08.08 18:21:22
Q:
[图片]
请哪位大侠看看在win系统下，要做AdNDP分析的gaussain输入文件的问题在哪里？每次运行到l202都会掉
A:
[图片]
Q:
/疑问
A:
#P PBE1PBE/6-311G* pop=nboread
所以说不懂就不要乱写
Multiwfn手册和博文里例子都写得那么清楚了
Q:
好的谢谢
[图片]
改完了运行还是会掉，还是在l202出了问题
A:
你贴图还不如上传输出文件
贴这种报错Frisch也帮不了你
Q:
5020600000000001
C 0.9379050000000001 0.3660300000000005 0.5019800000000001
C 0.0963150000000000 0.8103250000000007 0.5020100000000000
C 0.4181400000000000 0.6600600000000003 0.5021000000000000
C 0.2007300000000001 0.8640000000000006 0.5020700000000000
C 0.3290650000000001 0.9865000000000008 0.5018300000000000
C 0.3554550000000001 0.7897800000000008 0.5020900000000000
C 0.1577350000000001 0.6810350000000005 0.5020100000000000
C 0.0767500000000000 0.6047200000000003 0.5020600000000000
C 0.4379050000000000
0.8660300000000007 0.5019800000000000
C 0.5963149999999999 0.8103250000000007 0.5020100000000000
C 0.9181400000000001 0.6600600000000003 0.5021000000000001
C 0.7007300000000002 0.8640000000000006 0.5020700000000000
C 0.8290650000000002 0.9865000000000008 0.5018300000000001
C 0.8554550000000001 0.7897800000000008 0.5020900000000000
C 0.6577350000000002 0.6810350000000005 0.5020100000000000
C 0.5767500000000001 0.6047200000000004 0.5020600000000000
C 0.9379050000000001 0.8660300000000007 0.501980000000000
67500000000000 0.1047200000000002 0.5020600000000000
C 0.4379050000000000 0.3660300000000005 0.5019800000000000
C 0.5963149999999999 0.3103250000000005 0.5020100000000000
C 0.9181400000000001 0.1600600000000002 0.5021000000000001
C 0.7007300000000002 0.3640000000000004 0.5020700000000000
C 0.8290650000000002 0.4865000000000005 0.5018300000000001
C 0.8554550000000001 0.2897800000000005 0.5020900000000000
C 0.6577350000000002 0.1810350000000004 0.5020100000000001
C 0.5767500000000001 0.1047200000000002 0.
%chk=dr.chk
%nprocs=2
%Mem=1GB
#p PBE1PBE/6-311G*
pseudo=read
OPT=(Cartesian,MaxCycle=300,MaxStep=29,tight)
SCF=(xqc,MaxCycle=1265,tight)
pop=nboread
adndp
0 1
C 0.0963150000000000 0.3103250000000005 0.5020100000000000
C 0.4181400000000000 0.1600600000000002 0.5021000000000000
C 0.2007300000000001 0.3640000000000004 0.5020700000000000
C 0.3290650000000001 0.4865000000000005 0.5018300000000000
C 0.3554550000000001 0.2897800000000005 0.5020900000000000
C 0.1577350000000001 0.1810350000000004 0.5020100000000000
C 0.07
1
N 0.1859050000000001 0.4847800000000006 0.5018600000000000
N 0.3131300000000000 0.1068650000000001 0.5019900000000001
N 0.6859050000000000 0.4847800000000007 0.5018600000000001
N 0.8131300000000001 0.1068650000000002 0.5019900000000002
N 0.1859050000000001 0.9847800000000008 0.5018600000000000
N 0.3131300000000000 0.6068650000000003 0.5019900000000001
N 0.6859050000000000 0.9847800000000009 0.5018600000000001
N 0.8131300000000001 0.6068650000000005 0.5019900000000002
$NBO DMNAO AONAO $END
A:
又加，又加，又加垃圾关键词！
Q:
我有想打架的冲动……
我这个是仿在linux系统下的一个输入文件改写的，之前算的时候没有问题。
看来没认真学习老师的博文/呲牙
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.08 19:40:50
Q:
老师：您好！请问CDA分析时，我们通常说[图片]，这里的稳定性研究和一般的热力学稳定，动力学稳定相比是属于哪一类呢？谢谢~~~[表情]
A:
热力学
Q:
老师：您好！也就是说通过CDA分析可以分析热力学稳定性？一般研究热力学稳定性，我们是通过焓来定义的，请问像这里从电子角度来分析热力稳定性时，依据是？谢谢~~@Sobereva
A:
电子能量
热力学稳定性用的是G不是H
Q:
恩，羞大了···[表情] 谢谢老师的提醒···[表情]，对于电子能量用于研究热力学稳定性的文献，抱歉，我还没有看到[表情]，不知老师您是否可以推荐几篇呢？
A:
想问题不要太死
H、U、G都是电子能量主导的，稍有常识就知道
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2016.08.08 20:00:24
Q:
问一下这个错误是什么意思，是不是要改猜测结构？
[图片]
输入时用的是opt=(calcall,qst3) b3lyp/6-311g 因为体系很小所以calcall了
A:
体系小还不加极化
3-zeta不加极化还远不如6-31G*
calcall都用上了还用QST3，直接opt=ts就完事了
Q:
TS找到的过渡态不是想要的...... 所以想换qst3试一下...
A:
没戏
先把基组搞像样再说
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2016.08.08 20:31:03
Q:
几何优化模板文件使用template.mop
./molclus
每优化一个结构，都要手动按一次回车吗？
[图片]
A:
下个最新的MOPAC装上
Q:
就是最新的2016
A:
折腾折腾
跟molclus无关
不成就问作者
Q:
好的，多谢老师
ps，其他人没遇到吗
计算结果，看了一下，也是对的
安装方法也是对，
MOPAC2012安装方法，http://sobereva.com/262
哲远是2016版吗
A:
先独立跑几次.mop文件，不用molclus
Q:
ok，我试一下
[图片]是MOPAC2016.exe的问题
可能是哪里还需要设置一下吧
回车之后，计算正常执行，很快完成
奇了怪了
A:
license没有过不过期，只有程序本身有无过期
Q:
上个月刚申请的
A:
我今年6月下的跑得好好的
[图片]
Day left还有剩余就能用
Q:
[图片]
信息如图，应该没问题吧
A:
配置本身没问题
Q:
[图片]
会不会是系统时间的问题
重启之后总是2009年
A:
应该是这事
Q:
那终止molclus，直接ctrl c吗
A:
y
Q:
另外，请问一下mopac能指定cpu核数吗，我发现cpu被mopac跑满了
A:
threads=n可以用n线程并行。默认是有多少核就自动用多少核。
----------------------------------------------------
2016.08.08 22:16:25
Q:
[图片]
怎么办哇
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.08.08 22:31:13
Q:
老师，得到两个同分异构的单晶结构，能量差0.28eV。下一步想证明这两种结构是可能相互转换的，应该采用什么方法呢？
A:
算过渡态
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2016.08.08 22:51:34
Q:
sob老师，对于闭壳层体系，自由价为零。那么对于一个闭壳层的体系，想知道它的自由价，该怎么算呢？需要加上一个自由基使其变为双重态吗？
A:
本来就没有自由价，怎么可能得到
Q:
比如说想看一种物质在氧化之后更容易在哪个位置形成含氧官能团，这样的情况该怎么计算哪个位置的自由价更大呢？
A:
算福井函数或双描述符，不是算什么自由价
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2016.08.08 23:06:33
Q:
老师，Gaussian的溶剂化模型的适用范围哪里可以参考呢？
A:
你应该说你要研究什么
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2016.08.09 00:03:27
Q:
Gamess 核冻结关键词是什么
A:
默认就冻核，也可以用NACORE、NBCORE设
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2016.08.09 06:11:52
Q:
请问pcm与I-pcm有区别吗？
A:
显然有区别。IPCM就是垃圾
Q:
@Sobereva老师，为啥？[表情]
A:
慢得要命，算一下你就知道
结果还一点不比PCM好
IPCM已经完全被后来更快也更优雅的SCIPCM代替了，但即便如此SCIPCM还是比PCM慢很多，结果也没好处，所以还是没人用
g09用户什么也甭想，就老老实实用SMD就完了
Q:
Gaussian溶剂效应默认项不就是I-pcm吗？
A:
听谁说的
Q:
@Sobereva老师，可是Gaussian里貌似没有pcm这个选项啊
A:
看手册了没
手册里搜不到PCM才怪
Q:
[图片]
A:
RTFM
gview能代替手册？
Q:
确实不能
A:
g09里PCM等价于IEFPCM第二版，是目前PCM最佳的实现形式
就是给菜鸟玩玩用的
靠这个界面能用的高斯的功能不及全部的1/5
Q:
IEFPCM即可？
A:
y
和default一样
Q:
哦，也就是说gview的溶剂效应默认选项其实就是IEFPCM？
A:
简单一句话：不管什么时候都用SMD就完了
y
Q:
老师，如何在IRC里改步长？
A:
看手册IRC关键词。
RTFM
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2016.08.09 07:31:46
Q:
请教S老师，我在qm-mm模型下跑MD，跑出来的轨迹，抽取反应坐标接近或等于过渡态时反应坐标的帧，用这些帧来做mmpbsa结合自由能计算并分解到每个残基，是不是可以得出酶对过渡态底物的亲和力，以及各残基对过渡态的贡献？
A:
前一句话对，后一句说对过渡态的贡献这莫名其妙。如果是说各个残基对处于过渡态结构的底物的结合能力的贡献倒是对。
Q:
我准备这么干，不过我想，即使在qm-mm模型下，达到过渡态时的帧应该很少，毕竟是高能构象。
A:
一些文献也表明MMPBSA用整条轨迹算，未必比只用一帧精度强哪去
----------------------------------------------------
2016.08.09 07:35:56
Q:
Sob 老师，有个问题请教。[图片]最近有篇文章，审稿人要求用大基组进行TD-DFT计算。我试了aug-cc-pvdz，但耗时过长。有没有介于这个和6-311+G**之间的，并且有弥散的基组呢？turbomole的def2系列基组耗时如何？我们组并不是做计算的，所以资源有限，我目前用的是美国的SDSC超算中心的gordon cluster, 虽然是免费的，但对计算时间有要求。
A:
算的啥体系？
如果是算有机大分子，审稿人观点是鬼扯
如果是算小分子，aug-cc-pVDZ也不至于算不动。而且结果也并不比6-311+G**更好，因为才区区2-zeta
Q:
是一系列有机小分子，结构是这样的[图片]
A:
6-311+G*足矣。实际上连6-311G*都已经完全够了，增加弥散也不会带来什么改进
审稿人自作聪明
Q:
弥散是因为还有别的分子带氟，以及硼跟氟配位后形成的阴离子...[表情]
A:
6-311+G*也足够了
非要再增大，ma-TZVP是最佳选择
Q:
我原来用的是b3lyp/6-31+G*, 最近用wb97xd/6-311+G** 重新算了一遍。那我再用ma-TZVP试试，主要是我用的cluster有48小时 wall time...所以之前用aug-cc-pvdz算的都死在终点之前了。
A:
估计ma-TZVP你也算不动
----------------------------------------------------
2016.08.09 07:45:39
Q:
@Sobereva老师，振动不是很明显的过渡态怎么用IRC校验？
A:
什么叫振动不是很明显？
Q:
就是虚频振动强度不明显
A:
如果只是虚频小，但只有一个虚频且虚频方向和预期相符，和普通情况一样搞
Q:
[图片]
可是IRC跑成了上面那样，好郁闷啊，我估计是不是步长改小点会好点
A:
怎么解决这种问题我每周都贴图
一周至少回答一次
这图群里发了估计得有近20次了
[图片]
Q:
表明周周都有新人来…计算的香火得以延续……群主该高兴
A:
不是，一年前就已经加入了
倒是反映出很多人在群里，但并不很关注群聊信息
sci-hub也很反映出这一点
Q:
这也的确
A:
SCF不收敛、几何优化不收敛、scf=maxcyc=几百等周经乃至日经问题也是
Q:
这些百度都可以找到哈
A:
不不不，求助于度娘只会害死自己
要善用这个
[图片]
Q:
sob老师是不是讨厌百度和苹果
A:
对
Q:
苹果是为什么
A:
自作聪明
Q:
这从何说起呢
对啊
是指苹果系统很烂么……虽然我没接触过IOS系统
反正mac我觉得不好用
A:
烂得很，iOS不越狱对我而言根本没法用
MacOS也是糟糕透顶
Q:
我ios系统已经不安全了……
另外，因为没有越狱的iPhone和iPad上的APP只能从APP store 下载，越狱之后就没有这些限制了。至于Mac，在安全性与隐私的设定里面可以更改系统安全性设置，可以安装非APP store的软件，所以自然就不需要越狱了。
A:
大概09年那会儿，刚开始用别人给的ipad，发现居然连文件目录结构都看不到，想随便往ipad传点文件都做不到（非得匪夷所思地通过恶心要死的itune来“同步”），装个程序非得走app store不可，感觉吐血了。没法插外接储存卡也完全难以接受。这一切都和之前我一直用的基于windows mobile的掌上电脑形成巨大落差。越狱后感觉越狱前简直就是个砖头而已。苹果还跟用户在越狱方面死命对着干。真是来气。在我眼里苹果就是在无数极差弱爆的设计上（除上述外也包括只有一个home按键、没有USB口、据说要取消3.5mm耳机口等方面）极度顽固任性的公司，东西还卖得挺贵。但我对苹果的硬件质量方面倒是比较认可。
不禁想起当年3dfx，非要推私有的API glide，技术实力又比起nvidia、ATI没什么特殊优势，结果最后完蛋了，苹果也一定会步后尘。粉丝不可能永远狂热糊涂下去。
Q:
其实任何东西都是一个熟悉，以及习惯的过程。熟悉了原先的操作，形成了习惯之后，再用别的东西就会觉得别扭。这很正常。
我不是苹果粉，只用过 iPad。一开始也不习惯，但是用了一段时间之后还是感觉不错的。我个人理解的是，iPad 设计成“应用主导型”而不是传统的文件夹管理型，主要的目的是为了方便用户直接使用某个应用程序，而不是像电脑一样建立多个文件夹来“管理和处理文件”。
举例而言，想看 PDF 文档，只有点击 PDF 阅读器APP，直接在阅读器里就列出所有的文档，而不是先在硬盘里找到那个 PDF 文件。如果不记得那个文件放在什么地方了，还有在电脑里搜一圈才能找到。对应 Pad 用户而言，这是不方便的，因为打字搜索这些操作在 Pad 上永远不会比在键盘上操作顺手；而点击某一个 APP 却是很自然的。
至于必须连接 iTuen 这个设计，当然是商业考虑，苹果想用 iTune上的自愿赚钱。但是也不一定非要连接啊，完全可以通过邮箱的附件来下载已有的文件。没有 USB 借口的设计也是为了无线连接。蓝牙耳机现在也比较普遍了，有线耳机那根线的长度也是有限的，比如我想一边做饭一边听音乐，但是又不想打扰到合租的室友，用蓝牙耳机是个很好的选择。
说来说去，归根结底是习惯，还有用户需求的问题。就像用惯了 Linux 系统，用 Windows 的时候会很别扭；反之亦然。其实没有孰优孰劣之说，只是面向的用户需求不同。 Linux 下 rm 删除的文件无法找回，我想 Sob 老师也会对这个问题很无奈吧，Windows 还有个回收站呢……
有某些地方打错字了……
第三段，“还要”在电脑里搜一圈
第四段，用 iTune 上的“资源”赚钱
第四段，USB“接口”
第四段耳机部分和之前连接不通顺……
苹果并不是没有 USB 接口，而是因为希望把产品做得轻薄，而不得不抛弃传统的 USB 接口，自行设计更小更扁平的 USB 接口
A:
邮箱附件传太麻烦，速度也慢，而且没有网的话都没法实现。当年越狱后都是ssh无线传文件，现在用安卓我都是走ftp。方便多了。
没USB连个优盘都插不了，便利度严重受限。即便嫌USB口大，也完全可以用标准的micro USB嘛，非要自己搞一套。
其它系统也并不用自己去找程序，即便是当年比较传统的windows mobile，也可以在桌面上创建程序的快捷方式
没了3.5mm口，原先很多人花不少钱买的好耳机都没法用。
虽然可以“强行”解释出一些苹果的设计的好处，但都是弊远大于利。虽然或许苹果的设计能迎合某些用户的使用习惯，但在我来看真是完全无法接受。
Q:
iphone的home键比起android机的返回键难用到爆。还有魅族，模仿iphone不知道他想干什么
A:
那么大地方死活就不给安个返回键。
如今很多手机厂商，好的不学，净学苹果各种臭毛病。
Q:
从来不用apple的东西买过两款也都不是自己用的
[表情][表情]
A:
如果别人想送我苹果的东西，且不允许我卖掉或送人，我都绝对不收
----------------------------------------------------
2016.08.09 08:27:45
Q:
sci-hub不能用了？
A:
看群规
----------------------------------------------------
2016.08.09 14:42:23
Q:
各位老师，文献中通常说的spherical average是什么东西，怎么做的呢？
A:
看具体语境。就是求球面上不同位置的数值的平均值，让后让整个球面都是这个数值
Q:
老师，我不知道我理解的对不对，就是一个三维空间中的函数，有一部分点与球面相交，是把这些点加和，然后除以个数吗？
A:
可以这么说
----------------------------------------------------
2016.08.09 14:59:16
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
[图片]
[图片]
这么多软件
看来都是藏着掖着[表情]
A:
程序不少，但是拿出来给大家用、有影响力、起到实际应用价值的寥寥
Q:
是的
Multiwfn算是特例
A:
CALYPSO也算
----------------------------------------------------
2016.08.09 15:09:39
Q:
sob老师以前做过微扰？
A:
没，被当年的东家莫名其妙挂上了名而已
----------------------------------------------------
2016.08.09 15:32:21
Q:
QM 部分仅包括 C、H、O、N、S原子，所以半经验的 QM方法也可以给出相对可靠的结果。----- 这句话大家认同吗？
A:
没问题
----------------------------------------------------
2016.08.09 17:14:43
Q:
由于底板和相片的颜色不一样，显得照片不规整，请问下怎么把三个照片组合之后，然后填充使图片变得规整呢[图片]
A:
都拷到画图程序里，摆好位置，拉个框框住三个分子，复制，粘贴到目标文档里
----------------------------------------------------
2016.08.09 17:23:57
Q:
老师，指纹图是按照di和de的大小来确定相互作用的吧？
A:
y
Q:
可是文献中介绍的不详细，一般有什么规律呢
A:
[图片]
里面有例子，仔细理解，看完自然就知道怎么分析了
----------------------------------------------------
2016.08.09 17:33:30
Q:
No func 3rd derivs with HSE.
Error termination via Lnk1e in /public/software/g09/l914.exe at Mon Aug 8 17:18:15
请教老师，opt出现这个的原因
[图片]请老师指教，出现如上错误
A:
贴关键词
肯定是用HSE算了什么需要三阶导数的事，然而程序又不支持
Q:
好的，老师
# opt freq m06l/genecp scf=xqc
A:
g09 D.01用这个算了下，根本没报错
Q:
请问老师，那是什么原因？
A:
上传输出文件
[图片]
哪是刚才的报错
Q:
[图片] 愣是看了5秒才读懂。。
A:
标题行写关键词里不报错才怪
----------------------------------------------------
2016.08.09 18:30:34
Q:
谢谢老师，再问下老师，你博文写的好像振子强度低于0.01跃迁禁止，我计算的体系中有的才0.0001，但波长与实验值接近，这样对应的发射波长能否写入文章？
A:
可以
实际中可以由于振动耦合导致振子强度比算出来的大不少
Q:
那如果振子强度变为0了呢？
这样编辑会不会有疑问
A:
振动耦合可以破坏对称性导致的跃迁禁阻
----------------------------------------------------
2016.08.09 18:40:38
Q:
老师您好! 请问分子轨道里电子云的不同颜色表示什么？
A:
分子轨道里没“电子云”
不同颜色是分子轨道不同相位
----------------------------------------------------
2016.08.09 18:53:25
Q:
老师，我用TURBOMOLE优化结构，自洽场能量只出来一个，也没有收敛，就不在优化了是怎么回事啊？输出文件中显示说[图片]请问这该怎么办啊？
A:
turbomole那鬼玩意还是问客服吧
比ORCA难用得多还敢要钱
----------------------------------------------------
2016.08.09 19:06:25
Q:
两个同分异构体的能量差为0.02eV，这种能量差在分子结构中算大吗
A:
大不大看具体问题，虽然数值相差很小，才2KJ/mol，但是低温下算两个结构的波尔兹曼分布，比例能差出很大
----------------------------------------------------
2016.08.09 19:20:57
Q:
The overestimation in the lattice parameters and underestimation in the bulk modulus is a common feature with GGA 老师，这个具体怎么解释呢@Sobereva
A:
就是实际研究观察到的普遍现象
----------------------------------------------------
2016.08.09 19:53:25
Q:
请问，我用Multiwfn画红外光谱图出图的那一步闪退，不出来谱图，这个是什么原因？谢谢
A:
输入文件不对或操作有误
----------------------------------------------------
2016.08.09 20:58:39
Q:
帮忙下载文献3片：
http://scitation.aip.org/content/aip/journal/jap/114/6/10.1063/1.4818414
http://scitation.aip.org/content/aip/journal/jcp/137/5/10.1063/1.4739085
http://scitation.aip.org/content/aip/journal/jap/111/12/10.1063/1.4729057
A:
[图片]
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
----------------------------------------------------
2016.08.09 23:14:00
Q:
求结构的能量，是否使用b3lyp/6-31++g精度已经足够了。我用b3lyp/6-311++g，使用int=ultrafine，opt=calcall都无法收敛
A:
烂爆了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
----------------------------------------------------
2016.08.09 23:27:29
Q:
老师们，想请教下，比较含溴原子的同类化合物，如R1-Br, R2-Br, R3-Br之间亲核反应活性顺序，应该怎么比较？
是简单的看HOMO能量大小就可以了么？
A:
如果是指这些东西作为亲核物质（反应时给电子），横向比较时看HOMO能级可以
Q:
请问sob老师，计算一个阴阳离子对的时候，需要分别设定片段的多重度么？
A:
计算IP
不用
Q:
就当成原子一样么？
然后阴阳离子对离子之间的距离和角度一般有什么要注意的么？
A:
没前提没法说
----------------------------------------------------
2016.08.09 23:59:29
Q:
稀土元素计算结构和光谱性质应该用什么方法和基组比较好
A:
稀土：SDD
其它原子
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
一般用TDDFT
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
----------------------------------------------------
2016.08.10 00:33:49
Q:
请教一个内坐标错误的问题。。。。
关键词只写了cbs-qb3 我的分子是一个Y型的分子有一个三元环
结果Error in internal coordinate system.
这个应该怎么改输入？
谢谢，我刚试了可以，看Gaussian手册里没说cbsqb3可以加opt关键词，一般cbs算能量是不是就只写一个# cbs-qb3 就可以了?还有我发现cbsqb3算出来的几何结构稍微变了一点点有的键长变了1pm，这个是正常的吗？
A:
热力学组合方法自己写opt毫无意义，稍有常识便知
----------------------------------------------------
2016.08.10 03:57:37
Q:
各位老师，有两个虚频，一个56，一个18，请问，我应该在哪个虚频上选择manual displacemnet微调保存结构呢？非常感谢
[图片]Sob老师不也是这个意思么？
嗯，那是不是应该在这个结构基础上微调呢？
反应物是C2h产物是D2h
过渡态也是个C2h
A:
我完全不是这个意思。我博文里说按照虚频来调是特指因为初始对称性设得太高的情况，和小木虫上那些不分红青皂白就知道按照虚频微移完全不是一码事。
----------------------------------------------------
2016.08.10 04:47:04
Q:
老师您好，我的结构优化是用高斯做的，用Orca计算体系单点能，最后有个FINAL SINGLE POINT ENERGY。我要用这个能量计算吸附能，需要加上高斯计算的零点能校正吗？
嗯嗯，之前没留意，立刻纠正
A:
对
----------------------------------------------------
2016.08.10 06:04:38
Q:
高斯用了积分屏蔽后大约正比于N的几次方？
不做积分屏蔽的话是4次。4次太慢了
A:
这要看体系特征。线型和球形的情况完全不同。而且还看用什么基组，指数越小越难屏蔽
----------------------------------------------------
2016.08.10 06:06:51
Q:
耦合簇CC2会比最高精度DFT更准确吗？
A:
未必比最好的双杂化更好
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2016.08.10 16:22:27
Q:
老师请问我可以同时柔性扫描两个键吗？[图片]比如这种情况我想要每步一个分子C-C键伸长同时另一个C-C键缩短那么扫描时该过程是不是同时进行的
A:
可，但非同步
Q:
是先扫完一个键再扫另一个？
A:
第一个扫N个点，第二个扫M个，
共算(N+1)*(M+1)个点
Q:
先后顺序呢？
A:
一试不就知道了
用力场或半经验扫也不怎么耗时
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2016.08.10 16:48:08
Q:
早上好！可否帮忙下载一个程序
https://uofi.app.box.com/s/jfnc2nnyb3j7928yrw8rgx9l5yj498z1
非常感谢！
A:
传群共享了
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2016.08.10 17:42:38
Q:
[图片] 这个diradical character 是怎么计算的呢？是看S^2 的数值吗？
A:
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
http://sobereva.com/264
是
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2016.08.10 19:15:03
Q:
我想请教一下，就是我用notepad++对初始模型进行input files编辑后，再用Gview打开原模型就弹出这个[图片]，然后点击ok，发现我的模型少了根键，想请教下是什么原因？蟹蟹！
A:
显然改得不合规矩
直接把连接关系部分都删了
geom=connecivitiy也删了
Q:
[图片]Sob老师我按您给的意见删掉geom=connectivity。虽然那个错误提示框没了，但是我原模型的键还是没了，为什么？
A:
甭管gview是否判断成键
毫无意义
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2016.08.10 20:13:39
Q:
请教高斯出错结尾是Error termination in NtrErr: NtrErr called from FIOCnC.是什么原因呢
磁盘空间不够？
貌似错误类型不一样
后面那个我看过了不确定
A:
上传输出文件
光看这点信息没用
Q:
%chk=P-G1Half.chk
%nprocshared=4
#p b3lyp/6-311G(d) opt freq out=wfn
十几兆太大了
之前我也搜了下正好也看到了总之还是要谢谢你
A:
换成E.01，基组用6-31G*足矣，内存给大点
Q:
sob老师 E.01是G03W-E.01版本吗
A:
g09
Q:
能否给个链接呢
A:
先把我说的后两点处理了再说
你这体系早就震荡了，即便再优化下去也白搭
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2016.08.10 20:31:10
Q:
社长这个幻灯片百度网盘页面点下载之后chrome浏览器报毒，是不是百度的问题？
http://sobereva.com/239
A:
更像是chrome犯傻
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2016.08.10 23:11:37
Q:
老师好，我算了一个体系，需要用到色散校正B3LYP-D,但是不知道输入文件怎么写，软件是高斯，下面是没有色散校正的输入文件，请问加入色散校正输入文件应该怎么写
[图片]
[图片]
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2016.08.10 23:54:54
Q:
老师能不能给个用Multiwfn做FMO composition 方法的链接？
A:
看手册
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
手册4.8节有的是例子
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2016.08.11 00:03:18
Q:
老师B3LYP-D3(BJ)它的基组是什么
A:
undefined
----------------------------------------------------
2016.08.11 00:19:38
Q:
[图片]sob老师，我把计算完成的log文件用gv打开时经常遇到这个错误为什么啊@Sobereva
A:
自行看输出文件，找报错那行，看有无异样，没异样就是gv bug，联系客服解决
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2016.08.11 01:32:22
Q:
老师，用高斯在uB3LYP/gen ，6-311+g(d,p)对非金属，ECP 对铁，这样算出来的震动频率和实际实验测出来的震动频率是不是有个矫正因子？
A:
是
Q:
这个矫正因子我该怎么查？
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
Q:
也就是说一般来说，理论计算的频率会比实际的值偏大？但是我的实验所测的结果为什么比理论计算的频率大？我计算的Fe-O振动频率是522 cm-1,实验测得是554cm-1
A:
看目的。如果用于获得热力学数据，用占原子比例最多的基组的校正因子。如果是考察某些键的频率，用那些键牵扯到的原子的基组的校正因子。或者用纯泛函，可以不用校正因子。
----------------------------------------------------
2016.08.11 02:14:36
Q:
请教一下，有谁做过具体评估，负电体系加弥散和不加弥散，能有多大区别，考虑氢键和不考虑氢键分两种情况
有些情况要算算H bonding..有些又不用算..
用了弥散..收敛比较麻烦
所以在纠结到底要不要弥散..
但是又是负电体系，2-的电荷
那么只能硬来了...
A:
阴离子肯定得加弥散。但优化的时候如果3-zeta不加弥散倒是没事
----------------------------------------------------
2016.08.11 02:38:44
Q:
老师，用gaussian软件能否用UB3LYP 方法优化第一激发单重态，电荷和自旋为0,1 对吗？那么优化第二激发单重态呢，如何写呀？
A:
不对。用激发态计算方法
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2016.08.11 04:53:47
Q:
大家好，就是福井函数的差风电荷一般选择什么比较好呢？有什么文献可以参考一下吗？
A:
没有“差风”电荷，是“电子密度差”
选择什么？
Q:
老师你好，就是简缩福井函数的电荷计算有什么选择标准的吗？有时用hirshfeld 有时用mulliken的，有什么区别的吗？我应该怎么选的呢？
A:
一般用Hirshfeld
Q:
老师有相关的文献说明吗？就是用hirshfeld的？
A:
看刚传群共享里的文章
----------------------------------------------------
2016.08.11 16:40:02
Q:
老师，我依次提高重态数来计算最高自旋态，这个方法可行嘛？（二十重态存在，二十二重态不存在，是否可以认为最高自旋态为二十重态？）
A:
意义不明
----------------------------------------------------
2016.08.11 18:25:40
Q:
请教一个激发态的问题，单重态 ---> 三重态激发，激发能，是不是三重态计算的能量减去单重态的能能量就行啊？
A:
y
Q:
如果单重态 ---> 单重态激发。是不是我想办法不让激发态的单重态不优化下来。也可以这么做啊？
A:
是。
一种是利用轨道对称性来约束住电子态，不让它在迭代中坍塌回基态，就是所谓delta-SCF方法，这必须基态和激发态对称性不同才行。另一种就是MOM方法，让收敛后的波函数能尽量接近初始状态的电子排布，Q-Chem、GAMESS-US支持。
----------------------------------------------------
2016.08.11 18:45:32
Q:
请问那个有各种溶剂模型（显式溶剂模型、隐式溶剂模型（PCM
、IPCM之类的））的比较的资料，谢谢
A:
[图片]
Q:
求问，只用ms能做cosmo计算吗
A:
dmol3支持cosmo模型
Q:
老师，有教程吗，头大了
A:
dmol3的GUI里一选不就完了
这么简单的事那可能有教程
Q:
请问用IPCM模型时，参考文献该引用那片文献，其他的COSMO模型之类的分别引用那篇，谢谢
A:
IPCM：J. Phys. Chem. 1996, 100, 16098-16104
COSMO：J. CHEM. SOC. PERKlN TRANS. 2 1993, 799
----------------------------------------------------
2016.08.11 19:21:14
Q:
gaussian用什么关键词把双电子积分存放到硬盘？
A:
从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分
http://sobereva.com/343
按此文打印到输出文件
----------------------------------------------------
2016.08.11 19:39:48
Q:
请问sob老师，fch文件中的number of primitive shells 是怎么计算的？我看了C原子的6-31G*，11个primitive shells，但是有15个轨道；6-31G的时候有10个primitive shells，却只有9个轨道，晕掉了
A:
6d型基函数壳层有6个基函数，显然两种情况基函数相差6
前者6+3+1+1=11
后者6+3+1=10
----------------------------------------------------
2016.08.12 00:38:57
Q:
有个问题啊，我想优化一个能量最低三重态的激发态。这样的话，是不是把多重度设置为3或者用TD，CI都可以实现啊？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.08.12 01:15:42
Q:
请问老师，我计算自由基和臭氧的反应，臭氧有单重态和三重态，单重态稳定，寻找反应路径时，需要分别考虑吗，谢谢
A:
先按单重态考虑
----------------------------------------------------
2016.08.12 02:36:16
Q:
[图片]
请教下大家，这个错误要怎么解决呀？
加上 iop(5/14=2) 吗
[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
DFT计算甭管自旋污染，甭用什么5/14
----------------------------------------------------
2016.08.12 04:43:14
Q:
大家好，分子的电子密度分布和电子密度差一般是怎么分析的呢？有哪些可以考虑呢？有什么参考文献可以指导一下呢，谢谢。
A:
靠化学直觉分析
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
举一反三
----------------------------------------------------
2016.08.12 05:36:53
Q:
请问各位老师，A-B两个分子之间的相互作用，他们的NBO二阶微扰能很小，但是用Eab-Ea-Eb+bsse得到的相互作用力很大，这样的结果是否是有问题的？谢谢
A:
magic 试图靠NBO讨论弱相互作用能就是开玩笑。这里说了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2016.08.12 07:12:35
Q:
如何通俗的解释伦敦色散力？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.12 08:52:09
Q:
高斯03计算溶剂化作用时，怎么自定义溶剂？谢谢老师
输入文件
%nprocshared=8
%mem=2GB
%chk=dmdsxp.chk
# opt freq rb3lyp/6-31++g(d,p) scrf=(pcm,solvent=generic,read) geom=connectivity
Title Card Required
0 1
C -1.87873500 0.79668900 -0.38191100
H -1.44027500 1.78710000 -0.24317600
H -1.95452100 0.56226200 -1.44527500
H -2.87773800 0.78237700 0.06460900
C 1.87873500 0.79668900 0.38191100
H 1.95451900 0.56226300 1.44527600
H 2.87773900 0.78237600 -0.06460800
H
1.44027500 1.78710000 0.24317500
S -0.91478300 -0.49449200 0.49835500
S 0.91478300 -0.49449200 -0.49835500
1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 9 1.0
2
3
4
5 6 1.0 7 1.0 8 1.0 10 1.0
6
7
8
9 10 1.0
10
eps=45.6
rsolv=4.1
报错：
# opt freq rb3lyp/6-31++g(d,p) scrf=(pcm,solvent=generic,read) geom=co
nnectivity
----------------------------------------------------------------------
QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE.
p/6-31++g(d,p) scrf=(pcm,solvent=generic
'
Last state="SCR2"
TCursr=38090 LCursr= 41
Error termination via Lnk1e in /gdata/lun5/xrxu/g03/l1.exe at Fri Aug 12 00:52:13 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.9 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 17 Int= 0 D2E= 0 Chk= 2 Scr= 2
老师，高斯03溶剂自定义与高斯09一样？@Sobereva
谢谢老师
A:
g09自定义方式：
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
照着手册try
发错了
照着手册try
----------------------------------------------------
2016.08.12 09:48:55
Q:
大神都是不睡觉的啊，佩服/强
A:
刚醒
----------------------------------------------------
2016.08.12 16:21:11
Q:
有没有老师有Exploring chemistry 这书的第三版，第二版真是太老了。能不能分享一份给我
A:
没有电子版
----------------------------------------------------
2016.08.12 17:17:25
Q:
lsda是由哪些泛函组成的？
A:
交换部分就是slater，相关部分可以是VWN3、VWN5、PW。一般都用SVWN3
Q:
slate是？
slater是？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.12 17:42:53
Q:
[图片] 这应该是笔误吧？
A:
用的符号不好，产生严重歧义
----------------------------------------------------
2016.08.12 18:06:52
Q:
请问M05-2X可以写成嘛M052X
请问M05-2X可以写成M052X嘛
A:
no context, no answer
Q:
高斯09
A:
RTFM
Q:
高斯09计算溶剂效应，M05-2X可以写成M052X嘛
A:
Sobereva(190258442) 10:12:38
RTFM
Sobereva(190258442) 10:12:38
RTFM
Sobereva(190258442) 10:12:38
RTFM
----------------------------------------------------
2016.08.12 18:13:24
Q:
请问，计算激发态时不加freq，算完后再加freq，这样的比直接把freq加上的能够节省多长时间呀
A:
基本没差异
Q:
我直接加了freq，算了半个月，还没算到一半
/难过
A:
没解析Hessian的后果
----------------------------------------------------
2016.08.12 18:18:12
Q:
四极矩单位是什么？也是debye吗？
A:
偶极矩单位*坐标单位
具体哪种单位任选
Q:
这个“坐标单位”是指距离单位，还是三维空间坐标？一维的还是三维的？
A:
这跟坐标单位又没关系
常用的就是Bohr、埃
比如可以是 Debye*埃
----------------------------------------------------
2016.08.12 19:03:12
Q:
各位老师，我想算二价Cu、Mo离子的能量，但是总是不收敛，这是为啥呀，难道单个的离子还需要几何优化吗？
%chk=D:\Gaussian\CYS\Mo.chk
Default route: MaxDisk=2000MB
-----------------------------------------------------------------
# ub3lyp/LANL2DZ nosymm pop=full geom=connectivity pseudo=read sp
-----------------------------------------------------------------
1/38=1,57=2/1;
2/12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=6,6=3,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,74=-5,116=2/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=3,28=1/1;
99/5=1,9=1/99;
----
5862
----
Symbolic Z-matrix:
Charge = 2 Multiplicity = 1
Mo 1.63417 -0.40151 0.05362
Input orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center Atomic
Atomic Coordinates (Angstroms)
Number Number Type X Y Z
---------------------------------------------------------------------
1 42 0 1.634170 -0.401506 0.053623
---------------------------------------------------------------------
Symmetry turned off by external request.
Stoichiometry Mo(2+)
Framework group OH[O(Mo)]
Deg. of freedom 0
Full point group OH NOp 48
Standard basis: LANL2DZ (5D, 7F)
======================================================================================================
Pseudopotential Parameter
%chk=D:\Gaussian\CYS\Mo.chk
Default route: MaxDisk=2000MB
-----------------------------------------------------------------
# ub3lyp/LANL2DZ nosymm pop=full geom=connectivity pseudo=read sp
-----------------------------------------------------------------
1/38=1,57=2/1;
2/12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=6,6=3,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,74=-5,116=2/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=3,28=1/1;
99/5=1,9=1/99;
----
5862
----
Symbolic Z-matrix:
Charge = 2 Multiplicity = 1
Mo 1.63417 -0.40151 0.05362
Input orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms)
Number Number Type X Y Z
---------------------------------------------------------------------
1 42 0 1.634170 -0.401506 0.053623
---------------------------------------------------------------------
Symmetry turned off by external request.
Stoichiometry Mo(2+)
Framework group OH[O(Mo)]
Deg. of freedom 0
Full point group OH NOp 48
Standard basis: LANL2DZ (5D, 7F)
======================================================================================================
Pseudopotential Parameters
======================================================================================================
Center Atomic Valence Angular Power
Number Number Electrons Momentum of R Exponent Coefficient SO-Coeffient
======================================================================================================
1 42
No pseudopotential on this center.
======================================================================================================
Integral buffers will be 262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
22 basis functions, 49 primitive gaussians, 24 cartesian basis functions
20 alpha electrons 20 beta electrons
nuclear repulsion energy 0.0000000000 Hartrees.
NAtoms= 1 NActive= 1 NUniq= 1 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 50 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt: NShTT= 36 NPrTT= 166 LenC2= 37 LenP2D= 166.
LDataN: DoStor=T MaxTD1= 4 Len= 56
NBasis= 22 RedAO= T NBF= 22
NBsUse= 22 1.00D-06 NBFU= 22
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
Harris functional with IExCor= 402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 2.47D-02 ExpMax= 4.89D+00 ExpMxC= 4.89D+00 IAcc=3 IRadAn= 0 AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 0 IDoV= 1
ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 0
NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
Omega= 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 ICntrl= 500 IOpCl= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
I1Cent= 4 NGrid= 0.
Symmetry not used in FoFCou.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Keep R1 and R2 ints in memory in canonical form, NReq=983067.
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB3LYP) = -603.378501599 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.1136D-05 -V/T = 13.3913
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.0000, after 0.0000
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l502.exe at Thu Aug 11 11:23:21 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 13.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
s
======================================================================================================
Center Atomic Valence Angular Power
Number Number Electrons Momentum of R Exponent Coefficient SO-Coeffient
======================================================================================================
1 42
No pseudopotential on this center.
======================================================================================================
Integral buffers will be 262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
22 basi
s functions, 49 primitive gaussians, 24 cartesian basis functions
20 alpha electrons 20 beta electrons
nuclear repulsion energy 0.0000000000 Hartrees.
NAtoms= 1 NActive= 1 NUniq= 1 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 50 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt: NShTT= 36 NPrTT= 166 LenC2= 37 LenP2D= 166.
LDataN: DoStor=T MaxTD1= 4 Len= 56
NBasis= 22 RedAO= T NBF= 22
NBsUse= 22 1.00D-06 NBFU= 22
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
Harris functional with IExCor= 402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 2.47D-02 ExpMax= 4.89D+00 ExpMxC=
4.89D+00 IAcc=3 IRadAn= 0 AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 0 IDoV= 1
ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 0
NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
Omega= 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 ICntrl= 500 IOpCl= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
I1Cent= 4 NGrid= 0.
Symmetry not used in FoFCou.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
Reques
ted convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Keep R1 and R2 ints in memory in canonical form, NReq=983067.
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB3LYP) = -603.378501599 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.1136D-05 -V/T = 13.3913
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.0000, after 0.0000
Con
vergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l502.exe at Thu Aug 11 11:23:21 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 13.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
这是输出信息，谢谢啦！
A:
# b3lyp/LANL2DZ
其它都甭写
Q:
但是我要算电荷转移，看您教程上说要加上nosymm pop=full，还有就是不需要加赝势吗？ @Sobereva
A:
什么教程？
从来没写必须用pop=full
直接写lanl2dz直接就用了lanl2dz赝势基组和赝势。你再写pseudo=read后面却不定义赝势反倒没了赝势
Q:
就是软件的手册@Sobereva
A:
手册有近100个例子，哪个？
若是CDA的话直接用fch文件就完了，省事
Q:
[图片]
我要算这个
A:
那些什么pop=full，手册里绝对没写
Q:
[图片]
[图片]
A:
所以，没让你写pop=full！！！
Q:
好的，谢谢！
%chk=D:\Gaussian\CYS\Mo.chk
Default route: MaxDisk=2000MB
-------------------------------
# ub3lyp/LANL2DZ nosymm out=wfn
-------------------------------
1/38=1/1;
2/12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=6,6=3,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5,116=2/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,6=100,9=1/99;
----
5862
----
Symbolic Z-matrix:
Charge = 2 Multiplicity = 1
Mo 1.63417 -0.40151 0.05362
Input orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms)
Number Number Type X
Y Z
---------------------------------------------------------------------
1 42 0 1.634170 -0.401506 0.053623
---------------------------------------------------------------------
Symmetry turned off by external request.
Stoichiometry Mo(2+)
Framework group OH[O(Mo)]
Deg. of freedom 0
Full point group OH NOp 48
Standard basis: LANL2DZ (5D, 7F)
Integral buffers will be 262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
22 basis functions, 49 primitive gaussians, 24 cartesian basis functions
6 alpha electrons 6 beta electrons
%chk=D:\Gaussian\CYS\Mo.chk
Default route: MaxDisk=2000MB
-------------------------------
# ub3lyp/LANL2DZ nosymm out=wfn
-------------------------------
1/38=1/1;
2/12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=6,6=3,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5,116=2/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,6=100,9=1/99;
----
5862
----
Symbolic Z-matrix:
Charge = 2 Multiplicity = 1
Mo 1.63417 -0.40151 0.05362
Input orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms)
Number Number Type X Y Z
---------------------------------------------------------------------
1 42 0 1.634170 -0.401506 0.053623
---------------------------------------------------------------------
Symmetry turned off by external request.
Stoichiometry Mo(2+)
Framework group OH[O(Mo)]
Deg. of freedom 0
Full point group OH NOp 48
Standard basis: LANL2DZ (5D, 7F)
Integral buffers will be 262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
22 basis functions, 49 primitive gaussians, 24 cartesian basis functions
6 alpha electrons 6 beta electrons
nuclear repulsion energy 0.0000000000 Hartrees.
NAtoms= 1 NActive= 1 NUniq= 1 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 50 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt: NShTT= 36 NPrTT= 166 LenC2= 37 LenP2D= 166.
LDataN: DoStor=T MaxTD1= 5 Len= 102
NBasis= 22 RedAO= T NBF= 22
NBsUse= 22 1.00D-06 NBFU= 22
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
Harris functional with IExCor= 402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 2.47D-02 ExpMax= 4.89D+00 ExpMxC= 4.89D+00 IAcc=3 IRadAn= 0 AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 0 IDoV= 1
ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 0
NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
Omega= 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 ICntrl= 500 IOpCl= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
I1Cent= 4 NGrid= 0.
Symmetry not used in FoFCou.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Keep R1 and R2 ints in memory in canonical form, NReq=983067.
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB3LYP) = -66.4584197699 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.3844D-06 -V/T = 4.0615
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.0000, after 0.0000
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l502.exe at Thu Aug 11 21:19:19 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 13.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
nuclear repulsion energy 0.0000000000 Hartrees.
NAtoms= 1 NActive= 1 NUniq= 1 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 50 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt: NShTT= 36 NPrTT= 166 LenC2= 37 LenP2D= 166.
LDataN: DoStor=T MaxTD1= 5 Len= 102
NBasis= 22 RedAO= T NBF= 22
NBsUse= 22 1.00D-06 NBFU= 22
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
Harris functional with IExCor= 402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 2.47D-02 ExpMax= 4.89D+00 ExpMxC= 4.89D+00 IAcc=3 IRadAn= 0 AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 0 IDoV= 1
ScaDFX
= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 0
NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
Omega= 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 ICntrl= 500 IOpCl= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
I1Cent= 4 NGrid= 0.
Symmetry not used in FoFCou.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Re
quested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Keep R1 and R2 ints in memory in canonical form, NReq=983067.
Defaulting to unpruned grid for atomic number 42.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB3LYP) = -66.4584197699 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.3844D-06 -V/T = 4.0615
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.0000, after 0.0000
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l502.exe at Thu Aug 11 21:19:19 2016.
Job cpu t
ime: 0 days 0 hours 0 minutes 13.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
按照您说的，怎么还是不收敛呀？
A:
我又没保证能收敛
解决问题的第一步是去掉关键词一切不合理的地方
Q:
就是一个单纯的金属离子，怎么这么难收敛呀？
A:
自旋多重度设5，立马就收敛了
Q:
这种情况该怎么解决呢？
A:
含过渡金属体系难收敛很多情况都是自旋多重度设得不合理
[图片]
Q:
老师我问个基础问题，如果Mo离子的自旋设为5，那么Mo离子与有机物生成的化合物的自旋度为几呀？[图片]
A:
1，3，5都算算，看哪种能量最低
估计还是5最低
Q:
也就是说生成的化合物的自旋度也是按金属离子的自旋度算，对吧？
A:
弱场配体是这样
Q:
老师，我又碰到一个问题了，按照你的方法计算收敛是没问题了，但是为啥计算成功后没有生成wfn文件呢？
%chk=D:\Gaussian\CYS\Mo.chk
#p ub3lyp/LANL2DZ nosymm out=wfn
5862
2 5
Mo 1.63417000 -0.40150600 0.05362300
1
D:\Gaussian\CYS\Mo.wfn
我觉得没啥问题，但是突然就不能输出了，也不知道是哪里除了问题
%chk=D:\Gaussian\CYS\CYSMo.chk
#p ub3lyp/gen nosymm out=wfn
5862
1 5
S 0.80036600 1.62324500 -0.22402100
O -2.38752800 -1.76554600 0.00313400
O -0.22011600 -1.33941700 -0.06465900
N -3.18998900 0.72233700 0.17159400
C -1.82816500 0.53378100 -0.29062500
C -0.92526300 1.55425400 0.44176700
C -1.40069000 -0.91138800 -0.08034000
H -1.67522600 0.67461700 -1.38218000
H -1.35260700 2.55100700 0.29995400
H -0.89979100 1.35083000 1.51539700
H -3.83464800 0.05971800 -0.24856800
H -3.51309700 1.65734300 -0.05765600
H -2.04983400 -2.67868700 0.07143300
Mo 1.63417000 -0.40150600 0.05362300
C H O N S 0
6-31g(d,p)
****
Mo 0
LANL2DZ
****
Mo 0
LANL2DZ
D:\Gaussian\CYS\CYSMo.wfn
这是另一个输入文件
[图片]
这是输出
是呀，但是我输入文件里有问题吗？
计算完文件夹里也没有Mo 0这个文件
A:
你用了赝势却不写genecp
Q:
genecp是什么东东？刚才Soberva不让我加任何东西
A:
[图片]
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
我让你不加多余的东西，用赝势时genecp哪能不写
你的目的就是做个密度差图，直接用.fch文件就完了
----------------------------------------------------
2016.08.12 19:06:00
Q:
有机离子体系的溶解自由能怎么计算？用M06/6-31G* SMD 计算出来误差较大啊
A:
用M05-2X
结果还不好也没其它办法，隐式溶剂模型对离子体系误差就是大
----------------------------------------------------
2016.08.12 19:49:34
Q:
老师你好，我也问一个关于自旋度的问题：一个苯衍生物失去一电子带+1电荷，自旋度设2；我取两个这样的阳离子化合，体系电荷和自旋度设2和3，算了TS+IRC后，得到产物是两苯碳碳结合，脱出一个氢分子，请问要做优化的话自旋度还是3吗？谢谢
A:
1
算TS、IRC的时候就应该考虑用对称破缺算单重态
Q:
所以最后得到预设的产物后，就可以按产物的结构形态去重设自旋度吗？
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.08.13 16:45:26
Q:
各位大牛，我已知HS态，如何构造出BS态，我看到有一篇文献说是将HS态的α和β自旋电子密度进行交换，然后再自洽场运算直至收敛。
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
----------------------------------------------------
2016.08.13 18:47:57
Q:
多参考特征强的CCSD(T)不会break down？
A:
静态相关不太强的还是没问题的，本身这个级别耦合簇能在一定程度上搞定一点静态相关
----------------------------------------------------
2016.08.13 18:53:22
Q:
再请问一下各位老师，一般什么体系需要做T1诊断呢[表情]
A:
要考察静态相关强弱的小体系需要
----------------------------------------------------
2016.08.13 21:59:01
Q:
老师，def2TZVP基组加弥散函数def2TZVPD高斯怎么识别不了？
A:
写关键词不要脱离手册，肆意妄为、异想天开
自己到EMSL拷定义
----------------------------------------------------
2016.08.13 22:00:26
Q:
Multiwfn和高斯的cubegen功能类似的选项是在主功能下的那个选项？
A:
peace 主功能5
----------------------------------------------------
2016.08.13 23:32:55
Q:
高斯提交任务时出现如下错误提示怎么办？PGFIO/stdio: Input/output error
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 5.
File name = /home/scr/Gau-3849.inp
In source file ml0.f, at line number 182
高斯提交任务时出现PGFIO/stdio: Input/output error
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 5.
File name = /home/zz/scr/Gau-3849.inp
In source file ml0.f, at line number 182的错误提示，但是Gau-3849.inp文件删不去。。。求助！！！
高斯提交任务时出现PGFIO/stdio: Input/output error
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 5.
File name = /home/zz/scr/Gau-3849.inp
In source file ml0.f, at line number 182的错误提示，但是Gau-3849.inp文件删不去。。。求助/流泪
高斯提交任务时出现PGFIO/stdio: Input/output error
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 5.
File name = /home/zz/scr/Gau-3849.inp
In source file ml0.f, at line number 182的错误提示，但是Gau-3849.inp文件删不去。。。求助[表情]
A:
字号不许超过12号，看群共享里群规
确认存scratch文件的目录确实存在、有读写权限，否则临时文件无法产生
----------------------------------------------------
2016.08.13 23:33:02
Q:
请教一个问题，在gromacs中能否将碳管约束成刚性的，通过施加加速度使其做整体的平动，而不发生变形！@Sobereva
A:
约束应该够呛，还是加大点二面角力常数来维持刚性吧
----------------------------------------------------
2016.08.14 16:16:43
Q:
群里的伙伴，有没有知道高斯官方网址，买这个软件大概需要多少钱？
A:
[图片]
Q:
4800多美金吧
有免费的吧
A:
没免费的
那叫盗版，不叫免费
----------------------------------------------------
2016.08.14 16:20:24
Q:
请问，大家一个问题
欧
A:
提问的规矩看群共享里群规
Q:
在哪里呢
A:
不都说了
群共享不知道？
Q:
看到了
A:
改小字号
问问题时一次性交代清楚
Q:
好的
高斯09软件计算激发态的几何优化时，我是分俩步计算 1.先计算opt 2.再加freq，计算2步时，log作为gjf后在表头上直接加上freq吗？[图片]
还是需要删除这个[图片]，只留下freq
求各位指教
A:
优化完，gview打开，保存成新gjf，关键词改成你第一个截图，把opt删掉就完了
----------------------------------------------------
2016.08.14 16:40:31
Q:
请问，优化完再接着计算核磁时，可以不用加色散校正，是吗？
A:
是
Q:
谢谢老师
[图片]
就是这样的，是吧？老师
A:
干嘛非写个CPCM
=giao完全多余
99%的高斯用户写CPCM时都对CPCM的特征几乎一无所知
Q:
开始用的时候，是参考文献的，老师
A:
更不知道对中性体系CPCM在高斯09里都是错的
甭看那些破文献
尽信书不如无书
Q:
意思是直接default即可
A:
y
----------------------------------------------------
2016.08.14 16:42:39
Q:
老师们打扰了，请问计算那种有官能团化合物优化和算频率用那种方法和基组比较好呢？？
A:
B3LYP/6-31G*
考虑频率校正因子
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2016.08.14 16:47:05
Q:
老师，还有什么是错误的呢？
A:
def2tzvp拼错了
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2016.08.14 16:50:38
Q:
sob老师，读取.xyz轨迹的软件，除了VMD，还有哪些
A:
不知道，即便有也没VMD好用
PS: Multiwfn能读取xyz轨迹但目的是做aRDG弱相互作用分析
Q:
多谢sob老师
我用了vmd，确实强大
但是不显示每一帧的文件名
A:
什么叫每一帧的文件名？不就一个文件
Q:
就是原子数和坐标之间的，备注
比如，写个脚本，提取了所有log的坐标，做成了.xyz文件，log名已写入备注。如果有个能显示备注的软件，会很方便的
A:
如果是让每一帧备注直接显示在图形窗口上，切换帧的时候自动切换，可以把备注单独放到一个文件里，然后自己写个VMD的tcl脚本载入每一帧的备注，切换帧的时候自动把相应的数组元素显示到屏幕上。可参考
使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13
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2016.08.14 17:00:41
Q:
非限制性方法计算的代码是什么？/发呆，问得比较low，查不到/流泪
A:
UHF计算公式在szabo的modern quantum chemistry里就有，很简单
自己若写了RHF的代码改成UHF只需要几分钟
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2016.08.14 17:17:37
Q:
我想问下M062X
跟b3lyp的差异
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2016.08.14 17:19:33
Q:
,CPCM是基于COSMO的改进吧，简化了柏松方程，不是说对极性溶剂（>50）精度很好吗？而且计算速度快，是Gaussian程序编写的问题嘛？如果有问题，这个就不能用在COSMOtherm上面吧
另外，老师还有个问题，SMD是基于6-31G*基组参数化的，但是如果优化过渡态，这个基组有点小，如果改用其它基组是否有问题呢？我注意到Gaussian Help中说 SMD是Do an IEFPCM calculation with radii and non-electrostatic terms for Truhlar and coworkers’ SMD ，是否意味着极性部分其实和IEFPCM是一样的，只是非极性进行了修正？另外，IEFPCM是Gaussian的默认模型，SMD是推荐计算溶剂化的模型，如果优化采用一个大基组结合IEFPCM，计算单点能用6-31G*结合SMD,总觉得怪怪的。。。
A:
CPCM算不上是COSMO的改进，只不过是高斯的人把COSMO实现到高斯里才这么叫
CPCM的精度绝对不可能好于默认的IEFPCM第二版，速度也就快一丁点，根本不值得用。更何况高斯还有精度更好的SMD。
g09里的CPCM把导体条件校正回电介质用的刻度因子根本就是错的，应该用0.5，高斯却设成了0，这只对离子体系才适用。
优化时候用什么基组都行，算溶解自由能时候必须6-31G*
SMD极性部分本来就是IEFPCM第二版，只不过名确定了非极性部分
优化时候用什么基组都行，算溶解自由能时候必须6-31G*
SMD极性部分本来就是IEFPCM第二版，只不过明确定义了很好的非极性部分
COSMO、CPCM，只要刻度因子用对了，结果比IEFPCM也差不了多少，很接近。我主要反感的是，很多人“非得”用CPCM
此文专门说了这事
J. Chem. Theory Comput., 2015, 11 (9), pp 4220–4225
Q:
0..这个0.5我看文献也是这么说的...不知道Gaussian居然写的是0...这个刻度值在什么地方查看呢；另外，算溶液中比如过渡态与反应物的自由能差值是否一定要用SMD模型，因为我看很多文献中将这一值表示为气象自由能差值+溶解能差值，@Sobereva
A:
溶解自由能用当用SMD计算，比其它几乎所有现有的隐式溶剂模型都要准
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2016.08.14 17:25:17
Q:
R2D2撤回了一条消息
A:
我都是直接到期刊的网站上选择用电子邮件通知方式来订阅
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2016.08.14 18:02:15
Q:
/抱拳请问大家：Fe能不能用def2-TZVPP？在 EMSL上，没有相应的赝势定义
A:
高斯里直接写def2TZVP就完了
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2016.08.14 19:45:17
Q:
Sob老师好请问Multiwfn.exe可以将IR图倒过来显示吗？[图片]像实验图谱这样，谢谢
？？直接导出来的是离散的数据
A:
选4 Set left Y-axis，然后让下限值比上限大就完了，比如输入3000,0,300
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