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标题: 关于模拟烷烃的力场选择问题 [打印本页]

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Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-7 16:20
标题: 关于模拟烷烃的力场选择问题
各位老师，想研究烷烃体系、烷烃-聚合物体系和烷烃-纳米粒子界面的一些性质，探究聚合物及纳米粒子对烷烃的影响，选择哪个力场会比较准确呢。
看了一些文献，大多用opls-aa力场，有少部分用gromos力场，用gaff力场的几乎没有。
建立gaff和opls-aa力场下的分子拓扑文件分别可以用sobtop和autoff工具，很方便；建立gromos力场下的分子拓扑文件，用atb很有局限性，没有一些长链烷烃的数据，也不能根据自己构建的分子去生成拓扑文件。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-9-7 16:57
纯烷烃聚合物，其实用TraPPE-UA很合适，计算量也小。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-9-7 17:00
另外就是L-OPLS这个OPLS-AA的力场补丁也专门针对长烷烃链做了修正。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-7 17:21

slxc920113 发表于 2023-9-7 17:00
另外就是L-OPLS这个OPLS-AA的力场补丁也专门针对长烷烃链做了修正。

不是纯烷烃，主要是研究烷烃和其他聚合物、纳米颗粒的一些吸附现象。这样的话用lopls力场应该是最好的吧

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-7 18:17

slxc920113 发表于 2023-9-7 17:00
另外就是L-OPLS这个OPLS-AA的力场补丁也专门针对长烷烃链做了修正。

老师，L-OPLS力场的原始文献应该是这个吧Siu SWI, Pluhackova K, Böckmann RA. Optimization of the OPLS-AA Force Field for Long Hydrocarbons. Journal of Chemical Theory and Computation 2012;8(4):1459-70.

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-7 23:36
用sobtop基于GAFF2构建不会有什么问题

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-8 09:03

sobereva 发表于 2023-9-7 23:36
用sobtop基于GAFF2构建不会有什么问题

收到，之前用gaff有些性质差的比较远，所以问问别的力场

作者
Author: adong 时间: 2023-9-8 09:59

sobereva 发表于 2023-9-7 23:36
用sobtop基于GAFF2构建不会有什么问题

sob老师，现在sobtop默认产生的力场是基于GAFF的还是GAFF2的？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-8 14:34

adong 发表于 2023-9-8 09:59
sob老师，现在sobtop默认产生的力场是基于GAFF的还是GAFF2的？

想用GAFF2就自行把ambertools里的gaff2.dat里的参数拷到bonded_param.dat和LJ_param.dat就完了

作者
Author: davi 时间: 2024-2-28 19:50
想问一下大家，对于烷基环烷烃这类用TraPPE-UA力场合适嘛，在TraPPE-UA上没找到适合这类型的

作者
Author: davi 时间: 2024-2-29 21:57
再问个问题，oplsaa力场对于烷基环烷烃和烷烃的参数难道是一样的嘛，我看文献并没有单独强调环烷烃参数

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