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标题: lammps复现PC热解运行报错--求帮助 [打印本页]

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Author: evenn 时间: 2023-9-8 09:39
标题: lammps复现PC热解运行报错--求帮助
大家好，我最近在根据文章复现PC热解，原文章使用ADF，我用MS+LAMMPS。文章先给单链建了周期性立方盒子，用NPT系综优化了10ps，由于在MS中我没法建立出和文章一样大小的AC盒子，只能修改x,y的大小或者修改z的大小，没法同时改变三个参数值，于是我从MS直接导出了单链模型，然后在vmd中建立了周期性立方盒子，最终导出了lammps所需的data文件。
文章先对有周期性盒子的单链在NPT系综下进行了10ps的优化，再在NVT系综下（2800K温度下）运行了70ps。
起初我写了一个总的in文件，先在npt系综下跑10w步，再在nvt系综下跑70w步，但是跑完10w步之后就出现如下报错：
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

接着我修改了一下in文件，打算分两次进行模拟，先在npt系综下运行10w步，然后输出data文件，再用得到的data文件用nvt系综运行，报错情况依旧和之前一样，如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

我的in文件里面也没有这个命令，不知道为什么会出现这个报错情况，以下是npt系综用到的in文件和data文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 13) (, 下载次数 Times of downloads: 7)
下列是nvt系综用到的in文件，势函数文件，控制文件和data文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 6) (, 下载次数 Times of downloads: 10) (, 下载次数 Times of downloads: 6) (, 下载次数 Times of downloads: 6)
请各位大佬帮我看看是哪里的问题，需要如何修改，谢谢大家~

作者
Author: wildon 时间: 2023-9-8 22:18
用的是ReaxFF吗，如果是的话有更简单的建模方法，MS-VESTA-OVITO，即可导出需要的data文件

作者
Author: lmch 时间: 2023-9-9 00:07
简单测跑了一下，至in.PC 10000步，你这里的错误没有发现，推测是之前的缓存没保存覆写导致的。
不过dump那里atom会报错，改成custom就好了

你这很奇怪的地方是，你用24c 并行，结果log显示18c并行，你有多少物理核心？

AC建模，不必追求一模一样的盒子，聚合物就这样，尺寸近似跑NPT或者限制方向的NPT就好了

作者
Author: evenn 时间: 2023-9-10 09:13

wildon 发表于 2023-9-8 22:18
用的是ReaxFF吗，如果是的话有更简单的建模方法，MS-VESTA-OVITO，即可导出需要的data文件

谢谢回答！是的，是用的ReaxFF，之前有试过vesta，不知道如何给模型加盒子，加之之前知道可以用vmd查看盒子，就直接MS－VMD导出data文件了。在这里还有个小小的疑问，在vmd可以直接加完盒子然后导出charge类型的data文件，但我看之前有教程还用到vesta打开MS导出的cif文件，再保存为xyz文件，再用vmd打开xyz文件，设置盒子，再转换成data文件呢？难道直接用vmd打开MS的文件会有不准确的地方吗？

（我对这几个软件了解都不太多．．只有转换data文件的时候用一下子，可能理解有许多不足）

作者
Author: wildon 时间: 2023-9-10 09:55

evenn 发表于 2023-9-10 09:13
谢谢回答！是的，是用的ReaxFF，之前有试过vesta，不知道如何给模型加盒子，加之之前知道可以用vmd查看盒 ...

加盒子可以用packmol试试

作者
Author: evenn 时间: 2023-9-10 10:11

lmch 发表于 2023-9-9 00:07
简单测跑了一下，至in.PC 10000步，你这里的错误没有发现，推测是之前的缓存没保存覆写导致的。
不过dump ...

谢谢回答。
我是in.PC运行即报错，之前缓存没保存覆写这个要怎么说呢？我这里in.PCN和in.PC不在同一个文件夹，in.PC只用到了运行in.PCN得到的PC.data文件，我在in.PC文件夹放的也只有in文件，势函数文件，控制文件和data文件，这样会产生什么缓存呢？
dump atom和custom我都试过，报错结果都一样的..
我在在帖子中可能没讲清楚，这是两次运行，第一张图显示18核，是一开始我把in.PCN和in.PC写在一起写了一个in文件然后运行的，结果就是只跑了前面的10w步，后面的70w步还没开始就显示报错了；于是我分成两个in文件in.PCN和in.PC，放在两个文件夹，然后in.PCN的10w步成功运行结束之后写出的data文件，放在in.PC文件夹了，用24核运行的，70w步依旧是刚运行就报错；
那我试试AC盒子直接在MS里面优化；
会不会是fix命令有问题呢？？

作者
Author: lmch 时间: 2023-9-11 21:39
你并没有提供in.PCN 这个文件

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