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标题: ORCA计算SOC时出现error termination in SCF，但是SCF已经收敛 [打印本页]

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2023-9-8 10:22
标题: ORCA计算SOC时出现error termination in SCF，但是SCF已经收敛
本帖最后由 zhangwei2713 于 2023-9-8 10:36 编辑

向各位前辈老师求教，我在计算一个金纳米团簇的SOC。输入文件和输出文件已经附上。
输入文件相关内容为：
! B3LYP/G 6-311g(d,p) sloppySCF noautostart miniprint nopop VerySlowConv
%maxcore 35000
%pal nprocs 10 end
%tddft
nroots 50
dosoc true
tda false
printlevel 3
end
%scf
TolE 1e-5
end
%scf
MaxIter 200
end
%basis
NewGTO Au "LANL2DZ" end
NewECP AU "HayWadt" end
DelECP Au
end
* xyz 0 1
*****（坐标）
*

其中输出文件中，SOC已经收敛成功，报错内容为：
Number of orbitals to swap in and swap out does not match (103, 103, 111)
SKIPPING Reordering!

ORCA finished by error termination in SCF。

因为前后已经试了差不多快一个月了，实在是没辙了，从我的输入文件各个限制条件也可以看出来.....烦请各位不吝赐教，感谢！

作者
Author: niobium 时间: 2023-9-8 15:59
你为什么把Au的赝势又删掉了？几个建议：金团簇用TPSSh泛函；关掉TRAH；加上levelshift；需要算50个态吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-9-9 01:23
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-9-14 12:17 编辑

无需sloppySCF VerySlowConv TolE 1e-5 MaxIter 200，无需试一个月，一次计算即成、两三个小时即可。目前问题出在SCF计算上，我们从Gaussian向ORCA传轨道即可，写一个gjf文件

%mem=48GB
%nprocshared=24
%chk=Au-soc.chk
#p B3LYP genecp nosymm int=nobasistransform scf(xqc,maxcycle=128)
title
0 1
[坐标]
H C S 0
6-311G(d,p)
****
Au 0
LANL2DZ
****
Au 0
LANL2

复制代码

交给高斯，约1h算完。执行以下两行命令

fch2mkl Au-soc.chk
orca_2mkl Au-soc_o -gbw

复制代码

第一行生成ORCA输入文件Au-soc_o.inp和波函数文件Au-soc_o.mkl，第二行将mkl文件转化为gbw文件。在Au-soc_o.inp里改一下关键词（我们要做的是B3LYP计算）
! RKS B3LYP/G TightSCF noTRAH RIJCOSX defgrid3 def2/J
可以在输出文件里看出SCF是正常的，并极速收敛（只需7圈）。当然你还可以加激发态的关键词。注意输入文件中已写好混合基组的数据，连你去自定义基组也省了。

当你学会了这些之后，可以换用更好的基组，比如一开始就给Au用LANL2TZ(f)，LANL2DZ太粗糙了，本文传轨道步骤同样适用。

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2023-9-9 11:12

niobium 发表于 2023-9-8 15:59
你为什么把Au的赝势又删掉了？几个建议：金团簇用TPSSh泛函；关掉TRAH；加上levelshift；需要算50个态吗？

不加上delecp就会报错。我看之前帖子中有人建议删掉赝势然后再自己加赝势。那个“haywadt”就是我在orca手册查到了。nroot 设大一点也是之前一直报错，我看有的帖子sob老师建议的设大一点nroot。
我按照您的建议我再尝试一下，把参数修改一下试试，先谢谢了！

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2023-9-9 11:14

zjxitcc 发表于 2023-9-9 01:23
无需sloppySCF VerySlowConv TolE 1e-5 MaxIter 200，无需试一个月，一次计算即成、两三个小时即可。目前问 ...

您这个是要在产生chk文件的基础上再做后续的吗？我的高斯计算是在超算做的，orca是在自己的服务器上做的。那我按照您的建议试一下，全部在自己的服务器上面来一遍看看。
感谢指导！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-9-9 14:07
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-9-11 10:00 编辑

zhangwei2713 发表于 2023-9-9 11:14
您这个是要在产生chk文件的基础上再做后续的吗？我的高斯计算是在超算做的，orca是在自己的服务器上做的 ...

超算、自己服务器都无所谓。你可以在超算上把chk文件转化为fch文件formchk Au-soc.chk Au-soc.fch

然后到自己服务器上运行fch2mkl Au-soc.fch

当然如果你一开始就没保存chk或fch文件，那就只能重算一遍高斯了。

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2023-9-11 09:26

zjxitcc 发表于 2023-9-9 14:07
超算、自己服务器都无所谓。你可以在超算上把chk文件转化为fch文件
formchk Au-soc.chk Au-soc.fch

请问一下您上面的两行代码
fch2mkl Au-soc.chk
orca_2mkl Au-soc -gbw
输出得到的gbw文件就保留在服务器中，然后修改相应的inp文件，计算就可以直接调用了吗？我转回chk后发现数据丢失的比较多，所以我准备重新算一下并得到chk文件，再按照您说的来一遍。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-9-11 09:58

zhangwei2713 发表于 2023-9-11 09:26
请问一下您上面的两行代码
fch2mkl Au-soc.chk
orca_2mkl Au-soc -gbw

这里详细讲一下
（1）formchk Au-soc.chk Au-soc.fch
调用Gaussian自带的formchk小程序将chk转化为fch。这一步要在你产生chk文件的计算平台/机器上操作。

（2）fch2mkl Au-soc.fch
会产生Au-soc_o.inp和Au-soc_o.mkl文件，如果没有产生，说明用户操作有误。注意文件名多了一个_o，仅仅是方便阅读和辨认出这是ORCA输入文件。这一步可以在任何平台下操作（只要你把fch文件发送到相应平台下）。若直接运行fch2mkl Au-soc.chk，等价于（1）+（2）两步。若已有fch文件，没必要倒退一步（指将fch文件转回chk文件），本来要用的就是fch文件。

（3）orca_2mkl Au-soc_o -gbw
会将Au-soc_o.mkl文件转化为Au-soc_o.gbw文件，如果没有产生，说明用户操作有误。这一步可以在任何平台下操作（只要你把mkl文件发送到相应平台下）。Au-soc_o.inp计算时检测到Au-soc_o.gbw文件已存在，就会读取里面的波函数，达到极速收敛效果。

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2023-9-13 17:38

zjxitcc 发表于 2023-9-11 09:58
这里详细讲一下
（1）formchk Au-soc.chk Au-soc.fch
调用Gaussian自带的formchk小程序将chk转化为fch ...

不好意思又麻烦您了。
我在服务器上重新做了计算得到了相应的chk/fch文件。但是您说的fch2mkl代码在服务器上无法识别，您说的“这一步可以在任何平台下操作”貌似不行。
我看了一下您其他的贴子，这个代码是要在mokit小程序上面才能使用是吗？如果是的话我还要花时间去研究一下mokit

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-9-13 17:57
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-9-13 17:59 编辑

zhangwei2713 发表于 2023-9-13 17:38
不好意思又麻烦您了。
我在服务器上重新做了计算得到了相应的chk/fch文件。但是您说的fch2mkl代码在服务 ...

fch2mkl是免费、开源MOKIT程序里的一个小程序。你只想用fch2mkl，不需要花时间研究，我在3L说了“一次计算即成、两三个小时”，那就真的是这样。直接下载预编译版，写好环境变量即可使用，见https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... want-frag_guess_wfn

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2023-9-15 22:06

zjxitcc 发表于 2023-9-13 17:57
fch2mkl是免费、开源MOKIT程序里的一个小程序。你只想用fch2mkl，不需要花时间研究，我在3L说了“一次计 ...

不好意思，又要向您请教了。
我按照您写(https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... 5.html#4524-fch2mkl)的，已经做好了python，numpy，gcc的设置，版本与您表格中要求是一致的。

但是貌似是我设置环境变量一直没对，显示的是“bash: fch2mkl: 未找到命令...”。试了好多次，没有找出原因（只需要用fch2mkl这类命令，因此没有下载gamess软件）。

我写的环境变量如下：
export MOKIT_ROOT=$HOME/root/mokit
export PATH=$MOKIT_ROOT/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$MOKIT_ROOT:$PYTHONPATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MOKIT_ROOT/mokit/lib:$LD_LIBRARY_PATH

劳烦您能不能给我指出这地方易错点在哪里？再次感谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-9-15 22:26
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-9-15 22:28 编辑

zhangwei2713 发表于 2023-9-15 22:06
不好意思，又要向您请教了。
我按照您写(https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/chap4-5.html#452 ...

不需要python，numpy，gcc的设置，不需要安装GAMESS，不需要设置PYTHONPATH。我说了“一次计算即成、两三个小时即可”，那就真的是这样。我在10L里早已给出了链接——如果只想用fch2mkl小程序的最简便方法。

“bash: fch2mkl: 未找到命令...”这是基本Linux常识问题。只能进行入门教学：你写的这个$HOME/root/mokit路径它是真实存在的么？不能凭感觉随便写。

如何检验存在：运行ls $HOME/root/mokit，如果报错No such file or directory，说明不存在。你把mokit放在哪里，就要写上真实、对应的路径。

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