计算化学公社

标题: 公社群聊Q&A整理：2016.08.14 21 ~ 2016.08.19 23 Concate.txt [打印本页]
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Author: liyuanhe211    时间: 2016-8-28 21:32
标题: 公社群聊Q&A整理：2016.08.14 21 ~ 2016.08.19 23 Concate.txt



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  1. 2016.08.14 20:33:44
  2. Q:
  3.     请教一下，两个分子相距较远时，其吸引作用都是色散力主导的吧？

  5. A:
  6.     不是。色散作用衰减速度比比如偶极-偶极作用更快

  8. ----------------------------------------------------
  9. 2016.08.14 20:40:58
  10. Q:
  11.     感觉mp3的存在感很低，这是为什么

  13. A:
  14.     MP3耗时比MP2高，性能比MP2提升也不多，而且有时候结果还更差。除了用MP2.5的时候，基本上MP3能量不会被涉及

  16. Q:
  17.     mp2.5=(mp2+mp3)/2？

  19. A:
  20.     [图片]

  22. Q:
  23.     mp2.5在gaussian里面有关键词吗？还是要从mp3里面自己算

  25. A:
  26.     自己算

  28. ----------------------------------------------------
  29. 2016.08.15 01:23:39
  30. Q:
  31.     各位老师，ORCA 优化的结构得到的gbw文件怎么转换成gview可观看的结构？

  33. A:
  34.     gbw转换成.molden之后就直接能用Multiwfn看结构和轨道
  35.     本身优化过程就会输出.trj，后缀改成.xyz就能用VMD看结构。自行把最后一帧坐标提出来写到.gjf文件里就能用gview看优化后的结构

  37. ----------------------------------------------------
  38. 2016.08.15 03:55:45
  39. Q:
  40.     用能量最高点的结构作为初猜也找不到过渡态，请问大家有没有遇到相似的问题？
  41.     [图片]用势能面扫描的能量最高点点结构（固定一个键角的柔性扫描）作为初猜也找不到过渡态，请问大家有没有遇到相似的问题？

  43. A:
  44.     扫得若无意义，反映不出反应过程主要结构变化，用最高点也白搭

  46. Q:
  47.     怎么定义扫的有没有意义

  49. A:
  50.     化学直觉

  52. Q:
  53.     [图片]扫描的是这个键角，感觉应该是插入反应的一个键角变化过程，但是能量最高点就是优化不出过渡态
  54.     是不是应该换一种优化的方法?
  55.     对于找过渡态，jctc上很多文章介绍了很多方法，可以去看看那些文章，然后去试试。
  56.     还有很多后来的文章都直接引用，而且句子都差不多

  58. A:
  59.     JCC那篇文献里基本上就是过渡态搜索算法的综述，加一点AIMD的内容，在这个博文里都有介绍
  60.     过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
  61.     http://sobereva.com/44
  62.    
  63.     但这些终究只是过渡态搜索算法本身，要用这些算法找过渡态，没化学直觉、对反应特征的大致理解，是绝对不可能的

  65. Q:
  66.      仔细看过你找过渡态的博文。若是把找过渡态的方法，在哪些程序中可以运行，总结出来，或许会更好，特别是对初学者。

  68. A:
  69.     量化程序基本上都是牛顿法这一类，诸如RFO、GDIIS这些，大同小异。其余的方法虽然五花八门，个别程序能实现一些，但没什么普适性，拿到实际问题上表现也不怎么样，或者用起来很麻烦。
  70.     很多方法看起来思路妙，但也就知道有那么回事就够了，并无实用性

  72. Q:
  73.     用高斯的TS计算过渡态可以改变算法吗？

  75. A:
  76.     RFO、GDIIS、QST2、QST3、EF，就这些

  78. Q:
  79.     用什么命令呢？

  81. A:
  82.     看手册opt关键词
  83.     我博文里也说了

  85. Q:
  86.     [图片]这里的意思是计算过渡态的时候用iop(1/8)必须加trustupdate才有用？

  88. A:
  89.     否
  90.     不要加

  92. ----------------------------------------------------
  93. 2016.08.15 05:01:42
  94. Q:
  95.     [图片][图片]各位老师们，这句话配合这图片要怎么理解呀？这句话说氢键键是D和H间的相互作用力，可是图示的氢键是A和H间的作用力。

  97. A:
  98.     文中语义不详
  99.     本来就是A和H之间的作用

  101. ----------------------------------------------------
  102. 2016.08.15 05:24:25
  103. Q:
  104.     大家好，请问一个结构在优化过程老是出现虚频，怎么解决这种情况呢？

  106. A:
  107.     Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
  108.     http://sobereva.com/278

  110. ----------------------------------------------------
  111. 2016.08.15 16:35:45
  112. Q:
  113.     [图片]
  114.     请问一下各位这个是什么错误，怎么解决？

  116. A:
  117.     opt=cartesian

  119. Q:
  120.     [图片]
  121.     这个是我输入的关键词，然后就出现上面的错误
  122.     是在opt后面再加上cartesian吗

  124. A:
  125.     去掉该死的maxcyc=几百
  126.     opt里写cartesian
  127.    
  128.     给氢加弥散毫无用处

  130. Q:
  131.     想请教一下各位老师，这个6-311+G(d)是不是用的不多。一般常见的6-311+G(d,p)极化的p是不是都要加上，还是视体系而定。p一般什么时候需要加上。对这个问题一直有点模糊。谢谢各位啦。[emoji][emoji][emoji]
  132.     想请教一下各位老师，这个6-311+G(d)是不是用的不多。一般常见的6-311+G(d,p)极化的p是不是都要加上，还是视体系而定。p一般什么时候需要加上。对这个问题一直有点模糊。谢谢各位啦。

  134. A:
  135.     用得很多啊
  136.     考察的问题和氢有直接关系才需要给氢加极化，诸如氢转移、氢键

  138. Q:
  139.     噢。是这样啊。您的意思是不是一般和氢相关的问题需要加上p极化。[表情]谢谢啦。

  141. A:
  142.     y

  144. ----------------------------------------------------
  145. 2016.08.15 16:57:36
  146. Q:
  147.     大家早上好，想请教大家一个关于扫描键离解能势能面的问题！我最近在做一个关于C2H3-NO2的无势垒分解反应速率常数的计算，采用变分过渡态理论方法，需要扫描C-N键随着C-N键长变化的离解能(如图)。我照着您文章中的方法采用B3LYP/CBSB7以 0.2 A 为步长对c-n键进行柔性扫描，发现扫描出的结果不是沿着C-N键断键的方向，而是有其他的断键和生成。我想请大家指导下该怎么扫描这个键离解势能面？
  148.     [图片]
  149.     这是我想要扫描得到
  150.     [图片]
  151.     这张图是我扫描结果，最后出现了其他键的断键和成键！
  152.     /抱拳/抱拳/抱拳/抱拳
  153.     [表情][表情][表情][表情]

  155. A:
  156.     扫描过程中把这个键角固定住再试
  157.     [图片]

  159. Q:
  160.     先谢谢你哈！我试过这样扫描，但是担心这样扫描不再是柔性扫描，会不会对结果有影响？

  162. A:
  163.     这种冻结是合理的

  165. ----------------------------------------------------
  166. 2016.08.15 17:02:21
  167. Q:
  168.     请教一个问题，用qm/mm metadynamics MD 做了一个酶的反应自由能面，得到自由能面过渡态的一些信息，大致获得了反应历程。这样的工作能发几分的文章？或者说只够发中文核心？

  170. A:
  171.     至少JMGM应该够

  173. ----------------------------------------------------
  174. 2016.08.15 18:15:37
  175. Q:
  176.     请问在力学的计算时分配LJ力场参数时，如果要把某个原子的LJ作用忽略，是应该把两个参数都设置成零吗？

  178. A:
  179.     y

  181. ----------------------------------------------------
  182. 2016.08.15 19:08:53
  183. Q:
  184.     [图片]
  185.     我用gaussview打开irc呢log文件时，总是出现这种警告，请问大家怎么解决
  186.     log文件是正常结束的
  187.     不是哪里出错了吗，有的文件打开时不会出现这种情况，有的我打开时就出现上面的警告

  189. A:
  190.     人不如gview系列

  192. ----------------------------------------------------
  193. 2016.08.15 19:54:47
  194. Q:
  195.     请教一下，ChemPlusChem和Theoretical chemistry accounts哪个杂志好点呢
  196.     哦，那一般先看分区还是影响因子呢

  198. A:
  199.      目前来说论档次显然是前者。但是前者不是专门的理论计算化学的刊物，后者专业性更强

  201. ----------------------------------------------------
  202. 2016.08.16 01:06:33
  203. Q:
  204.     请问核磁屏蔽张量如何计算？

  206. A:
  207.     NMR

  209. ----------------------------------------------------
  210. 2016.08.16 01:33:46
  211. Q:
  212.     从计算出的荧光光谱中能确定出产生荧光的荧光团是哪些吗？

  214. A:
  215.     能

  217. Q:
  218.      谢谢老师 [图片]
  219.     Excitation energies and oscillator strengths:
  220.    
  221.     Excited State   1:      Singlet-A      3.5772 eV  346.60 nm  f=0.1565  <S**2>=0.000
  222.     99 ->100         0.70092
  223.     This state for optimization and/or second-order correction.
  224.     Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -1460.99610537
  225.     Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.
  226.    
  227.     Excited State   2:      Singlet-A      4.4921 eV  276.00 nm  f=0.0516  <S**2>=0.000
  228.     95 ->100        -0.12369
  229.     97 ->100         0.17779
  230.     98 ->100        -0.19491
  231.     99 ->101         0.62711
  232.    
  233.     Excited State   3:      Singlet-A      4.7101 eV  263.23 nm  f=0.0034  <S**2>=0.000
  234.     96 ->100        -0.14199
  235.     97
  236.     Excitation energies and oscillator strengths:
  237.    
  238.     Excited State   1:      Singlet-A      3.5772 eV  346.60 nm  f=0.1565  <S**2>=0.000
  239.     99 ->100         0.70092
  240.     This state for optimization and/or second-order correction.
  241.     Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -1460.99610537
  242.     Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.
  243.    
  244.     Excited State   2:      Singlet-A      4.4921 eV  276.00 nm  f=0.0516  <S**2>=0.000
  245.     95 ->100        -0.12369
  246.     97 ->100         0.17779
  247.     98 ->100        -0.19491
  248.     99 ->101         0.62711
  249.    
  250.     Excited State   3:      Singlet-A      4.7101 eV  263.23 nm  f=0.0034  <S**2>=0.000
  251.     96 ->100        -0.14199
  252.     97 ->100         0.10428
  253.     99 ->102         0.65602
  254.     ->100         0.10428
  255.     99 ->102         0.65602
  256.     老师 ，是不是从这个log文件中，可以看出来，是从mo100轨道  回到MO99轨道 产生的荧光。  所以通过观察这两个轨道的电子云分布 确定荧光团。？

  258. A:
  259.      是

  261. Q:
  262.     [图片] MO99  [图片]M0100. 老师这是基态的轨道。tdOPT后的轨道也是这样的。我该怎么确定哪个是荧光团呢。根据荧光的发光机理。我可以说荧光团 主要是集中在MO100中电子云集中的两个并列的杂环是荧光团吗？
  263.     [表情]

  265. A:
  266.      可

  268. ----------------------------------------------------
  269. 2016.08.16 01:33:51
  270. Q:
  271.     您好，再次请教一下关于扫描离解能的问题，我用您早上教我的方法， 固定 O2-C=C键角度对C-O2键离解以0.2步长进行扫描 [图片]。扫描得到的随着键长变化的势能面有一个凸起[图片]。请问这是怎么回事？
  272.     恩恩 不好意思啊
  273.     下次一次注意
  274.     下次一定注意

  276. A:
  277.     看扫描轨迹搞清楚是为什么

  279. ----------------------------------------------------
  280. 2016.08.16 02:53:57
  281. Q:
  282.      , CASSCF计算(gaussian)的解析频率没有得到红外强度, 没有偶极矩, 请问是CAS方法无法得到该特性吗, 在说明中没有找到相应关键词~

  284. A:
  285.     应该是程序的局限性

  287. ----------------------------------------------------
  288. 2016.08.16 02:57:15
  289. Q:
  290.     弱弱的问一下有没有tutorial review文章之类的关于cas方法怎么选active space教程？

  292. A:
  293.     看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=126

  295. ----------------------------------------------------
  296. 2016.08.16 03:36:47
  297. Q:
  298.     老师我算色散校正，输入文件这样写的，out文件里提示错误
  299.     %nproc=16
  300.     %mem=8000mb
  301.     %chk=ejt26s
  302.     # B3LYP/genecp  EmpiricalDispersion=GD3BJ opt
  303.     %nproc=16
  304.     %mem=8000mb
  305.     %chk=ejt26s
  306.     # B3LYP/genecp  EmpiricalDispersion=GD3BJ opt

  308. A:
  309.     看提示

  311. Q:
  312.     %nproc=16
  313.     %mem=8000mb
  314.     %chk=ejt26s
  315.     # B3LYP/genecp  EmpiricalDispersion=GD3BJ opt
  316.     %nproc=16
  317.     Will use up to   16 processors via shared memory.
  318.     %mem=8000mb
  319.     %chk=ejt26s
  320.     ----------------------------------------------------
  321.     # 5d 7f # B3LYP/genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ opt
  322.     ----------------------------------------------------
  323.     QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
  324.     genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ opt
  325.     上面是out提示

  327. A:
  328.     哪个g09版本？

  330. Q:
  331.     g09d1

  333. A:
  334.     输入文件传上来

  336. Q:
  337.     句法错误
  338.     %nproc=16
  339.     %mem=8000mb
  340.     %chk=ejt26s
  341.     # B3LYP/genecp  EmpiricalDispersion=GD3BJ opt
  342.     文件名和坐标     Cu 0
  343.     LANL2DZ
  344.     ****
  345.     C H O S N F 0
  346.     6-31g*
  347.     ****
  348.    
  349.     Cu 0
  350.     LANL2DZ
  351.     Cu 0
  352.     LANL2DZ
  353.     ****
  354.     C H O S N F 0
  355.     6-31g*
  356.     ****
  357.    
  358.     Cu 0
  359.     LANL2DZ

  361. A:
  362.     若怕泄密，就把坐标换成水，确认计算时候会报错，然后把输出文件传到群共享，不要直接贴这里，否则格式乱七八糟，没法精确说清楚

  364. Q:
  365.     %nproc=16
  366.     %mem=8000mb
  367.     %chk=ejt26s
  368.     # B3LYP/genecp  EmpiricalDispersion=GD3BJ opt
  369.    
  370.     文件名
  371.    
  372.     坐标
  373.    
  374.     Cu 0
  375.     LANL2DZ
  376.     ****
  377.     C H O S N F 0
  378.     6-31g*
  379.     ****
  380.    
  381.     Cu 0
  382.     LANL2DZ

  384. A:
  385.     你如果就写了这些关键词，哪来的5d 7f？？？
  386.     [图片]
  387.     直接把输入输出文件传上来，不是贴出来，一看就都清楚了

  389. Q:
  390.     [图片]
  391.     爱因斯坦的大脑撤回了一条消息

  393. A:
  394.     你用的绝对不是D.01！

  396. Q:
  397.     爱因斯坦的大脑撤回了一条消息

  399. A:
  400.     当前体系都没氢给氢定义基组作甚
  401.     坑你的！
  402.     输出文件里写着，自己看

  404. Q:
  405.     我不是太懂

  407. A:
  408.     这事找他多好，到时候他自己打脸

  410. ----------------------------------------------------
  411. 2016.08.16 04:04:53
  412. Q:
  413.     请问，Gaussian中计算基团的电荷是把这个基团的每个原子的电荷相加得到吗？还是怎么处理？谢谢

  415. A:
  416.     是

  418. ----------------------------------------------------
  419. 2016.08.16 17:57:23
  420. Q:
  421.     大家好！我想请问下VMD制作视频的问题，我想用tachyon来进行渲染，tachyon 和internal tachyon有什么区别么？我用VMD自带的Extentions中的Visualization里的VMD Movie Generator插件，选择Render是tachyon时，只生成dat，不渲染成图片，好奇怪。谢谢大家！
  422.     [图片]

  424. A:
  425.     tachyon本身是外部渲染器，产生相应的文件只不过是产生它的输入文件。带internal的是把tachyon作为VMD内置的程序直接可以调用渲染出图片
  426.     若无特殊必要，开GLSL，效果也不比tachyon差多少

  428. ----------------------------------------------------
  429. 2016.08.16 18:37:08
  430. Q:
  431.     请问老师，120个原子用6-31g**计算频率花27小时，如果用6-31+g**计算频率会大约花费多少时间？
  432.     都优乐

  434. A:
  435.     大抵高一个数量级甚至更多。
  436.     算频率加弥散毫无必要

  438. Q:
  439.     优化和频率不是同一级别才对？那么想要加弥散的结构的自由能，不是应该算它的频率？

  441. A:
  442.     你优化加了弥散显然振动分析必须加弥散

  444. ----------------------------------------------------
  445. 2016.08.16 21:35:32
  446. Q:
  447.     请问，电子-空穴分析有公式和文献吗？

  449. A:
  450.     如果是指multiwfn的，看手册3.21.1.1节的公式

  452. Q:
  453.     能不能具体点，是哪个？如果引用的话是那篇文献？

  455. A:
  456.     引手册
  457.     不都告诉你是那一节了么，看一下啊
  458.     还怎么具体

  460. Q:
  461.     要说这个，起码简单说说公式原理是什么？
  462.     可以直接说这个[图片] 吗？

  464. A:
  465.     这只是电子-空穴分析框架中的密度差那一个量
  466.     整个分析框架都在手册那一节里
  467.     rho_ele、rho_hole的公式在手册里都写明了

  469. Q:
  470.     我要做电子-空穴分析，给出电子以及空穴的分布图形（NTO给不了），难道就在图注中干巴巴的说是“电子-空穴分析”（+引用Multiwfn文献） ？

  472. A:
  473.     对

  475. ----------------------------------------------------
  476. 2016.08.16 22:50:21
  477. Q:
  478.     请问pcseg 基组怎么用，不是gaussian 内置的基组吗？

  480. A:
  481.     EMSL上拷定义

  483. Q:
  484.     [图片]
  485.     我把EMSL上的基组拷贝到后面，但是计算的时候gaussian 09 没通过
  486.     [图片]

  488. A:
  489.      贴关键词
  490.      
  491. ----------------------------------------------------
  492. 2016.08.16 23:01:35
  493. Q:
  494.     [图片]
  495.      老师  这种不收敛该怎么解决，体系是Co四配位化合物，Co有单电子，原先算单个的是可以正常结束 ，体系增大之后就这样了

  497. A:
  498.     解决SCF不收敛问题的方法
  499.     http://sobereva.com/61

  501. ----------------------------------------------------
  502. 2016.08.17 01:13:14
  503. Q:
  504.     请问，Gaussian中有这个RISM-SCF方法吗？[图片]，有的话怎么关键词怎么处理，谢谢！

  506. A:
  507.     没有

  509. ----------------------------------------------------
  510. 2016.08.17 01:22:48
  511. Q:
  512.     [图片]请问老师，这样的吸收跃迁的计算结果怎么分析呢？第一个不是最强跃迁，第13和14比较强。

  514. A:
  515.     看你目的

  517. Q:
  518.      老师，分析13,14也是合理的吗？

  520. A:
  521.     该分析什么看目的

  523. Q:
  524.     @Sobereva老师，因为计算了一系列，只想分析第一个跃迁，可以不管最强的13,14吗？

  526. A:
  527.      如果只讨论理论上的第一个激发态，就不用管更高的。如果要考察能实验观测到的态，就得考虑振子强度

  529. ----------------------------------------------------
  530. 2016.08.17 01:26:48
  531. Q:
  532.      请问dyall四分量、二分量基组应该怎么修改才能在gaussian中使用？谢谢了！

  534. A:
  535.     高斯又做不了相应计算用它干嘛
  536.     dirac那种程序才用得着

  538. Q:
  539.     有篇论文含铀体系，审稿人非让用这个基组算相对论效应。
  540.     难道我非得换个软件吗？没用过dirac，担心在修改期限内完不成。
  541.     请问有没有别的方法？

  543. A:
  544.     就算考虑相对论效应又不是非得用这个基组
  545.     要看他具体让你以什么方式考虑，标量就够，还是得考虑旋轨耦合，还是非得做二分量计算之类

  547. Q:
  548.     我原来用的是SDD，审稿人说结果不可靠，让重新算相对论效应，他举的例子就是采用dyall基组。另外，如果我用ano-rcc基组可不可以？是不是要结合dkh才行？gaussian的dkh计算没有分析梯度，是不是计算量太大了？

  550. A:
  551.     这根本不是基组的事，是你考虑相对论方式的事。
  552.     那不叫分析梯度，叫解析梯度
  553.     你拿赝势优化，全电子相对论算单点就完了

  555. Q:
  556.     sorry。说错了！
  557.     SDD优化可以吗？

  559. A:
  560.     可以
  561.    
  562.     比用赝势更高一级的，最简单的就是直接上全电子基组，写个int=DKH2只考虑标量相对论。哪些基组能用这里写了
  563.     在赝势下做波函数分析的一些说明
  564.     http://sobereva.com/156
  565.    
  566.     再好点，用SDD的旋轨势考虑旋轨耦合，turbomole、molpro、nwchem都支持旋轨势。或者GAMESS-US以微扰方式考虑旋轨耦合。或者用ADF、dirac之类做二分量计算
  567.     DKHSO，但是只能用于HF

  569. Q:
  570.     %chk=2complextionm062xU.chk
  571.     %mem=20GB
  572.     %nprocshared=16
  573.     # sp m062x/cc-pVdZ-DK int(dkh2,grid=500590)   scf=novaracc
  574.    
  575.     Title Card Required
  576.    
  577.     0 1
  578.     U                  1.64645800   -0.09134600    0.00906200
  579.     O                  2.47072200   -0.31314600   -1.49416800
  580.     O                  0.82903700    0.15904700    1.51051900
  581.     O                  2.00238800    2.16035700   -0.09250200
  582.     H                  2.34355100    2.55417300   -0.90776500
  583.     O                  3.83025600    0.64615600    1.19893000
  584.     H                  4.71090900    0.48683100    0.83152800
  585.     O                  1.62250700   -2.26657800    0.44051100
  586.     H                  1.45812300   -2.60468500    1.33166400
  587.     H                  3.56992500    1.56449700    0.95727600
  588.     锕系计算撤回了一条消息

  590. A:
  591.     -DK不是内置的基组
  592.     sp多余

  594. Q:
  595.     那请问该怎么写呢？

  597. A:
  598.     自己去emsl拷定义
  599.     哪些基组能直接用一看手册就知道

  601. Q:
  602.     [图片]

  604. A:
  605.     -DK没有U的定义，最好用SARC

  607. Q:
  608.     EMAL上没有DK啊，
  609.     好的，谢谢老师

  611. A:
  612.     PS: 若想直接用内置的就是UGBS，慢得吐血

  614. Q:
  615.     %chk=2complextionm062xU.chk
  616.     %mem=20GB
  617.     %nprocshared=16
  618.     # m062x int(dkh2,grid=500590)   scf=novaracc
  619.    
  620.     Title Card Required
  621.    
  622.     0 1
  623.     U                  1.64645800   -0.09134600    0.00906200
  624.     O                  2.47072200   -0.31314600   -1.49416800
  625.     O                  0.82903700    0.15904700    1.51051900
  626.     O                  2.00238800    2.16035700   -0.09250200
  627.     H                  2.34355100    2.55417300   -0.90776500
  628.     O                  3.83025600    0.64615600    1.19893000
  629.     H                  4.71090900    0.48683100    0.83152800
  630.     O                  1.62250700   -2.26657800    0.44051100
  631.     H                  1.45812300   -2.60468500    1.33166400
  632.     H                  3.56992500    1.5644970
  633.     0    0.95727600
  634.    
  635.     H
  636.     6-31G*
  637.     ****
  638.     O
  639.     6-31+G*
  640.     ****
  641.     U     0
  642.     S   9   1.00
  643.     58915269.20406200           0.0331306134
  644.     26779667.82002800          -0.0218032405
  645.     12172576.28183100           0.0614632410
  646.     5532989.219014000           0.0040056242
  647.     2514995.099552000           0.0934922512
  648.     1143179.590705000           0.0778243085
  649.     519627.0866840000           0.1935262084
  650.     236194.1303110000           0.2626421889
  651.     107360.9683230000           0.4870813929
  652.     S   1   1.00
  653.     48800.4401470000           1.0000000
  654.     S   1   1.00
  655.     22182.0182490000           1.0000000
  656.     S   1   1.00
  657.     10082.7355680000           1.0000000
  658.     S   1   1.00
  659.     4583.0616220
  660.     000           1.0000000
  661.     S   1   1.00
  662.     2083.2098280000           1.0000000
  663.     S   1   1.00
  664.     946.9135580000           1.0000000
  665.     S   1   1.00
  666.     430.4152540000           1.0000000
  667.     S   1   1.00
  668.     195.6432970000           1.0000000
  669.     S   1   1.00
  670.     88.9287710000           1.0000000
  671.     S   1   1.00
  672.     40.4221690000           1.0000000
  673.     %chk=2complextionm062xU.chk
  674.     %mem=20GB
  675.     %nprocshared=16
  676.     # m062x int(dkh2,grid=500590)   scf=novaracc
  677.    
  678.     Title Card Required
  679.    
  680.     0 1
  681.     U                  1.64645800   -0.09134600    0.00906200
  682.     O                  2.47072200   -0.31314600   -1.49416800
  683.     O                  0.82903700    0.15904700    1.51051900
  684.     O                  2.00238800    2.16035700   -0.09250200
  685.     H                  2.34355100    2.55417300   -0.90776500
  686.     O                  3.83025600    0.64615600    1.19893000
  687.     H                  4.71090900    0.48683100    0.83152800
  688.     O                  1.62250700   -2.26657800    0.44051100
  689.     H                  1.45812300   -2.60468500    1.33166400
  690.     H                  3.56992500    1.56449700    0.95727600
  691.    
  692.     H
  693.     6-31G*
  694.     ****
  695.     O
  696.     6-31+G*
  697.     ****
  698.     U     0
  699.     S   9   1.00
  700.     58915269.20406200           0.0331306134
  701.     26779667.82002800          -0.0218032405
  702.     12172576.28183100           0.0614632410
  703.     5532989.219014000           0.0040056242
  704.     2514995.099552000           0.0934922512
  705.     1143179.590705000           0.0778243085
  706.     519627.0866840000           0.1935262084
  707.     236194.1303110000           0.2626421889
  708.     107360.9683230000           0.4870813929
  709.     S   1   1.00
  710.     48800.4401470000           1.0000000
  711.     S   1   1.00
  712.     22182.0182490000           1.0000000
  713.     S   1   1.00
  714.     10082.7355680000           1.0000000
  715.     S   1   1.00
  716.     4583.0616220000           1.0000000
  717.     S   1   1.00
  718.     2083.2098280000           1.0000000
  719.     S   1   1.00
  720.     946.9135580000           1.0000000
  721.     S   1   1.00
  722.     430.4152540000           1.0000000
  723.     S   1   1.00
  724.     195.6432970000           1.0000000
  725.     S   1   1.00
  726.     88.9287710000           1.0000000
  727.     S   1   1.00
  728.     40.4221690000           1.0000000
  729.     S   1   1.00
  730.     18.3737130000           1.0000000
  731.     S   1   1.00
  732.     8.3516880000           1.0000000
  733.     S   1   1.00
  734.     3.7962220000           1.0000000
  735.     S   1   1.00
  736.     1.7255550000           1.0000000
  737.     S   1   1.00
  738.     0.7843430000           1.0000000
  739.     S   1   1.00
  740.     0.3565200000           1.0000000
  741.     S   1   1.00
  742.     0.1620540000           1.0000000
  743.     S   1   1.00
  744.     0.0736610000           1.0000000
  745.     S   1   1.00
  746.     0.0334820000           1.0000000
  747.     S   1   1.00
  748.     0.0152190000           1.0000000
  749.     P   8   1.00
  750.     839813.6669700000           0.0034411220
  751.     349922.3612380000           0.00089018
  752.     89
  753.     145800.9838490000           0.0089531291
  754.     60750.4099370000           0.0133603309
  755.     25312.6708070000           0.0386144089
  756.     10546.9461700000           0.0931768584
  757.     4394.5609040000           0.2612253423
  758.     1831.0670430000           0.7091556378
  759.     P   1   1.00
  760.     762.9446010000           1.0000000
  761.     P   1   1.00
  762.     317.8935840000           1.0000000
  763.     P   1   1.00
  764.     132.4556600000           1.0000000
  765.     P   1   1.00
  766.     55.1898580000           1.0000000
  767.     P   1   1.00
  768.     22.9957740000           1.0000000
  769.     P   1   1.00
  770.     9.5815730000           1.0000000
  771.     P   1   1.00
  772.     3.9923220000           1.00000
  773.     00
  774.     P   1   1.00
  775.     1.6634670000           1.0000000
  776.     P   1   1.00
  777.     0.6931110000           1.0000000
  778.     P   1   1.00
  779.     0.2887960000           1.0000000
  780.     P   1   1.00
  781.     0.1203320000           1.0000000
  782.     P   1   1.00
  783.     0.0501380000           1.0000000
  784.     D   7   1.00
  785.     41049.8202270000           0.0001578167
  786.     16419.9280910000           0.0003878999
  787.     6567.9712360000           0.0021472035
  788.     2627.1884950000           0.0098608714
  789.     1050.8753980000           0.0524286051
  790.     420.3501590000           0.2363168740
  791.     168.1400640000           0.7962195195
  792.     D   1   1.00
  793.     67.2560250000           1.00
  794.     00000
  795.     D   1   1.00
  796.     26.9024100000           1.0000000
  797.     D   1   1.00
  798.     10.7609640000           1.0000000
  799.     D   1   1.00
  800.     4.3043860000           1.0000000
  801.     D   1   1.00
  802.     1.7217540000           1.0000000
  803.     D   1   1.00
  804.     0.6887020000           1.0000000
  805.     D   1   1.00
  806.     0.2754810000           1.0000000
  807.     D   1   1.00
  808.     0.1101920000           1.0000000
  809.     D   1   1.00
  810.     0.0440770000           1.0000000
  811.     F   6   1.00
  812.     4391.9602590000           0.0000648280
  813.     1689.2154840000           0.0004816285
  814.     649.6982630000           0.0046032038
  815.     249.8839470000           0.0385657246
  816.     96.1092110000           0.2388464606
  817.     36.9650810000           0.8240173974
  818.     F   1   1.00
  819.     14.2173390000           1.0000000
  820.     F   1   1.00
  821.     5.4682070000           1.0000000
  822.     F   1   1.00
  823.     2.1031570000           1.0000000
  824.     F   1   1.00
  825.     0.8089060000           1.0000000
  826.     F   1   1.00
  827.     0.3111180000           1.0000000
  828.     F   1   1.00
  829.     0.1196610000           1.0000000
  830.     ****
  831.    
  832.     S   1   1.00
  833.     18.3737130000           1.0000000
  834.     S   1   1.00
  835.     8.3516880000           1.0000000
  836.     S   1   1.00
  837.     3.7962220000           1.0000000
  838.     S   1   1.00
  839.     1.7255550000           1.0000000
  840.     S   1   1.00
  841.     0.7843430000           1.0000000
  842.     S   1   1.00
  843.     0.3565200000           1.0000000
  844.     S   1   1.00
  845.     0.1620540000           1.0000000
  846.     S   1   1.00
  847.     0.0736610000           1.0000000
  848.     S   1   1.00
  849.     0.0334820000           1.0000000
  850.     S   1   1.00
  851.     0.0152190000           1.0000000
  852.     P   8   1.00
  853.     839813.6669700000           0.0034411220
  854.     349922.3612380000           0.0008901889
  855.     145800.9838490000           0.0089531291
  856.     60750.4099370000           0.0133603309
  857.     25312.6708070000           0.0386144089
  858.     10546.9461700000           0.0931768584
  859.     4394.5609040000           0.2612253423
  860.     1831.0670430000           0.7091556378
  861.     P   1   1.00
  862.     762.9446010000           1.0000000
  863.     P   1   1.00
  864.     317.8935840000           1.0000000
  865.     P   1   1.00
  866.     132.4556600000           1.0000000
  867.     P   1   1.00
  868.     55.1898580000           1.0000000
  869.     P   1   1.00
  870.     22.9957740000           1.0000000
  871.     P   1   1.00
  872.     9.5815730000           1.0000000
  873.     P   1   1.00
  874.     3.9923220000           1.0000000
  875.     P   1   1.00
  876.     1.6634670000           1.0000000
  877.     P   1   1.00
  878.     0.6931110000           1.0000000
  879.     P   1   1.00
  880.     0.2887960000           1.0000000
  881.     P   1   1.00
  882.     0.1203320000           1.0000000
  883.     P   1   1.00
  884.     0.0501380000           1.0000000
  885.     D   7   1.00
  886.     41049.8202270000           0.0001578167
  887.     16419.9280910000           0.0003878999
  888.     6567.9712360000           0.0021472035
  889.     2627.1884950000           0.0098608714
  890.     1050.8753980000           0.0524286051
  891.     420.3501590000           0.2363168740
  892.     168.1400640000           0.7962195195
  893.     D   1   1.00
  894.     67.2560250000           1.0000000
  895.     D   1   1.00
  896.     26.9024100000           1.0000000
  897.     D   1   1.00
  898.     10.7609640000           1.0000000
  899.     D   1   1.00
  900.     4.3043860000           1.0000000
  901.     D   1   1.00
  902.     1.7217540000           1.0000000
  903.     D   1   1.00
  904.     0.6887020000           1.0000000
  905.     D   1   1.00
  906.     0.2754810000           1.0000000
  907.     D   1   1.00
  908.     0.1101920000           1.0000000
  909.     D   1   1.00
  910.     0.0440770000           1.0000000
  911.     F   6   1.00
  912.     4391.9602590000           0.0000648280
  913.     1689.2154840000           0.0004816285
  914.     649.6982630000           0.0046032038
  915.     249.8839470000           0.0385657246
  916.     96.1092110000           0.2388464606
  917.     36.9650810000           0.8240173974
  918.     F   1   1.00
  919.     14.2173390000           1.0000000
  920.     F   1   1.00
  921.     5.4682070000           1.0000000
  922.     F   1   1.00
  923.     2.1031570000           1.0000000
  924.     F   1   1.00
  925.     0.8089060000           1.0000000
  926.     F   1   1.00
  927.     0.3111180000           1.0000000
  928.     F   1   1.00
  929.     0.1196610000           1.0000000
  930.     ****
  931.    
  932.     我上EMSL拷贝，这么写还是不可以呀

  934. A:
  935.     不写gen？？？

  937. ----------------------------------------------------
  938. 2016.08.17 01:34:41
  939. Q:
  940.      sob老师，文献里面说PCM和GB模型对这个反应的疏水和盐效应考虑不足，所以用了RISM-SCF方法，[图片]请问sob老师，高斯中有什么模型最接近这个RISM-SCF方法？另外，如果我只做溶剂是水的反应，不考虑溶剂是盐的情况，是不是就可以用PCM模型了？

  942. A:
  943.     没有接近的
  944.     RISM某种意义上算是介于显式水模型和隐式水模型之间的处理方式，很小众向
  945.    
  946. ----------------------------------------------------
  947. 2016.08.17 05:16:02
  948. Q:
  949.     [图片]请问，表头是这样子的，我在计算激发态几何优化
  950.     [图片]
  951.     下面这些必须删除吗？

  953. A:
  954.     不用

  956. Q:
  957.     我没有删除下面的，就按照表头的计算了
  958.     会对结果有什么影响呢？

  960. A:
  961.     无影响

  963. Q:
  964.     嗯嗯谢谢
  965.     有人说表头如果把geom删除的话，下面就必须删除
  966.     我就蒙圈了

  968. A:
  969.     那是胡说八道
  970.     应该说把下面的删除的时候geom=connectivity才必须删除，而不是反过来

  972. Q:
  973.     我想要查看S1和T1能量，freq必须加上吧？
  974.     虽然费时

  976. A:
  977.     当然不是

  979. Q:
  980.     我是优化单线态和三线态激发态，用于查看S1和T1的能量，freq加还是不加呢？

  982. A:
  983.     可不加
  984.    
  985.     算激发态频率主要就两个用处：优化后检验有无虚频；算振动分辨的电子光谱

  987. Q:
  988.     所以为了以防万一，加上freq？

  990. A:
  991.     up to you，想保险就加

  993. ----------------------------------------------------
  994. 2016.08.17 05:20:19
  995. Q:
  996.     anbertools16 下不了你们知道怎么办吗[emoji]

  998. A:
  999.      这里有网盘地址http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=307

  1001. Q:
  1002.      谢谢吧主
  1003.     群主
  1004.     网盘地址需要权限呢@Sobereva

  1006. A:
  1007.     平时不关注计算化学公社的后果

  1009. Q:
  1010.      唉怎么办呢

  1012. A:
  1013.     看置顶的新人必读了解论坛权限

  1015. ----------------------------------------------------
  1016. 2016.08.17 05:21:45
  1017. Q:
  1018.     请问，S-H键是强键还是弱键？

  1020. A:
  1021.     不弱

  1023. Q:
  1024.     请问老师，S-H键比S-C键强，还是弱？

  1026. A:
  1027.     弱吧，也看实际化学环境。实际算算键能就知道
  1028.    
  1029. ----------------------------------------------------
  1030. 2016.08.17 05:29:50
  1031. Q:
  1032.     老师，我计算基态几何优化时[图片]后面没有加p，对优化结果有影响吗？

  1034. A:
  1035.     无

  1037. ----------------------------------------------------
  1038. 2016.08.17 05:56:09
  1039. Q:
  1040.     我在计算激发态后，需要画出激发态的轨道图，请问怎么画出？谢谢！

  1042. A:
  1043.     [图片]
  1044.     先弄清楚属于什么情况

  1046. Q:
  1047.     如果我的激发态是400-404，我需要画出轨道
  1048.     [图片]
  1049.     例如这样例子，我需要画出这样的轨道图就行

  1051. A:
  1052.     使用Multiwfn观看分子轨道
  1053.     http://sobereva.com/269

  1055. Q:
  1056.     gaussian 09不行吗？
  1057.     是的
  1058.     就是这样子的
  1059.     请问一下，具体的操作流程，谢谢
  1060.     [图片]
  1061.     请问我最后携程这样子能得到cub输出文件吗？
  1062.     是从391HOMO到405LUMO图

  1064. A:
  1065.     你用Multiwfn直接看分子轨道多好！
  1066.     产生轨道的cube文件用multiwfn也超级省事，看完我博文就知道了
  1067.     up to you
  1068.     轨道能量、组态系数、偶极矩、原子电荷、自然轨道什么的

  1070. Q:
  1071.     Sobereva老师，请问我的输入文件有错误吗？
  1072.     [图片]

  1074. A:
  1075.     自己试
  1076.     产生cube文件我只回答用Multiwfn的情况

  1078. ----------------------------------------------------
  1079. 2016.08.17 06:09:58
  1080. Q:
  1081.     CIS本质上属于CI吗

  1083. A:
  1084.     当然属于

  1086. Q:
  1087.     计算方法都一样吗

  1089. A:
  1090.     CI时只考虑单激发组态函数就是CIS

  1092. Q:
  1093.     soga，那这个简单点~
  1094.     把CISD的改一改就可以了

  1096. A:
  1097.     CIS代码主体就这么丁点
  1098.     [图片]

  1100. ----------------------------------------------------
  1101. 2016.08.17 06:11:42
  1102. Q:
  1103.     老师，我用SARC-DKH计算U的话，在文章里改如何表述呢？
  1104.     we use the SARC-DKH basis sets for U?

  1106. A:
  1107.      对

  1109. ----------------------------------------------------
  1110. 2016.08.17 06:14:43
  1111. Q:
  1112.     嗯嗯，知道了，谢谢老师。
  1113.     CIS计算怎么输出组态系数？

  1115. A:
  1116.     对角化完CI矩阵就有本征向量矩阵了啊，列就是系数

  1118. Q:
  1119.     我的意思是让高斯输出到log文件
  1120.     CI的程序我写出来了。

  1122. A:
  1123.      默认就输出。IOp(9/40=x)可以把大于10^-x的都输出，默认只输出大于0.1的

  1125. ----------------------------------------------------
  1126. 2016.08.17 06:17:01
  1127. Q:
  1128.      对了，sob老师，有一次我记得您介绍过自己写的代码可以通过像专利那种保护起来。具体是去淘宝花钱保护吗？

  1130. A:
  1131.      淘宝上有人代理申请计算机软件著作权登记。自己得提供材料，手续他们跑

  1133. ----------------------------------------------------
  1134. 2016.08.17 06:48:42
  1135. Q:
  1136.     dft什么泛函计算对称破缺比较好呢？

  1138. A:
  1139.     看体系
  1140.     有机的用M06-2X

  1142. Q:
  1143.     sob老师，对称破缺优化的时候有没有什么限制性优化呢？我用UHF能得到，但是dft就是得不到对称破缺的结果。。不知道是什么原因，电子相关容易趋向闭壳层的结构吗？

  1145. A:
  1146.     HF成分越高越容易对称破缺

  1148. Q:
  1149.     能不能就用UHF的结果呢？大家总是喷UHF没有考虑电子相关性。。

  1151. A:
  1152.     尽量甭用

  1154. ----------------------------------------------------
  1155. 2016.08.17 16:46:41
  1156. Q:
  1157.     [图片] 老师。我化学公社的账号登不进去，密码是刚刚修改的，但是说我登录密码错误，连续试了很多遍。想问这是怎么回事？

  1159. A:
  1160.      肯定密码输错了。如果忘了就私窗我，我给你重置密码

  1162. ----------------------------------------------------
  1163. 2016.08.17 17:33:26
  1164. Q:
  1165.     CIS的计算会算出很多本征矢，具体用哪一个的结果？

  1167. A:
  1168.      你考察哪个激发态就用哪个本征矢

  1170. ----------------------------------------------------
  1171. 2016.08.17 17:39:57
  1172. Q:
  1173.     VASP能计算非周期性的孤立分子或超分子体系的性质吗？请教各位了！

  1175. A:
  1176.      可以，但是明显不如量化程序效率和精度高

  1178. ----------------------------------------------------
  1179. 2016.08.17 18:00:10
  1180. Q:
  1181.     请问各位gv无法打开fchk文件，这是什么原因？[图片]
  1182.     [图片]

  1184. A:
  1185.     LiYuanhe(133063300)  10:00:10
  1186.     “先将chk转换为fch文件，然后用文本编辑器打开fch文件，看看里面的Number of basis functions和Number of independent functions是否一致。如果不同，将independent改成independant”——Sob

  1188. ----------------------------------------------------
  1189. 2016.08.17 18:51:19
  1190. Q:
  1191.     [图片]请问一下，这个图的原文在哪里啊

  1193. A:
  1194.     multiwfn手册

  1196. ----------------------------------------------------
  1197. 2016.08.17 20:20:45
  1198. Q:
  1199.      老师，我按照博文http://sobereva.com/246练习您提供的实例的时候，把校正因子设成0.97，反应路径简并度设成4之后，怎么刷新出重设后的结果，我用refresh刷不出来，谢谢老师了

  1201. A:
  1202.     设完之后按回车

  1204. ----------------------------------------------------
  1205. 2016.08.17 20:48:25
  1206. Q:
  1207.     请问，我是计算基态几何优化，[图片]这种情况可以继续把它作为gif，再次提交吗？

  1209. A:
  1210.     可

  1212. ----------------------------------------------------
  1213. 2016.08.17 20:58:27
  1214. Q:
  1215.     请下我在进行柔性扫描的过程中，第三步键长的时候SCF不收敛，尝试了了几个方法还是不能收敛，现在想用SCF=xqc，想要加stable 关键词 ，一直提示我语法错误， 求看看哪里出错了
  1216.     #P opt=modredundant ub3lyp/6-31 g(d,p) SCF=xqc stable

  1218. A:
  1219.     加stable作甚？又不是解决scf不收敛的
  1220.     解决SCF不收敛问题的方法
  1221.     http://sobereva.com/61

  1223. Q:
  1224.     是SCF不收敛  L1502 出错  我按照您这个帖子试了 改变初猜，增加积分精度，和几个方法还是不能收敛，所以想用scf=xqc试试 看评论说最好加上XQC

  1226. A:
  1227.     xqc通常是下策
  1228.     非得qc才收敛得了的情况往往体系的化学意义已经很差了，还可能收敛到非参数空间最小点（激发态）

  1230. ----------------------------------------------------
  1231. 2016.08.17 21:05:37
  1232. Q:
  1233.       做CAS需要调orbital，调节的时候Alpha调节到HOMOＬＵＭＯ附近，可是beta 怎么调节呢？

  1235. A:
  1236.     CAS用的是一套轨道，不是读取alpha和beta两套

  1238. ----------------------------------------------------
  1239. 2016.08.17 21:26:23
  1240. Q:
  1241.      师兄，[图片]这样的，加什么关键词，让它收敛

  1243. A:
  1244.      当前这样就可以

  1246. ----------------------------------------------------
  1247. 2016.08.17 21:37:51
  1248. Q:
  1249.      大神，您好！因为体系太大，用orca算了molden格式的波函数，载入multiwfn后要进行时间很长的转换，下一次如果进行别的计算，还得再转换一次，想问multiwfn可不可以将转换后的wfn格式输出来？另外，基于wfn文件，multiwfn可以直接输出分子结构吗？谢谢！

  1251. A:
  1252.     主功能100选项2就能输出.wfn文件

  1254. Q:
  1255.     multiwfn可以直接输出分子结构吗----请问这个是在哪？

  1257. A:
  1258.     可以输出
  1259.      也是主功能100选项2，可以输出pdb、xyz格式

  1261. ----------------------------------------------------
  1262. 2016.08.17 22:27:48
  1263. Q:
  1264.     各位老师好，[图片]这种错误是怎么回事啊，该如何处理

  1266. A:
  1267.     甭用qc

  1269. Q:
  1270.     [图片]
  1271.     这是我之前的输入文件
  1272.     OK
  1273.     谢谢老师
  1274.     。。。这带着 scf=qc 的mk的输入怎么又出现了，都从一个地方抄的么

  1276. A:
  1277.     貌似是
  1278.     坏毛病比好习惯传播容易得多

  1280. ----------------------------------------------------
  1281. 2016.08.17 23:37:52
  1282. Q:
  1283.     请问sob老师那篇解决l9999错误的博文地址是多少，谢谢

  1285. A:
  1286.     从来没有这样的博文！

  1288. Q:
  1289.     可能是我记错了

  1291. A:
  1292.     我绝对不写“解决lxxx错误的办法”这样的文章
  1293.     这只会助长不看报错提示只看lxxx的懒惰行为

  1295. Q:
  1296.     我是想表达，包含解决这个问题的博文
  1297.     看了报错提示[图片]，是不是直接加大步数就可以了

  1299. A:
  1300.     这哪叫报错提示？
  1301.     虽然l9999就是因为几何优化达到步数上限，对于求助者我也假装不知道

  1303. Q:
  1304.     好的，谢谢老师
  1305.     提问技巧还要加强
  1306.     恩，谢谢师兄

  1308. A:
  1309.     错误的求助方式：
  1310.     1 报错啦！
  1311.     2 出现2070提示啦！
  1312.     3 lxxxx错误啦！
  1313.     量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
  1314.     http://sobereva.com/164
  1315.     [图片]

  1317. Q:
  1318.     师兄，震荡怎么看，现在GV打不开
  1319.     谢谢sob老师
  1320.     恩，[图片]，这样是应该快了

  1322. A:
  1323.     这就是典型的，加大步数上限完全是白费时间的例子

  1325. Q:
  1326.     那我要调整初猜了
  1327.     那怎么处理，师兄

  1329. A:
  1330.      看！博！文！

  1332. ----------------------------------------------------
  1333. 2016.08.17 23:44:44
  1334. Q:
  1335.     请教一下，做T1诊断时，是对哪个结构做呢，第一个中间体还是什么？

  1337. A:
  1338.     up to you
  1339.     取决于你要考察什么结构下的静态相关

  1341. Q:
  1342.     直接在关键字部分写CCSD(T1diag)就可以了吗，是跟优化一起做呢还是只是单独做个诊断就可以了呢

  1344. A:
  1345.     是
  1346.     T1诊断是对单个结构而言的
  1347.     何况优化通常也不会用CCSD

  1349. Q:
  1350.     恩。我试试，谢谢Sob老师！
  1351.     %nproc=12
  1352.     #P CCSD(T1diag)(maxcyc=200)/gen pseudo=read   老师，是这么写吗，怎么不对
  1353.     那怎么写呢%nproc=12
  1354.     #P CCSD(T1diag)(maxcyc=200)/gen pseudo=read

  1356. A:
  1357.     #P CCSD(T1diag,maxcyc=200)/genecp

  1359. ----------------------------------------------------
  1360. 2016.08.17 23:46:59
  1361. Q:
  1362.     老师打扰了，就是如何选用基组和方法，那个博文，麻烦老师发一下链接好吗？

  1364. A:
  1365.     谈谈量子化学中基组的选择
  1366.     http://sobereva.com/336
  1367.     简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
  1368.     http://sobereva.com/272

  1370. ----------------------------------------------------
  1371. 2016.08.17 23:48:24
  1372. Q:
  1373.     请问老师，找过渡态时有的方法能找到有的不能，这样应该怎么处理呢？
  1374.     在同一个初始结构不同基组下，找到的过渡态的结构差别较大，是不是应该相信相对更高的基组下找到的呢？

  1376. A:
  1377.      是

  1379. ----------------------------------------------------
  1380. 2016.08.18 00:04:54
  1381. Q:
  1382.     请教大家：如何消掉一个含十几的虚频，对应的是两部分的摆动？[表情]

  1384. A:
  1385.     Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
  1386.     http://sobereva.com/278

  1388. ----------------------------------------------------
  1389. 2016.08.18 00:38:26
  1390. Q:
  1391.     各位老师，请教一个问题，KistheIP里的 vib. Scaling Factor是哪个校正因子？是下表里的第一个ω，还是第三个ZPVE？谢谢！
  1392.    
  1393.     [图片]

  1395. A:
  1396.     准确来说哪个都不是
  1397.     非要只用其中一个就用ZPE的，因为ZPE占热力学校正量的大头

  1399. ----------------------------------------------------
  1400. 2016.08.18 00:41:24
  1401. Q:
  1402.     请问下如何用VMD显示临界点和键径，类似该图：[图片]，用multiwfn如何导出相关文件呢

  1404. A:
  1405.     Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
  1406.     http://sobereva.com/207

  1408. ----------------------------------------------------
  1409. 2016.08.18 01:11:41
  1410. Q:
  1411.     下面一个例子是丙酮，这是B3LYP/def2TZVP下优化然后用B3LYP/aug-cc-pVTZ做的TDDFT计算。这个例子下一节将用来作为例子讨论里德堡激发，在这一节我们只讨论它的最低阶激发，是个典型的价层激发，如下所示：
  1412.     Excited State   1:      Singlet-A2     4.4326 eV  279.71 nm  f=0.0000  <S**2>=0.000
  1413.     16 -> 17         0.69737
  1414.     16 -> 20         0.10527
  1415.     由于16->17（即HOMO->LUMO）激发占了将近100%的成份，就不考虑16->20了。为指认其激发类型，我们看看16、17号轨道的特征，
  1416.     请问怎么知道激发占了将近100%的成份的？
  1417.     16->17

  1419. A:
  1420.     电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
  1421.     http://sobereva.com/230

  1423. ----------------------------------------------------
  1424. 2016.08.18 01:23:32
  1425. Q:
  1426.     老师，KistheIP计算速率常数涉及到的电子能量的部分默认是从freq计算结果中读取的，那怎样能把单点能计算得到的更为准确的电子能量人为输入呢？

  1428. A:
  1429.     自己把自己算的高精度单点数值替换进去，要么替换进自动产生的.kinp里

  1431. Q:
  1432.     您是说自己把freq的log文件中的数据改了么？

  1434. A:
  1435.     y

  1437. ----------------------------------------------------
  1438. 2016.08.18 02:07:12
  1439. Q:
  1440.     sob老师，请问下采用刚性和柔性扫描键离解能的结果差别是不是特别大？

  1442. A:
  1443.     看片段的特征，可大可小

  1445. Q:
  1446.     嗯，如果片段在分子内的结构和分开后独立片段优化的结果差别不大是不是能量差就小，如果分子内片段的结构和单独优化片段的结构差别特别大是不是能量差就大？

  1448. A:
  1449.     y

  1451. Q:
  1452.     嗯，那我可不可以先对分解后的片段分别优化，然后将他们结合一起，将片段距离设很长，这样计算的能量作为标准，判断扫描结果的离解能对不对？

  1454. A:
  1455.     计算解离能根本就用不着做扫描，直接算整体和两个片段一相减就完了

  1457. Q:
  1458.     嗯，但是我的目标是计算一个无势垒反应的速率常数，需要扫描这个离解能势能曲线，我无法判断我扫描得到的曲线对不对
  1459.     我想请问下能不能用那个标准判断扫描的离解能是否正确？

  1461. A:
  1462.     可以

  1464. ----------------------------------------------------
  1465. 2016.08.18 02:55:02
  1466. Q:
  1467.     请教Sob老师， 使用opt=calcall，计算126步后报错，能量图如下[图片]
  1468.     我应该增大循环步数呢，还是尝试阻尼，例如SCF（NDamp=15）？

  1470. A:
  1471.     都毫无用处
  1472.     量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
  1473.     http://sobereva.com/164

  1475. Q:
  1476.     谢谢老师
  1477.     Rfo和cartesian我都试过了  我尝试gdiis,maxstep=1 可行吗？

  1479. A:
  1480.     1太小，3~5就够了

  1482. ----------------------------------------------------
  1483. 2016.08.18 03:55:00
  1484. Q:
  1485.     群里有人买《中国学科发展战略·理论与计算化学》这本书的么？

  1487. A:
  1488.     前两天刚买
  1489.     顺便还买了本《激发态氢键及其调制机理》，内容不忍直视

  1491. Q:
  1492.     我看了看目录，感觉很全面
  1493.     《中国学科发展战略·理论与计算化学》这本书，怎么样？

  1495. A:
  1496.     那书就是走马观花各方面都泛泛说说而已，没什么深入具体的

  1498. ----------------------------------------------------
  1499. 2016.08.18 04:00:02
  1500. Q:
  1501.      请问群主gaussian 中的Exact polarizability和Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang): 是同一个概念么？ 我要算分子的极化率，是取哪项？ 谢谢

  1503. A:
  1504.     使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
  1505.     http://sobereva.com/231

  1507. ----------------------------------------------------
  1508. 2016.08.18 04:40:56
  1509. Q:
  1510.     [图片]
  1511.     我刚学molpro的casscf，这个是manual的一个例子，是甲醛分子，这个让所有价电子都作为active的电子，我想问一下这一共12个价电子怎么分成的7a1, 2b1, 3b2，是根据电子所在的轨道吗？

  1513. A:
  1514.     每个占据轨道属于一种不可约表示

  1516. ----------------------------------------------------
  1517. 2016.08.18 05:02:23
  1518. Q:
  1519.     输入：
  1520.     %chk=TS-N2C4H9COOH+N2O3-acid-sol-sp
  1521.     %mem=120gb
  1522.     %nproc=16
  1523.     #P MP2/aug-cc-pVTZ iop(1/11=1) iop(9/6=200) scrf=smd
  1524.    
  1525.     sp
  1526.    
  1527.     -1 2
  1528.     N,0,0.8187954482,-0.4155944999,1.5392165275
  1529.     O,0,1.4341340277,-1.4611513428,1.3367999314
  1530.     N,0,3.4911105789,-0.8764994154,0.4379177509
  1531.     O,0,2.682632068,-0.1669000402,-0.852730045
  1532.     O,0,4.0336983521,-1.8050322117,0.0164254787
  1533.     C,0,1.885890094,0.9546172829,-0.5847407899
  1534.     O,0,1.5933790764,1.6348960037,-1.6241846224
  1535.     O,0,2.4560680693,1.6763793302,0.4980839386
  1536.     输出：
  1537.     Leave Link  801 at Wed Aug 17 19:43:05 2016, MaxMem= 21474836480 cpu:        15.2
  1538.     (Enter /public/home/街舞chen/software/Gaussian09D01//g09/l906.exe)
  1539.     FulOut=F Deriv=F AODrv=F N
  1540.     输入：
  1541.     %chk=TS-N2C4H9COOH+N2O3-acid-sol-sp
  1542.     %mem=120gb
  1543.     %nproc=16
  1544.     #P MP2/aug-cc-pVTZ iop(1/11=1) iop(9/6=200) scrf=smd
  1545.    
  1546.     sp
  1547.    
  1548.     -1 2
  1549.     N,0,0.8187954482,-0.4155944999,1.5392165275
  1550.     O,0,1.4341340277,-1.4611513428,1.3367999314
  1551.     N,0,3.4911105789,-0.8764994154,0.4379177509
  1552.     O,0,2.682632068,-0.1669000402,-0.852730045
  1553.     O,0,4.0336983521,-1.8050322117,0.0164254787
  1554.     C,0,1.885890094,0.9546172829,-0.5847407899
  1555.     O,0,1.5933790764,1.6348960037,-1.6241846224
  1556.     O,0,2.4560680693,1.6763793302,0.4980839386
  1557.     输出：
  1558.     Leave Link  801 at Wed Aug 17 19:43:05 2016, MaxMem= 21474836480 cpu:        15.2
  1559.     (Enter /public/home[表情]chen/software/Gaussian09D01//g09/l906.exe)
  1560.     FulOut=F Deriv=F AODrv=F NAtomX=    24
  1561.     MMem=         312  MDisk=          41 MDiskD=          41
  1562.     W3Min=    68584800 MinDsk=    36462310 NBas6D=        1020
  1563.     NBas2D=      523158    NTT=      520710    LW2=     2000000
  1564.     MDV= 21469633565 MDiskM=      105233 NBas2p=      485846
  1565.     Fully direct method using O(OVN) memory.
  1566.     IMap=   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
  1567.     IMap=  21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
  1568.     IMap=  41
  1569.     Internal consistency failure #1 in GetIJB.
  1570.     Error termination via Lnk1e in /public/home[表情]chen/software/Gaussian09D01//g09/l906.exe at Wed Aug 17 19:43:06 2016.
  1571.     Job cpu time:       1 days 14 hours 43 minutes 30.1 seconds.
  1572.     File lengths (MBytes):  RWF=    745 Int=      0 D2E=      0 Chk=     18 Scr=      1
  1573.     请教各位老师一个问题，这个L906说的一致性错误怎么调整啊？以前遇到906错误都是内存问题，这个不会解决，请各位老师指教[表情]
  1574.     AtomX=    24
  1575.     MMem=         312  MDisk=          41 MDiskD=          41
  1576.     W3Min=    68584800 MinDsk=    36462310 NBas6D=        1020
  1577.     NBas2D=      523158    NTT=      520710    LW2=     2000000
  1578.     MDV= 21469633565 MDiskM=      105233 NBas2p=      485846
  1579.     Fully direct method using O(OVN) memory.
  1580.     IMap=   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
  1581.     IMap=  21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
  1582.     IMap=  41
  1583.     Internal consistency failure #1 in GetIJB.
  1584.     Error termination via Lnk1e in /public/home/街舞chen/software/Gaussian09D01//g09/l906.exe at Wed Aug 17 19:43:06 2016.
  1585.     Job cpu time:       1 days
  1586.     14 hours 43 minutes 30.1 seconds.
  1587.     File lengths (MBytes):  RWF=    745 Int=      0 D2E=      0 Chk=     18 Scr=      1
  1588.     请教各位老师一个问题，这个L906说的一致性错误怎么调整啊？以前遇到906错误都是内存问题，这个不会解决，请各位老师指教/抱拳

  1590. A:
  1591.     用E.01
  1592.     且甭写多余的iop

  1594. ----------------------------------------------------
  1595. 2016.08.18 05:05:34
  1596. Q:
  1597.     大社长，如果想学习波函数分析的理论，有没有教材和参考书推荐啊

  1599. A:
  1600.     看Multiwfn手册、相关博文（这里有汇总http://sobereva.com/167）
  1601.     虽然也有些书，但都零零散散，没有涵盖全的，比如The Quantum Theory of Atoms in Molecules-From Solid State to DNA and Drug Design、Chemical Reactivity Theory-A Density Functional View、The Chemical Bond-Fundamental Aspects of Chemical Bonding

  1603. ----------------------------------------------------
  1604. 2016.08.18 05:57:43
  1605. Q:
  1606.      老师您好！我再使用molclus做第一步优化使用MOPAC2016的时候经常算一部分就报错：
  1607.     MOPAC Job: "MOPAC.mop" ended normally on Aug 17, 2016, at 21:55.
  1608.    
  1609.     At line 329 of file molclus.f90 (unit = 10, file = '')
  1610.     Fortran runtime error: File 'MOPAC.arc' does not exist
  1611.     然后就退出来了。不知道这个是什么原因？谢谢老师！
  1612.     这个错误如果重新提交会继续报错，不过不是同一个分子结构计算完之后报错。

  1614. A:
  1615.     MOPAC.arc没产生，没法从中读取能量和结构

  1617. Q:
  1618.     是的，这个主要是什么原因呀？我重新算就能跑8个，然后退出，开始是跑6个就退出了。

  1620. A:
  1621.     不知道
  1622.     MOPAC正常结束都会产生.arc文件
  1623.     没产生的话看输出文件末尾有无异常

  1625. Q:
  1626.     ******************************************************************************
  1627.     *                                                                            *
  1628.     *     Error and normal termination messages reported in this calculation     *
  1629.     *                                                                            *
  1630.     * EXCESS NUMBER OF OPTIMIZATION CYCLES                                       *
  1631.     * JOB ENDED NORMALLY                                                         *
  1632.     *                                                                            *
  1633.     ******************************************************************************
  1634.     是这个提示的。

  1636. A:
  1637.     明显优化没收敛

  1639. Q:
  1640.     谢谢老师，我去找看看怎么解决

  1642. A:
  1643.      现在你可以到官网下载个1.3.4版免费版，刚更新，此版本发现找不到MOPAC.arc时就会跳过去算下一个点

  1645. ----------------------------------------------------
  1646. 2016.08.18 06:01:07
  1647. Q:
  1648.     请问sob老师，ccsd方法的T1诊断的作用是什么？@Sobereva

  1650. A:
  1651.     考察静态相关大小

  1653. Q:
  1654.     额，老师能不能说的再详细一点/抱拳

  1656. A:
  1657.     额额额

  1659. Q:
  1660.     这个问题很复杂
  1661.     是电子静态相关性吗？

  1663. A:
  1664.     [图片]

  1666. ----------------------------------------------------
  1667. 2016.08.18 15:35:10
  1668. Q:
  1669.     好的，您用过avagadoro吗？这两个有啥区别呢

  1671. A:
  1672.      avogadro一堆bug，很不喜欢
  1673.     Multiwfn主要是做波函数分析的，avogadro仅仅是可视化的工具，没有可比性
  1674.    
  1675. ----------------------------------------------------
  1676. 2016.08.18 15:35:10
  1677. Q:
  1678.     multiwfn能生成input文件吗

  1680. A:
  1681.     什么input文件？啥程序的？
  1682.    
  1683. Q:
  1684.      准备用nwchem，体系较大，需要并行计算。所以想找个类似gview的，可以生成input文件

  1686. A:
  1687.     gview画结构，坐标粘过去不就完了
  1688.     除非机子一大片，否则用nwchem得不到什么额外好处，还不如好好利用ORCA的RI
  1689.     或者用半经验、恰当使用混合基组等手段

  1691. Q:
  1692.     nwchem估计溶剂效应好点？导师反对用高斯，说高斯太慢。

  1694. A:
  1695.     绝对不会更好
  1696.     高斯的隐式溶剂模型的处理是几乎所有程序中最好的

  1698. Q:
  1699.     我想算重元素络合，加cosmo溶剂效应

  1701. A:
  1702.     不算born、onsager，COSMO只是最低级的隐式溶剂模型
  1703.     高斯的IEFPCM第二版比其它任何程序对PCM的实现都强

  1705. Q:
  1706.     还有Cossi, Tomasi

  1708. A:
  1709.     恩

  1711. Q:
  1712.     原来用了一下高斯，但是我的体系太大了，说用高斯得好几周算完。改nwchem了，学习你的帖子怎么编译呢

  1714. A:
  1715.     搞隐式溶剂模型最牛的几个人就是truhlar、cramer、klamt、barone、Mennucci，其中barone、Mennucci就是高斯的人，truhlar、cramer也跟高斯合伙把SMD弄进了高斯
  1716.     用nwchem不会有任何优势的
  1717.     说高斯慢的人都是偏见，都没跟其它程序比较过
  1718.     不提RI的话，高斯是主流量化程序中最快的之一
  1719.     后者是PCM始作俑者
  1720.     cossi主要功劳是和barone一起提出IEFPCM第二版

  1722. Q:
  1723.     没办法，导师以前参与开发过nw，一提高斯就不爽，太慢，不能并行，还要版权啥的
  1724.     只能弄nw了

  1726. A:
  1727.     那你就折腾去吧

  1729. Q:
  1730.     高斯不能并行么，为啥不出个可以并行的

  1732. A:
  1733.     这都是胡说八道
  1734.     单机内、跨节点都能并行
  1735.     只不过跨节点并行效率比不上nwchem，但如今CPU核数越来越多，这已经不是太大问题。有几百、几千个CPU的土豪，才能充分发挥nwchem优势
  1736.     对于普通用户来说，在我来看，nwchem除了支持旋轨势、RT-TDDFT、CDFT、高阶耦合簇以外，也没什么用处
  1737.    
  1738. Q:
  1739.     [图片]
  1740.     这款软件十分棒
  1741.     想看哪个点一下就可以
  1742.     Avlgadro?
  1743.     嗯嗯
  1744.     这是我知道的看分子轨道最方便的软件
  1745.     而且很漂亮

  1747. A:
  1748.     avogadro实在太不稳定，起码win7下很容易崩溃
  1749.     看轨道虽然还可以，但是每次看个新轨道还得点一下render，比multiwfn麻烦

  1751. Q:
  1752.     ubuntu下很不错，win我没用过。sob老师，multiwfn啥时候能加上用鼠标旋转分子轨道的功能/呲牙
  1753.     ubuntu下很不错，win我没用过。sob老师，multiwfn啥时候能加上用鼠标旋转分子轨道的功能[表情]

  1755. A:
  1756.     鼠标旋转不打算加，要不然又得用到乱七八糟的库，体积会臃肿很多，到时候还有库依赖性问题之类。需要旋转就搞到VMD里就完了

  1758. Q:
  1759.     [图片]gnuplot倒是能旋转。。。我不知道这么丑的图是gnuplot的原因还是我的原因。。。
  1760.     [表情][表情][表情]估计是我的原因。。。
  1761.     这是啥

  1763. A:
  1764.     把轨道信息导出成.fch格式，然后能看轨道波函数的程序一大把，甭管gnuplot了
  1765.    
  1766. Q:
  1767.     开源免费
  1768.     我的是ubuntu，用apt装的，没有你需要的安装包。
  1769.     乌班图感觉装软件方便
  1770.     对
  1771.     很多软件直接apt-get
  1772.     gromacs,nwchem都能apt
  1773.     我最讨厌编译了
  1774.     ……NWCHEM都能无脑装？
  1775.     嗯嗯
  1776.     是最新版的么。。。
  1777.     是的
  1778.     。。我当初还特意自己从官网下载编译捣鼓。。
  1779.     [表情][表情][表情]

  1781. A:
  1782.     计算密集型程序还是自己编译靠谱效率最高。否则为了兼容性，许多优化选项在编译时都没法用

  1784. Q:
  1785.     gromacs也是直接安装

  1787. A:
  1788.     而且诸如人家用gfortran编译后发布binary，肯定远不如自己ifort+MKL编译

  1790. ----------------------------------------------------
  1791. 2016.08.18 17:05:43
  1792. Q:
  1793.     我想问下，我用g09
  1794.     优化的结构 加TD和不加TD的gap值差别很大
  1795.     不加的gap是1.2 加TD之后是3.4
  1796.     差了2ev
  1797.     这种结果对吗

  1799. A:
  1800.      Lu 你的数值肯定取得不对。加和不加TD得到的轨道都是基态轨道，能量也没变化，gap不可能有变

  1802. ----------------------------------------------------
  1803. 2016.08.18 17:20:31
  1804. Q:
  1805.     各位，用Multiwfn分析NBO时，PNBO，PNHO表示什么啊
  1806.     PNBO的图形与NBO好像很接近

  1808. A:
  1809.     P是非正交的版本
  1810.     看过这些就懂了
  1811.     NBO分析资料汇总
  1812.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102

  1814. ----------------------------------------------------
  1815. 2016.08.18 17:34:58
  1816. Q:
  1817.     MS中建的模型导入Gview中怎么成键都是乱的呢？

  1819. A:
  1820.     如果是pdb格式，把连接关系删掉

  1822. Q:
  1823.     那导入Gview中是不是就不显示键了啊？

  1825. A:
  1826.     gview自动根据距离判断

  1828. Q:
  1829.     如果MS中建的模型有连接关系，对后面的优化有影响没？

  1831. A:
  1832.     无


  1835. ----------------------------------------------------
  1836. 2016.08.18 17:53:46
  1837. Q:
  1838.     GVIEW可以比较两个结构的几何差异吗？

  1840. A:
  1841.     不能

  1843. ----------------------------------------------------
  1844. 2016.08.18 17:55:27
  1845. Q:
  1846.     老师 培训资料可以出售吗

  1848. A:
  1849.     不能

  1851. Q:
  1852.     培训资料是基于您自己团队开发的软件吗

  1854. A:
  1855.     好几个培训班，看你说的哪个
  1856.     Multiwfn与波函数分析培训班的内容是基于我开发的Multiwfn的

  1858. Q:
  1859.     书 什么时候出来呢

  1861. A:
  1862.     明年

  1864. ----------------------------------------------------
  1865. 2016.08.18 19:03:20
  1866. Q:
  1867.     *********利用第二步的输出文件就可以绘制荧光光谱了。这里假定是符合kasha规则从S1发射的，所以绘图时要把一同输出的S2、S3的信息抹掉。如果用gview绘制，手动将S2、S3态的振子强度设为0，再按照绘制UV-Vis光谱操作即得到荧光光谱。************请问老师，这样得到的垂直发射能只有S1的振动基态-->S0的振动基态一个峰，但是荧光光谱是不是还应该包含S1的振动基态-->S0的振动激发态？不知道我的理解对不对？这应该怎么处理。谢谢老师

  1869. A:
  1870.     是
  1871.     要获得精细结构用此文做法
  1872.     振动分辨的电子光谱的计算
  1873.     http://sobereva.com/223

  1875. ----------------------------------------------------
  1876. 2016.08.18 21:07:13
  1877. Q:
  1878.     [图片]这单位有问题的吧？

  1880. A:
  1881.     没问题
  1882.     即是说原子数越多的时候，允许体系能量变化越大

  1884. ----------------------------------------------------
  1885. 2016.08.18 23:45:47
  1886. Q:
  1887.     请问：以水分子H2O为例，它的能量和它轨道能量啥关系呢？

  1889. A:
  1890.     没直接关系
  1891.     至多说轨道能量和是体系能量的0阶近似（烂到完全不可接受的近似）

  1893. Q:
  1894.     是因为轨道是电子作用的结果？体系能量包括了核-核，核-电子，等的作用？

  1896. A:
  1897.     单电子近似的结果

  1899. ----------------------------------------------------
  1900. 2016.08.19 00:26:20
  1901. Q:
  1902.     可不可以这么理解 多体作用势 是因为互相极化导致的啊？
  1903.     如果质点间的相互作用，就把所有的两两相互作用加和就行。
  1904.     你的意思是，两体势不精确的都放在那些三体，四体势的么？

  1906. A:
  1907.     可以认为是所用模型是可极化而导致的

  1909. ----------------------------------------------------
  1910. 2016.08.19 00:28:22
  1911. Q:
  1912.     请问一下，T1诊断是看输出信息中的哪个的值呢

  1914. A:
  1915.     输出文件仔细看一遍就能找到

  1917. Q:
  1918.     Sob老师，结果显示的就是T1等于某个数吗？

  1920. A:
  1921.     y

  1923. ----------------------------------------------------
  1924. 2016.08.19 00:34:04
  1925. Q:
  1926.     好的。
  1927.     如果用“刚性”分子（原子核，电子云密度都不变），分子间相互作用就纯粹是双体的了吧？我非常想试试这个

  1929. A:
  1930.     y

  1932. ----------------------------------------------------
  1933. 2016.08.19 00:51:35
  1934. Q:
  1935.     [图片]
  1936.     二维扫描后，gview会构建一个3D曲面吗？

  1938. A:
  1939.      会

  1941. ----------------------------------------------------
  1942. 2016.08.19 00:55:25
  1943. Q:
  1944.     老师，我有个Multiwfn的使用问题请教一下，我现在用这个软件来描述分子（D-A-D型分子）内弱相互作用，但做出的图是取决于fchk的分子构型的，有什么方法可以调节分子空间位置来便于比较呢

  1946. A:
  1947.      意义不明。显然你给的fchk里是什么结构分析的就是什么结构。调节怎么调？

  1949. ----------------------------------------------------
  1950. 2016.08.19 04:20:10
  1951. Q:
  1952.      我用CIS计算激发态的时候加了一个density关键词, 在gaussian输出文件的NBO部分中, 就没有了"Second Order Perturbation Theory..."这一块了~请问NBO(3.0)分析中, 二阶微扰分析donor-acceptor相互作用, 只是基于Fock矩阵吗？对激发态不可以吗

  1954. A:
  1955.     对激发态没法做这个，除非是delta-SCF那种方式

  1957. ----------------------------------------------------
  1958. 2016.08.19 05:09:09
  1959. Q:
  1960.     老师，请问计算激发态singlet和triplet几何优化，用于查看S1和T1的能量，需要考虑溶剂影响吗？

  1962. A:
  1963.      实际环境是溶剂下的就得考虑溶剂模型

  1965. ----------------------------------------------------
  1966. 2016.08.19 05:30:28
  1967. Q:
  1968.     [图片]
  1969.     这是什么错误
  1970.      ccd/cc-pvqz 6d 10f

  1972. A:
  1973.      去掉6d 10f再试，或者先试试小点基组

  1975. Q:
  1976.     不加当然可以算，但，我就是要6d 10f，怎么办

  1978. A:
  1979.     问客服

  1981. ----------------------------------------------------
  1982. 2016.08.19 06:10:00
  1983. Q:
  1984.     [图片]势能面扫描的时候在过渡态位置曲线不平滑，这是波函数不稳定的原因吗？

  1986. A:
  1987.     未必。
  1988.     如果是柔性扫描，不平滑是正常的
  1989.     柔性扫描不平滑一般伴随着非扫描的几何变量的突跃

  1991. Q:
  1992.     是柔性扫描
  1993.     那这种情况我应该用哪个点做过渡态的初始猜测

  1995. A:
  1996.     结合具体结构来凭化学直觉估计

  1998. ----------------------------------------------------
  1999. 2016.08.19 06:18:38
  2000. Q:
  2001.     [图片]请问下gromacs产生的这种文件怎么批量删除呢？谢谢大家

  2003. A:
  2004.     rm *#

  2006. Q:
  2007.     老师，这种方法，还要手动逐一确认，有没有不用手动确认的方法吗？

  2009. A:
  2010.     -f

  2012. ----------------------------------------------------
  2013. 2016.08.19 06:24:27
  2014. Q:
  2015.     重水这种溶剂就没法表示么？

  2017. A:
  2018.     重水只能靠显式溶剂模型

  2020. Q:
  2021.     就画一个重水分子么？

  2023. A:
  2024.     没这么简单
  2025.     看你考虑到什么程度，甚至需要画几十个水、考虑几十、上百种溶剂层排布都有可能

  2027. Q:
  2028.     是这样的，我们老师要考虑一个电势对反应中有没有质子转移，让我算电势对在水中和重水中的还原势。然后想通过实验值再来验证
  2029.     这能说明问题么

  2031. A:
  2032.     在杂化溶剂模型（显式溶剂+隐式溶剂模型）下通过计算半反应的自由能得到还原势
  2033.     两种同位素下得到的溶解自由能会有所不同，也许结果能和实验事实对上，但绝非易事

  2035. ----------------------------------------------------
  2036. 2016.08.19 06:36:16
  2037. Q:
  2038.     老师 在Linux系统中，gaussian 输入文件用什么关键词可以直接产生cube文件，谢谢

  2040. A:
  2041.     用Multiwfn产生cube文件是最佳选择
  2042.     如果是大体系静电势cube文件，用cubegen

  2044. Q:
  2045.     是大体系，用cubegen的具体格式是怎样的？

  2047. A:
  2048.     什么函数？

  2050. Q:
  2051.     就是说我算完之后用哪个文件来使用cubegen来产生cube文件

  2053. A:
  2054.     答非所问
  2055.     你问的这两个问题也根本不是一码事
  2056.     文件显然用fch

  2058. Q:
  2059.     轨道
  2060.     谢谢

  2062. A:
  2063.     用Multiwfn多好！产生轨道速度比cubegen快N倍！操作简单，根本都不用记忆命令行，这里写明了
  2064.     使用Multiwfn观看分子轨道
  2065.     http://sobereva.com/269
  2066.     除了大体系产生静电势cube文件，Multiwfn彻底完爆cubegen，cubegen根本没有存在价值了
  2067.     之所以gview看大体系分子轨道慢如蜗牛，就是因为cubegen产生大体系分子轨道格点数据速度巨慢
  2068.     甚至连并行计算都不支持

  2070. ----------------------------------------------------
  2071. 2016.08.19 22:39:15
  2072. Q:
  2073.     各位老师，请教一下用KIstheIP计算反应速率遇到的疑问。
  2074.     1.之前 问过怎么用高级别电子能替换进去，[图片]
  2075.     我按照提示把kinp文件里的电子能替换了高级别的电子能，重新计算后，发现，速率k和Ea收到了影响，而指前因子A没有变化，这是为什么？
  2076.     2.我计算发现，速率k差几个数量级的情况下，指前因子A仍然可能是同一个数量级。在文献里也看
  2077.     到了很多给出指前因子的例子，那么比较反应的快慢我是应该用A还是k呢？为什么？
  2078.     谢谢老师！！！
  2079.     各位老师，请教一下用KIstheIP计算反应速率遇到的疑问。
  2080.     1.之前 问过怎么用高级别电子能替换进去，[图片]
  2081.     我按照提示把kinp文件里的电子能替换了高级别的电子能，重新计算后，发现，速率k和Ea收到了影响，而指前因子A没有变化，这是为什么？
  2082.     2.我计算发现，速率k差几个数量级的情况下，指前因子A仍然可能是同一个数量级。在文献里也看到了很多给出指前因子的例子，那么比较反应的快慢我是应该用A还是k呢？为什么？
  2083.     谢谢老师！！！

  2085. A:
  2086.     显然用k，用A干嘛
  2087.     电子能量关键影响的是过渡态理论公式里的活化自由能。对照阿伦尼乌斯公式和过渡态理论公式，明显知道活化自由能和活化能在k~T函数里的地位最相近，所以A受到的影响小。

  2089. ----------------------------------------------------
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