计算化学公社

标题: 求助：如何使用Sobtop生成改性二氧化硅的itp文件 [打印本页]

作者
Author: Jus 时间: 2023-9-8 21:36
标题: 求助：如何使用Sobtop生成改性二氧化硅的itp文件
之前一直使用Sobtop生成itp文件，在生成不改性的二氧化硅，itp文件中每个原子都有电荷没有问题。但现在想要在二氧化硅表面接枝其他官能团（如：-OH -H -RCH3，-RCOOH，-RNH2等），发现接枝的原子的电荷量为零。请问各位大佬是我的操作错了，还是方法不对，感谢指点

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-8 21:59
说清楚具体怎么用的sobtop
这种体系通常通过自己写AT_assign.dat产生拓扑文件，里面直接定义每类原子类型用的原子电荷

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-9-8 22:05
给个结构文件，我来帮你生成吧。

作者
Author: Jus 时间: 2023-9-8 23:16

sobereva 发表于 2023-9-8 21:59
说清楚具体怎么用的sobtop
这种体系通常通过自己写AT_assign.dat产生拓扑文件，里面直接定义每类原子类型 ...

感谢sob老师的回复。我用的这个网址http://sobereva.com/soft/Sobtop/里的例9做的，生成普通二氧化硅的itp没问题，就是不会写改性那部分的dat文件，不知道怎么改性部分原子对应的参数是多少，谢谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-8 23:25

Jus 发表于 2023-9-8 23:16
感谢sob老师的回复。我用的这个网址http://sobereva.com/soft/Sobtop/里的例9做的，生成普通二氧化硅的it ...

AT_assign.dat的文件的注释里写明了支持的规则，自己去根据键长、成键数、元素等信息定义原子类型判断规则，从而让sobtop能指认成相应原子类型就完了。

作者
Author: Jus 时间: 2023-9-9 00:19
本帖最后由 Jus 于 2023-9-10 11:12 编辑

sobereva 发表于 2023-9-8 23:25
AT_assign.dat的文件的注释里写明了支持的规则，自己去根据键长、成键数、元素等信息定义原子类型判断规 ...

好的，非常感谢sob老师的指点（已解决）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)