公社群聊Q&A整理：2016.08.20 00 ~ 2016.08.24 00 Concate - 计算化学公社

2016.08.19 23:28:13
Q:
老师们能否请教一个问题，NH3和水分子比，谁更容易质子化呢？谢谢老师们了哦~~
A:
算个质子化能就完了
Q:
哈哈那sob老师以你的有机理解你觉得应该哪个会容易些呢？
A:
算一算，比一比
两分钟能算出高精度结果
Q:
o哦两分钟？哈哈那我试试去
A:
这点高对称性小破体系还能算多久去
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2016.08.19 23:44:59
Q:
请问用G09做甲醛的激发态优化输入文件应该怎么写呢？请会的同学老师帮忙解答一下
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.08.20 00:41:07
Q:
额，又是不收敛
各位大侠，大家能不能帮看一下，超出循环次数了，我试了降低精度，Vshift都没效果。。。
%nproc=4
#P CCSD(T)/aug-cc-pvtz Counterpoise=2 SCF(conver=6)
N N cp R 3
0 1
N 0.0 0.0 0.0 1
N 3.0 0.0 0.0 2
不过这种体系Sob老师好像说过弥散选的足够大是不是可以不做BSSE了？请问有知道参考文献的大神吗
A:
你当前这个设定本身就不合理。
N-N拉到3埃，已经变成对称破缺状态了，但你还当闭壳层算。应当计算对称破缺态
Q:
哦，对，谢谢老师，我改了自选多重度 0 7 0 4 0 4可以吗
/抠鼻对称性破缺不是自旋多重读为7
多重度还是1
A:
#P UCCSD(T)/aug-cc-pvtz guess=mix
Q:
Sob老师，这种N-N的体系用aug-cc-pvtz的话，可以不做BSSE吗
A:
可以
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2016.08.20 01:15:12
Q:
用Fortran做计算，933.8776998除以1.0，之后的结果是933.8776955.怎么样才能除以1之后得到本身啊？
我的数据是real(kind=8)
A:
除的时候写933.8776998D0/1D0
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2016.08.20 01:38:35
Q:
有没有人修改过gaussian里面的amber力场。
gaussian的力场太旧，不过看了下gaussian的力场文件和amber里面的格式不太一样
A:
用hardfirst或softfirst，选取恰当函数形式，读入额外参数即可
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2016.08.20 03:17:26
Q:
请问一下，multiwfn 的overlap of alpha and beta spin orbitals 为什么会有负的呢？
overlap 负号代表什么意思呢？
A:
主功能100里选项5那个？
Q:
是的
A:
本来就没必要非得是正值
一看轨道图形便知
Q:
可是负的说明什么呢？按我理解的，应该是正值
A:
怎么会非得是正值？
原理上就没有这个条。又不是考察重叠的“大小”
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2016.08.20 03:45:18
Q:
请问，是不是量化程序里原子带的电荷处理方式跟背景电荷的处理方式是一样的？
A:
不懂你的意思。原子带的电荷是根据收敛的波函数算出来的，而背景电荷是一开始你设的
Q:
我也想不好怎么说，打个比方吧，比如我算一个碳原子的单点能。
我输入文件把C定义为H, 基组用C的基组。
让后在H上投5个正电的背景电荷。
与直接算C等价么？
A:
不等价，电子数都不同
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2016.08.20 05:56:52
Q:
请问，我如果要学molpro需要学的群论知识，学到点群空间群够吗？需不需要学到置换群？还是参考Cotton的Chemical Applications of Group Theory看对应的内容就可以？
A:
弄明白点群、不可约表示是什么意思就够了，最好再弄明白怎么通过群论判断积分是否精确为0
其它的学多了通常也用不着
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2016.08.20 06:12:33
Q:
，sob老师，F(i，j)能调出来么？NBO的Fock 矩阵。。。谢谢
A:
NBO里用FNBO关键词就行了
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2016.08.20 06:13:14
Q:
请教各位老师，这三个符号是什么意思呢？貌似是什么态的表示，但是表示的是什么呢[图片][图片]
A:
学过群论就明白了
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2016.08.20 07:48:39
Q:
想问下群主在吗？
我在用Multiwfn的时候已输入文件程序就自动关掉了
该怎么办？
一
A:
输入文件有问题
Q:
我可以发给你看看吗
我不知道是啥问题@Sobereva
A:
1 确认fchk文件转换完整了
2 确认fchk里没有星号
Q:
好的，我先查下
没有星号
怎么看转化完了没有啊？
A:
formchk转换完有提示
Q:
哦
是有提示啊
A:
若自己着急没转完就把formchk关了显然转换不完整
Q:
好我看一下
[图片]
是这个命令吗？
A:
文件发给我
Q:
好的
A:
明明能正常载入
[图片]
老版本的换新版本
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2016.08.20 16:52:48
Q:
linux下计算出来的wfn，直接复制到win下，用multiwfn来看密度，可以正常使用吗
拜托了，有人在吗
在linux下下边的路径怎么设置
A:
按linux的路径格式写路径
连路径都不会写直接用fch文件当输入文件
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2016.08.20 17:57:21
Q:
您好！6-311++G(d,p)基组删除全部弥散函数后，GKS-EDA的结果发现own basis正常，all basis错误；应当是scf没收敛好。现在想用稍微大一些的基组，以抵消bsse的误差。cct太大了，算不动，想问一下还有什么中等规模的基组？tzvp可以吗？
A:
你可以用6-311+G**。如果就是不要弥散函数，用def-TZVP可以。
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2016.08.20 18:15:55
Q:
[图片]我计算的是激发态triplet的优化，但是下面显示的是[图片]singlet，我是用高斯view打开log的，请问这个是计算错误了吗？（表头里已经添加triplet）
A:
如果优化T1就用0 3就完了，甭用TDDFT优化
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2016.08.20 18:44:23
Q:
mp5有啥用处？计算量好像比CCSD(T)更大
A:
MP5基本没任何用处，绝大多数量化程序也不支持它
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2016.08.20 19:54:41
Q:
老师，打扰了，两种物质之间的弱相互作用我用b3lyp不大行，我再用什么方法和基组呢，
奥，我用的wB97Xd/cc-pvdz可以吗？
现在就是计算的比较精确比较快的方法和基组有哪些，我算的那个有100多个原子，
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2016.08.20 20:13:35
Q:
跑过5个样例，半经验预优化的结果做输入，先用B3LYP/def-SV(P)再上M06-2X/TZVP和直接M06-2X相比几乎不省时间(第一步已经opt=loose)。
A:
(整理Q&A) 关键看一开始建的结构。如果一开始结构和最终级别的极小点差距不是特别大，那么分多步做并省不了时间，穷折腾。
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2016.08.20 20:44:18
Q:
请问老师，如何在gauss中实现单一个正电荷？？？@Sobereva
[图片]
我急需优化这个分子，请问各位大仙们
A:
“单一个正电荷”啥玩意儿？
Q:
就是我发图给您的那个分子@Sobereva
A:
电子密度该怎么分布就怎么分布，是实际量化算出来的。有机结构那种写法纯属YY
看此文第6节
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
Q:
[图片]
A:
没错
Q:
优化完事之后，氮旁边的双键就没有了
A:
所以说结构式都是YY出来的
信量化结果，不要信YY
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2016.08.20 22:45:11
Q:
老师，我重复您的博文http://sobereva.com/196的例子，计算呋喃的静电势想查看不同静电势区间内分子表面积，但是一输入统计范围就闪退了，不知道是为什么？用的Multiwfn_3.3.8(dev)_bin_Win，谢谢老师了
A:
输入的格式不对
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2016.08.20 23:14:15
Q:
[图片][图片]老师，这样的错误怎么改
用的g09 之前问过 qst3 写cartesian 依然内坐标出错，当时社长让我改基组，我加上极化和3df依然内坐标出错，求建议
A:
给DFT用3df是极为糟糕的做法
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
我不记得让你改基组。
最好做法就是opt=ts
Q:
老师我按你的修改了还是出现同样的错误@罗树常-磁耦合
好的
谢谢
A:
直接都用def2TZVP就完了。其它垃圾关键词全删掉
# opt BP86/def2TZVP
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2016.08.20 23:56:51
Q:
[图片]
sob老师，我用multiwfn做轨道组成分析，SPCA。图中给出对S原子的轨道组成分析，我理解成S的2p组成占0.61%，3s占0.54%，3p占4.45%，4s占2.01%，4p占4.12%是否正确呢？@Sobereva
A:
没法这么说。这里说的是基函数，你得弄清楚基函数和原子轨道的对应关系。
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2016.08.21 00:00:38
Q:
那老师，我眼计算某个原子的2p，3p这些轨道的贡献，该怎么做呢？
那老师，我眼计算某个原子的2p，3p这些轨道的贡献，该怎么做呢？
A:
根据基组定义弄清楚基函数和原子轨道对应关系。要么用NAO方法分析。这里都写了
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
不要在两个群里问同一个问题
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2016.08.21 00:18:56
Q:
[图片] 出现这样的错误
A:
g09版本太老。用B.01及以后
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2016.08.21 00:51:18
Q:
[图片]sob老师，这是计算的屏蔽张量数值，能说z方向的屏蔽张量大，所以屏蔽效应大，导致对应的化学位移小吗？
A:
计算化学位移要用isotropic值，是XX,YY,ZZ的平均，实验上测的也是各项同性的值
Q:
老师，能根据屏蔽张量的大小，来讨论屏蔽以及去屏蔽效应吗？
某一个方向变化明显
A:
只有你明确定义了分子的朝向，才能讨论分量的影响
单从Z方向来说，C6的屏蔽强度更大
我是指第一个分子的情况
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2016.08.21 00:58:58
Q:
有给Szalewic发email索取SAPT下载账号的吗？我给他发了保证书，结果4天了还没有回复我。是他们的回复周期就这么长，还是由于什么原因不授权给我？谁有类似的经历吗？
A:
发过，顺利得到了密码
Q:
需要等很久吗？
A:
密码很简单，告诉你也无妨。
用户名就是开发者的名，密码就是开发者的姓
Q:
好，多谢。我先下着用，一边等他授权！/呲牙
A:
[图片]
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2016.08.21 03:15:40
Q:
好的，老师，我的分子类似苯环，我把苯环平面垂直于z方向计算的，这样去讨论z方向的屏蔽强度
按着您的说法比较z方向的屏蔽强度，能是不同分子上同一个碳去相互比较吗？
通过z方向的屏蔽强度大小，来说明导致化学位移不同的原因，可以吗？老师
A:
化学位移是XX,YY,ZZ共同决定的
ZZ只能讨论垂直于环平面方向的影响
如果只要讨论这个方向的就不要说化学位移
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2016.08.21 03:41:25
Q:
[图片]
请教一下，gaussian可以模拟这样的trajectories吗@Sobereva
A:
可以
Q:
我尝试计算过类似的，但是，内部团簇不怎么动，相反，是外部笼在做breathing振动，是不是需要限定条件才能主观的让内部的团簇动，谢谢@Sobereva
A:
给内部原子加大点初始动能
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2016.08.21 04:25:59
Q:
[图片]
推荐一本很不错的书哦
A:
内容太浅
看完levine的书之后当休闲看还行
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2016.08.21 04:27:36
Q:
Sob老师你好，请问酚羟基中H的化学位移越大，越容易脱去，还是越小越容易脱去？还是跟化学位移没有关系？谢谢
A:
应该是越大越容易脱
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2016.08.21 21:15:03
Q:
各位老师，想请教一个问题，ｇｖ里面的坐标轴的　轴线可以加粗吗？　谢谢啦～
A:
不能
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2016.08.21 22:23:49
Q:
碘，在高斯里用lanl08基组报错？
A:
EMSL拷定义
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2016.08.21 23:06:11
Q:
multiwfn可以看molden里的轨道对称性吗
就是像molpro里给出的1.1，2.1这样的
A:
对称性是量化程序直接记录在.molden文件里sym段落的，不是Multiwfn来判断的
诸如
[图片]
Q:
那可不可以直观的看出*.1对应的是哪条具体轨道，毕竟*.1只能表示编号为1的第*条轨道
[图片]
A:
用主功能6的选项3试试
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2016.08.21 23:15:58
Q:
[图片]请问老师，opt=gdiis m062x/6-311g(d,p)下优化曲线总是这种情况不收敛，怎么解决呢？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.08.22 00:07:50
Q:
请问高斯如何考虑旋轨耦合呢？
A:
int=DKHSO（对单个态，仅限HF）
CASSCF里用spinorbit（两个态间）
基本就是残废
Q:
那对于含铀体系,我用全电子相对论int=dkh2，对于氢原子6-31G*。U的话SARC-DKH基组，效果是不是要比SDD的MWB60要好呢？
如果泛函都是b3lyp
A:
对轻原子应当用cc-pVnZ-DK系列
比SDD强
Q:
好的，谢谢老师，不过今天emsl登不上了、、
高斯的全电子相对论只能做单点？
A:
可以用数值梯度
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2016.08.22 01:32:55
Q:
谢谢您的回复 “如果就是不要弥散函数，用def-TZVP可以”------def-TZVP是指def2-TZVP还是就是TZVP?
A:
def-TZVP和高斯里的TZVP是一回事
def-TZVP和def2-TZVP截然不同，后者比前者大得多
Q:
1）那么TZVP和6-311G（d,p)相比，那个更好一些？2）6-311+G（d,p)在GKS-EDA中出现scf收敛错误，多次调整参数也无果，可能与我体系太大（94个原子）有关，弥散加上就是不好处理。后来想到反正我用了blyp-d3校正，弥散部分也大都由d3得到弥补，后来就干脆把弥散都删了
A:
1 前者
Q:
您觉得2）的想法有问题吗？
A:
没问题
而且本来计算时候也已经考虑了bsse问题，不加弥散没太大关系
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2016.08.22 04:19:38
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：对于scan，减小步长iop(1/8)有益吗？
A:
根本就毫无联系
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2016.08.22 04:22:45
Q:
话说算Fe的有机配合物，那个泛函相对合适？
能量角度也好，几何结构也好
A:
BP86、M06、B3LYP
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2016.08.22 04:56:32
Q:
https://bse.pnl.gov/bse/portal请问各位，你们能不能打开这个选基组的链接，是不是换网址了，我怎么也打不开？
Stuttgart我想找这个对应的基组
A:
在线基组和赝势数据库一览
http://sobereva.com/309
直接去stuttgart赝势的官方网站下定义
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2016.08.22 05:16:27
Q:
大家好，我用mp2/6-311++g(d,p)算NBO的时候，出现 Fully direct method using O(OVN) memory.
Internal consistency failure #1 in GetIJB.
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/g0901/l906.exe错误提示，请问这是什么原因呢？
A:
用E.01
或者去掉弥散函数。本身弥散函数对NBO分析就毫无意义
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2016.08.22 16:34:47
Q:
请教Sob老师，2016暑期培训讲义275页，周期性问题往往转化成非周期性问题，截取团簇进行研究，这几面用什么手段进行截取，怎么将分子接在团簇上，有没有相关的教程方法学习，谢谢您
A:
把cif文件载入到gview里，平移复制成足够大的复晶胞，然后去掉周期性，删除多余原子就完了。自己把被吸附的分子挪到表面合适的位置。
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2016.08.22 16:56:51
Q:
请问，如果intel编译器试用期过了，服务器没联网，编译器工作受影响么？
到时候，我在/opt/intel/licenses 里面放个新的证书就OK了吧
还用重新安装么
A:
你把系统日期调到license有效期内就可以正常编译。但有时候改过日期后需要重启一下，否则ifort能发觉你自己改过日期
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2016.08.22 17:30:24
Q:
为何总是不能正确引用gaussian09？
哪位老师可以给一个Gaussian09D01的链接？
在google学术总是不能正确引用
A:
[图片]
Q:
难道高斯的正确的引用文献不是在log文件开头自带吗？
A:
几乎所有像样的程序，在手册或者官网或者程序运行开始一定会注明怎么引用
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2016.08.22 18:05:48
Q:
高斯使用溶剂化效应，最简单的方式是不是就是加一个关键词 scrf就可以了？
A:
y
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2016.08.22 18:11:59
Q:
老师，cif载入gview，后面的操作都在gview里面进行吗吗？
在算性质之前，先要对连接分子后的晶体优化？
谢谢您
A:
什么操作？
高斯几乎优化不动晶体，所以通常搞成团簇
Q:
就是复制成复晶胞，去掉周期性，把分子放在晶体表面这些操作是在CASTEP里做还是，Gauss view里呢
A:
都行
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2016.08.22 18:24:06
Q:
用mp2方法，BSSE校正，输出文件怎么是五个SCF(RHF)，不是应该是Eump2嘛
A:
算MP2能不先做HF？
不懂基础理论就直接读最后的汇总结果
Q:
没有EUMP2
A:
要么你没读对，要么输入文件都错了
[图片]
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2016.08.22 18:28:51
Q:
老师，请问用什么软件可以把gjf文件转为cif文件？谢谢～
A:
载入到MS，建立晶胞，导出cif
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2016.08.22 18:43:02
Q:
Amber的哪个文件中存有分子力学的键级信息？
A:
并没有键级。原子类型是根据元素和连接关系确定的，有了类型leap就能找到参数，这些会记录到prmtop里
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2016.08.22 18:52:45
Q:
请问社长大人，G09里怎么使用VV10泛函呢？还是可以直接像B3LYP一样写成VV10即可吗
A:
当然不能
不要脱离手册啊
用Q-Chem或者ORCA
Q:
在G09里就是没找到它
要用，还要换个程序了说
A:
手册里没找到==不支持
以为高斯是万能的？
Q:
不敢不敢/憨笑
社长大人，看了您的DFT-D色散校正的使用
A:
没特殊情况靠DFT-D3足矣
Q:
我也可以把VV10换用wB97XD,或者M062X么
嗯嗯，打算用DFT-D3
A:
没特殊情况不要考虑VV10之类东西，又慢，支持的程序又寥寥无几，除特殊情况外结果也不比靠DFT-D3好
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2016.08.22 19:02:24
Q:
社长，gaussian做BOMD时如何给特定几个原子初始动能，谢谢@Sobereva
A:
readvelocity
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2016.08.22 19:14:22
Q:
请问各位，当我在做氢键问题时，对于加弥散，是不是一定要给氢原子加上弥散？，谢谢
A:
否
比如这个例子
[图片]
M06-2X-D3/6-311G**，12s
-9.03 kcal/mole (raw) 6.93 kcal/mole (corrected)
M06-2X-D3/6-311+G**，13s
-6.97 kcal/mole (raw) -5.97 kcal/mole (corrected)
M06-2X-D3/6-311++G**，14s
-6.94 kcal/mole (raw) -5.98 kcal/mole (corrected)
可见给氢加弥散根本毫无用处
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2016.08.22 19:35:01
Q:
[图片]请问老师，这样的问题怎么解决呢？跑IRC的时候
A:
IRC跑完了再看
Q:
跑完了
A:
正常结束？
Q:
没有
[图片]，我忘记看了~~/尴尬
A:
LQA
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2016.08.22 19:54:26
Q:
Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in d:\program files (x86)\G09W\l1002.exe at Mon Aug 22 11:42:28 2016.
请教这个错误是什么原因？/抱拳
A:
字号不要超过12
Q:
计算小白，12345撤回了一条消息
A:
[图片]
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2016.08.22 20:43:41
Q:
DFT计算中，能量的计算和矩阵元的计算使用的精度一样吗？
A:
最终计算XC能量的时候用更高一级格点比较划算，ORCA就这么干
若要图省事就一样
Q:
图省事的计算量很大
我用的25*74
A:
高斯就是一样的
这就太小了
Q:
精度改善很少，计算量大好多。
还有个版本，支持mp2,mp3，ci 以及DFT计算。只不过只能算H和He
10000行左右
szabo全称是什么，我搜了一下，结果很奇怪[emoji]
szabo全称是什么，我搜了一下，结果很奇怪
A:
modern quantum chemistry
A:
这是我的策略
if (gridlevel==1) then !Medium quality
if (a(iatm)%index<=2) then
nradpot=35
else if (a(iatm)%index<=10) then
nradpot=50
else
nradpot=65
end if
if (sum(bondmat(iatm,:))<=1) then !Boundary atoms
nsphpot=266
else !Internal atoms
nsphpot=350
nradpot=nradpot+15
end if
else if (gridlevel==2) then !High quality
if (a(iatm)%index<=2) then
nradpot=45
else if (a(iatm)%index<=10) then
nradpot=65
else
nradpot=85
end if
if (sum(bondmat(iatm,:))<=1) then !Boundary atoms
nsphpot=350
else !Internal atoms
nsphpot=434
nradpot=nradpot+20
end if
else if (gridlevel==3) then !Ultra quality
if (a(iatm)%index<=2) then
nradpot=65
else if (a(iatm)%index<=10) then
nradpot=90
else
nradpot=115
end if
if (sum(bondmat(iatm,:))<=1) then !Boundary atoms
nsphpot=434
else !Internal atoms
nsphpot=590
nradpot=nradpot+25
end if
end if
并且与原子核径向距离大于10埃的在单中心积分时候都不计算
区分周期、区分内外区域原子
Q:
矩阵元的量太大
嗯嗯
内存装不下。。
A:
指什么内存装不下？双电子积分？
Q:
交换相关矩阵元
在计算它的时候
A:
这个没多大啊，相对于AO 2e积分来说
其实最耗内存的也就是基函数在各个格点的数值和导数而已
Q:
嗯嗯
我说的就是它/冷汗
在我能算的体系内，他的计算量比双电子积分还要大。
A:
有很多优化技巧
高斯算是把技巧用得淋漓尽致
Q:
是啊
个人做的话，能达到那个高度太难了
A:
对
有的地方感觉快得难以置信，不知道用了什么黑科技
Q:
是的
它的双电子积分，真的是把我比的都不想做了
A:
嫌高斯慢的99.99%都是没自己写过程序的
Q:
你们能看到代码？
我现在越来越觉得高斯相当快
有高斯的代码，看不懂，太乱
你要是不写程序，看这个也没啥用。
就算写，看了也没用，因为根本看不懂[emoji]
看看总是好的，最近已入门fortran
A:
没好处，会留下心理阴影
Q:
[图片]
说的我都不敢看了
A:
看看pySCF、tonto之类的代码或许会有宜，虽然我没看过
Q:
你要写着玩的话我可以给你一份我的。
有个400行的，氢的HF计算
可以计算n个H
A:
只是为了入门，了解一下HF计算的机理，看看szabo书末的代码就够了
高斯里竟是这种光是参数看着都恶心的子程序
[图片]
Q:
l510好像13万行
modern quantum chemistry这本书后面的程序是77写的，我老板当时让我看，我一看就吓跑了
H的双电子积分十分简单
A:
书末那个还好，挺容易读。很适合初学者，因为只需要计算s积分，没有高角动量的复杂情况
Q:
嗯嗯，对
s轨道的一上午就能写出来
重叠，动能，核吸引，ERI
A:
如果只是感兴趣，建议自己写写重叠、动能、偶极矩积分，核吸引势、双电子积分就直接取GAMESS-US的或者调用第三方的库，没必要自己折腾，不值得。
Q:
原先算26分钟的，改进后只需要算1分6秒
而高斯花了48秒
程序慢在了双电子积分上，不然，能比高斯快。
大体系，高斯的双电子积分能快2个数量级
越大越快？
A:
体系越大，优化的油水也就越大
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2016.08.22 21:32:43
Q:
multiwfn好像在win10更新之后字体变小了，而且把窗口拉大就显示不出字了
A:
没试过
Q:
有什么方法可以让它的字变大吗/流汗
A:
如果你是指GUI的子，程序里没办法改，只能在系统的显示里面改
微软多作怪
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2016.08.22 21:59:46
Q:
老师，双能级公式中f/delta-E^3的值越大的那个态才是最主要的激发态是吗？
A:
一般是取能量最低且f不小的态
和你的意思在一定程度上类似
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2016.08.22 22:26:36
Q:
优化有机小分子，mp2/6-311++g（d，p）和m062x/def2-tzvp，一个有虚频一个没虚频，哪个结果更可靠一些
A:
m062x/6-311G**
Q:
有虚频的应该试着调一下吧？
A:
虚频是另外一回事
先把计算级别弄合适了再说
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
我建议先用相对低水平的进行优化，找到极小点，在参考sob老师的机组选择对重要的结构用高水平在进行计算
A:
优化和频率计算至多6-311G**就够了
单点才用得着def2-TZVP
弱相互作用明显时单点才用得着加弥散
MP2根本没必要考虑，有那功夫远不如用双杂化
Q:
[图片][图片]既然6-311G** <= def-TZVP 很接近的级别，那为什么不是推荐的M062X/tzvp呢
记得说过dft用def系列机组更适合
A:
因为很多人不知道TZVP，所以这里为了大众化一些就说了6-311G**
而且对于优化来说，6-311G**都已经足够了，再提升一点到TZVP也看不出什么改进
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2016.08.22 23:15:25
Q:
请问，Ewald Summation 时候是不做任何截断的吧
A:
y
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2016.08.23 00:14:58
Q:
询问一个分子模拟系综问题，审稿人给的意见the author notes an NVE ensemble and relaxation to zero system pressure. How is this combination possible? 没看懂，是零压强和NVE系综不能匹配？我实际体系是z方向没有周期，xy方向保持零压。
A:
Z方向都没周期性，怎么说V？
NVE已经定义了N、V、E是固定的
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2016.08.23 00:25:19
Q:
请问AgNO3的自旋多重度是多少啊
[图片] 摆成这个样子么
还是要分别设置Ag+和NO3-的自旋多重度，他们是分开的么
A:
显然是1
优化完了是什么样就什么样
Q:
多谢大家~ 自旋多重度弄不动啊
[图片]
[图片]
老师，还是不行啊
设置是这样的可以吗
A:
换基组
Q:
哦
A:
# B3LYP/def2SVP opt freq
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2016.08.23 00:33:41
Q:
应该是常识吧，刚刚计算的结果表明：加入溶剂化效应后，离子体系（包括阳离子和阴离子）能量明显降低，而中性体系能量降低幅度不大，从而导致IP和EA都有所下降，即AB体系倾向于离子化为 A+...B-。
A:
对
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2016.08.23 00:45:54
Q:
这个投票挺有意思的
[图片]
A:
没什么意义。就跟DFT投票一样。
算什么问题用什么基组/方法
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2016.08.23 00:53:37
Q:
老师，我想请问一下，我算IRC，出现了报错，怎么解决呢[图片]
A:
看前头的错误提示
Q:
[图片]
是这个吗？
我一般看报错的，都是最后的，能告诉我一般怎么看具体报错的呢？
A:
不看输出文件内容，只看末尾几行，典型的不求甚解
Q:
因为实在是有很多不懂
A:
这是报错
[图片]
IRC里写internal是干嘛？
写IOp(1/11=1)又是干嘛？
Q:
命令这些不是很懂，直接用现成的
A:
不懂就不要写！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！
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[图片]
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2016.08.23 02:29:14
Q:
搞个远程培训吧，感觉现场的很多人不方便去
A:
不搞
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2016.08.23 02:51:46
Q:
下次培训是啥时候？
A:
最近一次是年底的gromacs班
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2016.08.23 03:58:49
Q:
[图片]
"交换能使体系能量降低，这也正是Hartree-Fock能量低于Hartree能量的原因"，这句话没太理解。
Hartree-Fock能量是指的在HF水平计算的能量吗？
Hartree能量又指的是甚么呢？
A:
是
Hartree能量就是轨道波函数直接相乘作为体系波函数，而不用slater行列式形式
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2016.08.23 05:12:26
Q:
[图片]
大家都遇到过这样的情况吧：在优化结构的时候，随着优化次数的增多，Hessian矩阵越来越不准确，导致结构收敛很慢，甚至向错误的方向优化，这时往往需要提取接近平衡位置的某一点坐标，重新计算Hessian矩阵，继续优化，加速收敛。
我想问的是：算IRC的时候，可以用Recalc=N的关键字在中途重新计算Hessian矩阵，那么opt的时候，有没有类似的关键字呢
A:
CCSD(T)气相下算单点，然后加上M052X/6-31G*结合SMD得到的溶解自由能
不要CCSD(T)直接结合SMD
opt没那种关键词
Q:
谢谢sob老师，总算知道错哪里了
sob老师，我也用 # CCSD(T)/cc-pVTZ scrf=SMD关键字算过小分子的单点能，没有报错
A:
没报错不代表结果有意义！
Q:
[图片]
哦哦，这样子啊
A:
何况SMD参数化的级别和这个级别相去甚远
Q:
就是没必要用这么高的基组是吧，那我就换个小基组吧，所需精度也不是太高，谢谢sob老师
A:
SMD是给DFT结合中小基组参数化的
和CCSD(T)搞在一起，溶剂场只能对HF波函数进行响应，显然很不合理
且不论溶剂模型，你用CCSD(T)/cc-pVTZ气相算这么大体系真算得动？
34个原子，还没对称性，还有第三周期原子，高斯根本没戏
Q:
就是感觉算不动，直接卡死
A:
显然
这种规模，要么高斯用双杂化，要么ORCA用DLPNO-CCSD(T)
Q:
B2PLYP/def2TZVP
这个级别可以么
A:
可以。基组建议def2TZVPP。
不过B2PLYP是双杂化泛函里几乎最烂的
对于D.01版推荐用这个
[图片]
C.01的话，不能考虑D3，可以用DSD-PBEP86，写法为
B2PLYP iop(3/125=0360005100,3/78=0440004400,3/76=0280007200,3/74=1004)
[图片]
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2016.08.23 05:47:34
Q:
请教一下各位老师，投theoretical chemistry accounts（TCA）一般是不是很慢呢
A:
否
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2016.08.23 06:07:49
Q:
请问，amber里的QM/MM/MD 方法，QM区和MM区的耦合是加法方案还是减法方案？
A:
细节都在这里，一看便知DOI: 10.1002/jcc.23444
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2016.08.23 06:48:19
Q:
老师，进行freq优化时出错，出现 Form MO integral derivatives with frozen-active canonical formalism.
Discarding MO integrals.
Reordered first order wavefunction length = 351655200
In DefCFB: NBatch= 1 ICI= 52 ICA=255 LFMax= 29
Large arrays: LIAPS= 4998966960 LIARS= 655402020 words.
Erroneous write. Write -1 instead of 10543936.
fd = 4
orig len = 10543936 left = 10543936
g_write
这个怎么回事？@Sobereva
A:
硬盘空间不够了
Q:
这只能加空间？还有没其他处理办法
A:
降低计算级别
清垃圾
恰当设定rwf文件产生位置
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2016.08.23 06:58:03
Q:
老师，b2plyp比b3lyp要优越不少吧
A:
y
Q:
sob老师，双杂化泛函是不是用dft算出波函数做的mp2计算？
A:
是
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2016.08.23 07:02:17
Q:
杂化泛函比纯泛函更容易收敛
我发现了这么一件事
双杂化泛函以后试试
A:
HF成分越高越容易收敛
纯泛函我都是阻尼往狠了用，0.5
杂化的话0.3就够
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2016.08.23 07:07:39
Q:
老师，我直接把fchk文件直接拖到Multiwfn中老就闪退了，早上还好好的，下午就老出现这种情况，请问可能是啥原因？谢谢老师
A:
如果载入过程闪退，就是fchk文件有毛病
Q:
老师 multiwfn 软件做轨道分析时为什么输入enter 就从窗口消失了谢谢
[图片]
这样输入的按enter 窗口就没有了
A:
输入文件有毛病
Q:
老师哪儿输入错误了谢谢您
是fch文件不对吗
A:
fch文件发给我
Q:
好的
A:
明显就是没转换完整，一看末尾就知道
[图片]
8成是还没转换完就把窗口关了
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2016.08.23 17:56:20
Q:
请问老师们 CCSD（T）/pz3d2f在高斯中怎么实现这个基组的输入呢？谢谢了~~ 我在基组的网站上没有找到对应的
A:
根本就没有明确定义基组，只是对基组特征进行了极为粗略的描述
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2016.08.23 18:51:44
Q:
[图片][图片]drawing method在哪个菜单下？
A:
graphics-representation
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2016.08.23 19:18:05
Q:
请问什么软件能显示团簇中每个原子的磁矩方向？谢谢。
sob老师，请问什么软件能显示团簇中每个原子的磁矩方向？谢谢。
A:
没有
Q:
有没有什么办法来确定磁矩的方向？
[图片]
sob老师，就像图里的每个原子的磁矩方向是如何确定的？
A:
大小就是根据自旋布居换算的而已
方向是人为瞎定的
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2016.08.23 19:24:05
Q:
[图片]老师，这里的加6d是什么意思？
A:
不用写6d，多余
Q:
这个是从您那个博文http://sobereva.com/68的相关文件中的methanedimer.gjf文件中看到的
好的，老师
A:
以我现在说的为准
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2016.08.23 19:40:24
Q:
sob老师我看到您之前的帖子上讲了下关于CFOUR，里面您说到了这个软件里面就有pz3d2f这个关键词呢
A:
有就有呗
Q:
哦
A:
某个非主流程序里有个关键词叫这个又能说明什么
烂七八糟稀奇古怪的基组没特殊目的时都不要用
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2016.08.23 19:42:21
Q:
请问我用CASSCF优化S1激发态(即nroot=2), 但是输出的CI系数主要是"5和8"两个态，这是不是说明我的活性空间或者初始猜测的轨道有问题呢？前提, 我按照手册用CAS单点计算检验了一遍轨道, 应该是我需要的活性空间. 谢谢~
[图片]
[图片]
A:
怎么说明有问题？
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2016.08.23 19:43:25
Q:
sob老师gromacs啥时候开班
A:
年底
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2016.08.23 19:52:59
Q:
cp2k生成的wfn文件，是不是不被Multiwfn兼容？
A:
如果能正常载入，并且依次输入
100
4
1
结果和体系实际电子数相符就说明兼容
Q:
不能载入
A:
你可以对照这个看格式哪里不符
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55
也可能自己整理下格式后能载入
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2016.08.23 20:24:44
Q:
opt是一个大坑。。。
双电子积分的导数。。。。大坑
A:
y
Q:
振动频率更是吓人
A:
恩，还得解CPHF
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2016.08.23 20:30:13
Q:
opt freq mp2/6-311++g(d,p) 请问MP2是指的这个能量吗[图片]
A:
y
Q:
谢谢sob老师，那买票
那mp2计算的这个能量是什么意思[图片]
A:
难道不知道MP2计算前先得做HF？
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2016.08.23 20:32:50
Q:
sob老师再请教一个问题，请问scs-mp2直接Simply MP2 + IOp(3/125=0333312000)就可以吗~ 还需要额外处理吗？如果不需要了，那输出文件中的EMP2的那个能量就已经是矫正后的吗？谢谢老师了哦~
.[图片]
A:
是
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2016.08.23 20:36:12
Q:
请问gromacs培训什么时候开始啊？都等不及啦。
A:
年底。时间待定
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2016.08.23 20:48:32
Q:
构象搜索如果选择最稳定的构象，比较的数值是 [图片]这个吗
A:
用自由能
Q:
Sob老师，我只是选取最低能量的构象，需要在B3LYP/6-311G(d) 优化并做频率后，再对体系用高等级方法计算电子能量，最后才加在一起，比较自由能呢？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.08.23 20:54:57
Q:
这个S1激发态组态不一定以2的系数最大吗？有时候换空间，可能会对CAS激发态组态系数有影响，但是几何构型差别不大
A:
绝对没有第一激发态必然是HOMO->LUMO主导这么一说
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2016.08.23 21:03:23
Q:
我用自己的台式机算CCSD(T)/aug-cc-pVQZ都报错[图片]
请问，这个会是什么原因呢@Warm_Cloud
A:
没有金刚钻甭揽瓷器活
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2016.08.23 21:04:56
Q:
既然要用自由能比较，那博文中molclus调用g09对mopac的结构再次筛选，用的是电子能，仅仅是为了举例子吗
A:
电子能量是自由能的主导
Q:
那么，如果高斯模板用了freq后，molclus的iso...程序，是比较的自由能吗
A:
molclus不读取自由能。自由能得自己提取
Q:
我可以写脚本替换电子能为自由能，此时isostat程序的算法还是适用的，对吗
A:
y
----------------------------------------------------
2016.08.23 21:21:45
Q:
嗯，谢谢啦。根据手册，我只要看激发态组态下边的单电子占据和基态不一样有明显跃迁就行了吧？
哪位有在线预测pka的网址能给一个吗
A:
计算化学相关的免费的在线数据库及工具
http://sobereva.com/43
里面搜pka
恩
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2016.08.23 22:32:50
Q:
sob老师，再请教一个问题，我准备算N15的NMR，但是好像我这样处理的输入文件出问题了。请问老师如何才能再关键词上加上N15呢？谢谢老师~~
[图片]
A:
(iso=15)写坐标部分元素名后头
用SCS-MP2算NMR绝对不会比MP2更好
Q:
噢噢~~~ 请问老师是这样的对吗？[图片]
如果我还是想用Link 来接着OPt（在OPT部分的坐标中我加上了iso=15）做NMR，这个时候的link部分不会出现坐标文件，那老师怎么办呢？ ~~
A:
N和(之间别空格
Q:
[表情]遵命 ~~~~
A:
什么叫不会出现
你把坐标写上不就完了
Q:
[图片]
A:
就这样呗
Q:
用geom读上一步优化出来的坐标了呢
A:
到时候看输出信息里同位素判断对没有
Q:
sob老师我的NMR测试完了，结果长成这样：[图片]
但是请问老师如何能确定这里的N是否为N15呢？谢谢老师了哦~
A:
同位素设定并不影响这些结果
这是磁屏蔽张量，体现的是电子对原子核位置处的外磁场的屏蔽效果，跟核并没关系
用NMR=spinspin算自旋-自旋耦合常数J的时候同位素设定才影响结果
Q:
噢噢噢噢~~ 我在网上看到NMR=spinspin只能用于DFT和HF。我愿意是想计算N15的化学位移的。难道我处理错了...
A:
此时写iso=15毛用也没有
这点事写和不写一对比不就能确认了
还不信
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2016.08.23 22:45:44
Q:
[图片][图片]
求问，计算离子液体和溶质分子构型时，20号算的，都3天了，一点动静都没有，服务器没问题，out文件里也显示在计算
之前也是这样，5天，也没动静，除了第一天又算以外，之后5天没啥动静
A:
写#P
----------------------------------------------------
2016.08.23 22:53:15
Q:
老师，下午好。opt td 得到的荧光光谱信息，如果用轨道（对）贡献描述，是不是箭头都要反过来，比如：LUMO->HOMO 这样描述呢
A:
y
----------------------------------------------------
2016.08.23 23:04:27
Q:
[图片]B3LYP-D3的单电能，还是这一个，对吗
A:
y
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复制代码