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标题: 关于用sobtop生成1000个甲醇分子的团簇itp文件时的原子电荷问题？ [打印本页]

作者
Author: Lipy 时间: 2023-9-9 12:08
标题: 关于用sobtop生成1000个甲醇分子的团簇itp文件时的原子电荷问题？
例如，用sobtop生成了一个包含1000个甲醇分子的团簇的itp文件，里面是没有原子电荷的，我看sobtop的教程里说可以自己拟合resp电荷，在拟合时是要计算整个团簇的resp电荷吗？由于这1000个分子都是甲醇分子，是否可以拟合一个分子的resp电荷，然后重复1000次呢？还有就是，当体系原子数很多时，拟合好电荷后，手动添加电荷到ATOM部分很慢，有没有什么方便的工具呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-9-9 12:17
看这里
http://sobereva.com/soft/Sobtop/
FAQ 4：离子液体的拓扑文件怎么产生？阴阳离子合在一起处理还是分开处理？

再顺带一提，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，甚至完全产生不了而崩溃，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-9-9 12:18
这种情况只算一个分子的电荷就可以了，itp也只需要包含一个分子。

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