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标题: PM7优化大体系氢原子数量的上限如何确定 [打印本页]

作者
Author: Priscilla 时间: 2023-9-9 15:58
标题: PM7优化大体系氢原子数量的上限如何确定
本人想计算一个配合物在晶体中的性质，因此需要计算背景电荷，参照sob老师博文 http://sobereva.com/579 抠下了一小块团簇准备做限制性H的优化，看sob老师博文案例中采用PM7对300个原子的体系4核笔记本20分钟就跑完了，但是我一看我的团簇大约十几个fragment，整整有4000余原子，H有3200多个，服务器为52核，内存180G，用PM7跑了二十分钟一点动静都没有，因此想请教大家如何在开算之前预测体系是否算得动呢？，或者说就这个案例来讲怎么确定PM7优化大体系氢原子数量的上限呢？

作者
Author: niobium 时间: 2023-9-9 16:20
应该没有什么上限。这么大的体系建议用MOPAC做PM7，加上MOZYME近似

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-9 22:09
对较大体系，MOPAC做半经验的速度远远快于Gaussian

作者
Author: Priscilla 时间: 2023-9-10 11:33

sobereva 发表于 2023-9-9 22:09
对较大体系，MOPAC做半经验的速度远远快于Gaussian

感谢老师，那么我接下来计算背景电荷和对体系的结构优化还适合用Gaussian做吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-10 11:56

Priscilla 发表于 2023-9-10 11:33
感谢老师，那么我接下来计算背景电荷和对体系的结构优化还适合用Gaussian做吗

看具体怎么做
只能告诉你好几千原子的半经验优化不适合用Gaussian

作者
Author: Priscilla 时间: 2023-9-10 13:18

niobium 发表于 2023-9-9 16:20
应该没有什么上限。这么大的体系建议用MOPAC做PM7，加上MOZYME近似

谢谢，这么大体系的只是算上环境H用来算背景电荷，真正的体系只有两百个，那后续结构优化还适合用Gaussian吗

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