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标题: 求助 gromacs计算乙二醇聚乙烯醇（PVA）不能正常溶于水 [打印本页]

作者
Author: Permanence 时间: 2023-9-9 16:49
标题: 求助 gromacs计算乙二醇聚乙烯醇（PVA）不能正常溶于水
各位老师大佬们好。gromacs初学者，想模拟一下氯化锌（ZnCl2）溶于水-乙二醇-PVA的混合溶液在电场下锌离子和氯离子的扩散过程。在AMBER力场下建立了20*20*20（nm）的盒子，并对其先进行nvt（0.2ns）、再进行npt（1ns）平衡。结果发现nvt平衡后PVA乙二醇还能较好的分散到溶剂（水中），但是再进行npt后就发生一些团聚的现象。在实验中PVA在九十度的环境下可以溶于水中，会形成凝胶。想请教一下各位老师和大佬们，是否需要在nvt或者npt文件中加入更长的时间退火呢？还是说要提升整个体系的温度。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-9 22:13
跟退火没关系。NVT最终都足够分散了

可能参数不合理。在此之前先尝试在NVT下继续跑1ns，看会变成什么样

作者
Author: Permanence 时间: 2023-9-13 12:34
老师您好，我现在把体系换成了仅有乙二醇和水的体系，在NVT下又跑了3ns，这两种物质也存在着聚一起的现象，想请问下老师这是什么原因

作者
Author: 秋白纳 时间: 2023-11-21 14:42

Permanence 发表于 2023-9-13 12:34
老师您好，我现在把体系换成了仅有乙二醇和水的体系，在NVT下又跑了3ns，这两种物质也存在着聚一起的现象， ...

你好我想请教一下你的水和乙二醇的混合体系是怎么准备的呀？是先把乙二醇当做溶质，溶解到水里吗？

作者
Author: Permanence 时间: 2023-11-29 15:47

秋白纳发表于 2023-11-21 14:42
你好我想请教一下你的水和乙二醇的混合体系是怎么准备的呀？是先把乙二醇当做溶质，溶解到水里吗？

packmol 添加的

作者
Author: Rsen 时间: 2024-8-30 15:04
我做实验的时候就发现PVA不能很好的溶解在水/乙二醇溶液里，会有团聚现象

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